PDB-2wtz: MurE ligase of Mycobacterium Tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wtz

タイトル

MurE ligase of Mycobacterium Tuberculosis

要素

UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE

キーワード

LIGASE / NUCLEOTIDE-BINDING / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / MURE / CELL SHAPE / CELL CYCLE / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION / ATP-BINDING / PEPTIDOGLYCAN / CELL DIVISION

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase / UDP-N-acetylmuramoylalanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase activity / cell cycle / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / ATP binding / plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Basavannacharya, C. / Robertson, G. / Munshi, T. / Keep, N.H. / Bhakta, S.

引用

ジャーナル: Tuberculosis(Edinb.) / 年: 2010
タイトル: ATP-Dependent Mure Ligase in Mycobacterium Tuberculosis: Biochemical and Structural Characterisation.
著者: Basavannacharya, C. / Robertson, G. / Munshi, T. / Keep, N.H. / Bhakta, S.

履歴

登録	2009年9月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wtz.cif.gz	350.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wtz.ent.gz	283 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wtz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wtz_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wtz_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	2wtz_validation.xml.gz	70 KB	表示
CIF形式データ	2wtz_validation.cif.gz	91.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/2wtz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wt/2wtz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1e8cS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3qfk-d 3gmq-d 1fne-1 1ktd-1 3efz-1 5ibm-1 6bmw-1 2xja-1 6bmy-1 4mcy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE

B: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE

C: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE

D: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE

ヘテロ分子

225 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.920, 79.800, 82.920
Angle α, β, γ (deg.)	111.09, 92.16, 93.98
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	1 - 139
2	1	1	1	B	1 - 139
3	1	1	1	C	1 - 139
4	1	1	1	D	1 - 139
1	1	2	1	A	140 - 385
2	1	2	1	B	140 - 385
3	1	2	1	C	140 - 385
4	1	2	1	D	140 - 385
1	1	3	1	A	386 - 535
2	1	3	1	B	386 - 535
3	1	3	1	D	386 - 535
1	1	4	1	C	386 - 408
2	1	4	1	A	386 - 408
3	1	4	1	B	386 - 408
1	1	5	1	C	413 - 418
2	1	5	1	A	413 - 418
3	1	5	1	B	413 - 418
1	1	6	1	C	429 - 436
2	1	6	1	A	429 - 436
3	1	6	1	B	429 - 436
1	1	7	1	C	441 - 446
2	1	7	1	A	441 - 446
3	1	7	1	B	441 - 446
1	1	8	1	C	454 - 464
2	1	8	1	A	454 - 464
3	1	8	1	B	454 - 464
1	1	9	1	C	474 - 505
2	1	9	1	A	474 - 505
3	1	9	1	B	474 - 505
1	1	10	1	A	1498 - 1499
2	1	10	1	B	1498 - 1499
3	1	10	1	C	1498 - 1499
4	1	10	1	D	1498 - 1499

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10

#1: タンパク質	UDP-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANYL-D-GLUTAMATE--2,6-DIAMINOPIMELATE LIGASE / UDP-MURNAC-L-ALA-D-GLU\:MESO-DIAMINOPIMELATE LIGASE / MESO-DIAMINOPIMELATE-ADDING ENZYME / MESO- ...UDP-MURNAC-L-ALA-D-GLU\:MESO-DIAMINOPIMELATE LIGASE / MESO-DIAMINOPIMELATE-ADDING ENZYME / MESO-A2PM-ADDING ENZYME / UDP-N-ACETYLMURAMYL-TRIPEPTIDE SYNTHETASE / UDP-MURNAC-TRIPEPTIDE SYNTHETASE 分子量: 55454.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / プラスミド: PET28BPLUS / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)/PLYSS 参照: UniProt: P65477, UniProt: P9WJL3*PLUS, UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamate-2,6-diaminopimelate ligase
#2: 化合物	ChemComp-UAG / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-N-ACETYLMURAMOYL-L-ALANINE-D-GLUTAMATE 分子量: 879.608 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₈H₄₃N₅O₂₃P₂
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.4 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 8.5 / 詳細: 0.35 M MGCL2, 0.1 M TRIS PH 8.5, 16% PEG 8000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→56.3 Å / Num. obs: 33536 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / B_iso Wilson estimate: 62.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MrBUMP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E8C

1e8c

解像度: 3→74.16 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.921 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 39.066 / SU ML: 0.341 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.524 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. THE THIRD DOMAINS OF CHAINS C AND D (379-535) ARE SIGNIFICANTLY DISORDERED AND ONLY PARTIALLY MODELLED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25107	1671	5 %	RANDOM
R_work	0.19257	-	-	-
obs	0.19549	31855	91.41 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.811 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	-0.96 Å²	-1.78 Å²
2-	-	1.61 Å²	1.22 Å²
3-	-	-	-1.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→74.16 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13772	0	236	0	14008

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	14235
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.771	1.986	19450
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.323	5	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.535	22.399	542
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.593	15	1990
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.8	15	146
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.165	0.2	2368
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	10820
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.522	1.5	9479
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.999	2	15060
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.744	3	4756
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.025	4.5	4390
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	743	tight positional	0.05	0.05
1	2	B	743	tight positional	0.05	0.05
1	3	C	743	tight positional	0.05	0.05
1	4	D	743	tight positional	0.05	0.05
2	1	A	1737	tight positional	0.06	0.05
2	2	B	1737	tight positional	0.06	0.05
2	3	C	1737	tight positional	0.06	0.05
2	4	D	1737	tight positional	0.06	0.05
3	1	A	802	tight positional	0.05	0.05
3	2	B	802	tight positional	0.06	0.05
3	3	D	802	tight positional	0.04	0.05
4	1	C	165	tight positional	0.04	0.05
4	2	A	165	tight positional	0.06	0.05
4	3	B	165	tight positional	0.05	0.05
5	1	C	43	tight positional	0.06	0.05
5	2	A	43	tight positional	0.05	0.05
5	3	B	43	tight positional	0.1	0.05
6	1	C	50	tight positional	0.03	0.05
6	2	A	50	tight positional	0.02	0.05
6	3	B	50	tight positional	0.02	0.05
7	1	C	44	tight positional	0.04	0.05
7	2	A	44	tight positional	0.06	0.05
7	3	B	44	tight positional	0.04	0.05
8	1	C	71	tight positional	0.03	0.05
8	2	A	71	tight positional	0.03	0.05
8	3	B	71	tight positional	0.03	0.05
9	1	C	223	tight positional	0.04	0.05
9	2	A	223	tight positional	0.04	0.05
9	3	B	223	tight positional	0.05	0.05
10	1	A	59	tight positional	0.05	0.05
10	2	B	59	tight positional	0.05	0.05
10	3	C	59	tight positional	0.04	0.05
10	4	D	59	tight positional	0.04	0.05
1	1	A	743	tight thermal	2.97	20
1	2	B	743	tight thermal	2.47	20
1	3	C	743	tight thermal	2.64	20
1	4	D	743	tight thermal	2.41	20
2	1	A	1737	tight thermal	3.04	20
2	2	B	1737	tight thermal	2.31	20
2	3	C	1737	tight thermal	3.68	20
2	4	D	1737	tight thermal	2.57	20
3	1	A	802	tight thermal	2.94	20
3	2	B	802	tight thermal	2.97	20
3	3	D	802	tight thermal	4.27	20
4	1	C	165	tight thermal	7.51	20
4	2	A	165	tight thermal	3.74	20
4	3	B	165	tight thermal	4.66	20
5	1	C	43	tight thermal	11.69	20
5	2	A	43	tight thermal	3.54	20
5	3	B	43	tight thermal	8.19	20
6	1	C	50	tight thermal	2.62	20
6	2	A	50	tight thermal	1.48	20
6	3	B	50	tight thermal	1.86	20
7	1	C	44	tight thermal	9.08	20
7	2	A	44	tight thermal	6.32	20
7	3	B	44	tight thermal	2.93	20
8	1	C	71	tight thermal	6.85	20
8	2	A	71	tight thermal	3.35	20
8	3	B	71	tight thermal	3.96	20
9	1	C	223	tight thermal	5.87	20
9	2	A	223	tight thermal	4.5	20
9	3	B	223	tight thermal	3.41	20
10	1	A	59	tight thermal	3.77	20
10	2	B	59	tight thermal	2.47	20
10	3	C	59	tight thermal	5.92	20
10	4	D	59	tight thermal	3.44	20

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.323	136	-
R_work	0.264	2463	-
obs	-	-	94.06 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4495	0.1184	0.6257	4.4918	0.3315	4.4265	-0.2014	-0.3191	0.0126	-0.0294	0.0344	-0.1849	0.0146	0.4281	0.167	0.0612	0.0205	-0.0342	0.2032	0.0492	0.0778	26.1364	-4.1005	-0.7816
2	2.5942	0.2735	0.6516	2.2717	-0.1291	1.8381	-0.0254	-0.1964	0.1632	0.0569	0.0409	0.318	0.0101	-0.2166	-0.0156	0.0358	-0.0086	0.0357	0.098	0.0107	0.0843	-5.3959	-1.6519	-8.2842
3	7.3992	1.9384	1.4391	5.9757	1.5917	6.8182	0.0787	-0.3466	0.8441	0.0772	-0.3418	0.4023	-0.5514	-0.528	0.2631	0.3727	0.1055	0.1171	0.1936	-0.1081	0.2676	-15.462	6.3759	16.1924
4	2.4688	-0.0431	-0.2546	5.2182	-1.1715	4.3848	0.1115	0.2107	0.0147	-0.173	-0.3449	-0.5283	0.0288	0.5979	0.2334	0.1817	0.0864	0.0829	0.2713	0.1069	0.0886	27.4897	-23.272	20.9023
5	2.3282	0.1974	-0.4496	2.0297	-0.2395	1.9196	0.0284	0.1845	0.0453	-0.0613	0.0201	0.3249	-0.0085	-0.1426	-0.0485	0.1102	0.0044	-0.0434	0.0902	-0.0053	0.0641	-3.5246	-23.3919	32.2865
6	6.0216	-1.2215	1.3808	6.1391	0.6923	7.0091	0.4632	0.2567	-0.4417	0.0419	-0.2467	0.1437	0.7631	-0.1003	-0.2166	0.4131	-0.0195	-0.2026	0.185	-0.1275	0.2038	-15.9283	-31.5975	9.2402
7	2.1375	-0.7853	-0.1084	5.2764	-2.0198	3.8731	-0.1654	-0.234	0.2104	0.0647	0.2618	0.3861	-0.2948	-0.2841	-0.0964	0.1937	0.0389	-0.0415	0.0513	-0.0337	0.1947	-2.5426	29.5268	-20.6883
8	2.175	-1.0102	0.3348	2.3444	-0.1945	2.1501	-0.1291	0.1082	0.2936	0.1003	-0.1176	-0.3702	-0.355	0.421	0.2467	0.1582	-0.1599	-0.068	0.1679	0.0641	0.1246	27.8097	19.5355	-24.251
9	3.7041	-3.6647	3.6733	5.9019	2.3419	22.7182	-0.0482	0.0645	-0.0906	0.7159	0.236	-0.6243	0.5598	-0.4718	-0.1879	0.9643	-0.3909	-0.6132	0.9641	-0.3603	1.0986	41.0393	35.8668	-6.7491
10	2.7952	-0.3907	0.8076	3.782	-1.1867	6.1696	0.0839	0.0172	-0.3564	-0.0479	-0.0143	0.4781	0.0317	-0.234	-0.0696	0.1075	-0.0038	-0.0095	0.0255	-0.0421	0.1667	-1.371	-53.5896	45.8799
11	2.0177	0.6341	-0.1079	1.4819	-0.0236	1.8665	-0.0491	0.1293	-0.1754	-0.0452	-0.1656	-0.1793	0.1676	0.3655	0.2147	0.0541	0.0856	0.0414	0.1859	0.078	0.099	30.6574	-45.2743	45.5446
12	9.3086	-0.5875	5.3318	4.4792	-1.2008	11.4148	0.0683	1.7195	-2.3303	-0.7388	-0.0557	-0.1517	0.3855	0.585	-0.0125	0.5501	0.1613	0.3399	0.6177	-0.303	1.0085	38.8564	-64.6332	28.9065

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	26 - 139
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	140 - 378
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	379 - 533
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	26 - 139
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	140 - 378
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	379 - 533
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	24 - 139
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	140 - 378
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	379 - 505
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	26 - 139
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	140 - 378
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	379 - 527

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)