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- PDB-2wtf: DNA polymerase eta in complex with the cis-diammineplatinum (II) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wtf
タイトルDNA polymerase eta in complex with the cis-diammineplatinum (II) 1,3- GTG intrastrand cross-link
要素
  • 5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*GP*CP)-3'
  • 5'-D(*TP*CP*TP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*CP *TP*CP*AP*CP*CP*AP*CP)-3'
  • DNA POLYMERASE ETA
キーワードTRANSFERASE/DNA / TRANSFERASE-DNA COMPLEX / NUCLEOTIDYLTRANSFERASE / TRANSLESION DNA SYNTHESIS / TRANSFERASE / DNA-BINDING / DNA SYNTHESIS / DNA REPLICATION / MUTATOR PROTEIN / DNA DAMAGE / DNA REPAIR
機能・相同性
機能・相同性情報


Translesion Synthesis by POLH / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / chromosome segregation / response to radiation / site of double-strand break / damaged DNA binding ...Translesion Synthesis by POLH / Termination of translesion DNA synthesis / mitotic sister chromatid cohesion / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / replication fork / chromosome segregation / response to radiation / site of double-strand break / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / mitochondrion / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / : / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily ...DNA polymerase eta, ubiquitin-binding zinc finger / : / Zinc finger UBZ3-type profile. / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cisplatin / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase eta
類似検索 - 構成要素
生物種SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Reissner, T. / Schneider, S. / Ziv, O. / Schorr, S. / Livneh, Z. / Carell, T.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structure of a Cisplatin-(1,3-Gtg) Cross-Link within DNA Polymerase Eta.
著者: Reissner, T. / Schneider, S. / Schorr, S. / Carell, T.
履歴
登録2009年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA POLYMERASE ETA
B: DNA POLYMERASE ETA
O: 5'-D(*TP*CP*TP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*CP *TP*CP*AP*CP*CP*AP*CP)-3'
P: 5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*GP*CP)-3'
S: 5'-D(*TP*CP*TP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*CP *TP*CP*AP*CP*CP*AP*CP)-3'
T: 5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,20320
ポリマ－137,2206
非ポリマー1,98314
水2,162120
1
A: DNA POLYMERASE ETA
O: 5'-D(*TP*CP*TP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*CP *TP*CP*AP*CP*CP*AP*CP)-3'
P: 5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,5619
ポリマ－68,6103
非ポリマー9526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-75.1 kcal/mol
Surface area26160 Å2
手法PISA
2
B: DNA POLYMERASE ETA
S: 5'-D(*TP*CP*TP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*CP *TP*CP*AP*CP*CP*AP*CP)-3'
T: 5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*GP*CP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,64111
ポリマ－68,6103
非ポリマー1,0328
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-97.8 kcal/mol
Surface area25500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.240, 103.240, 292.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.8092, -0.2888, 0.5116), (-0.3173, -0.518, -0.7943), (0.4944, -0.8052, 0.3275)
ベクター: -2.268, 1.101, 1.719)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 DNA POLYMERASE ETA / DNA POLYMERASE ETA RAD30 / RADIATION-SENSITIVE PROTEIN 30


分子量: 60708.648 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-513 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)
プラスミド: PDEST007 DERIVATIVE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q04049, DNA-directed DNA polymerase

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 OSPT

#2: DNA鎖 5'-D(*TP*CP*TP*TP*CP*TP*GP*TP*GP*CP *TP*CP*AP*CP*CP*AP*CP)-3'


分子量: 5089.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: CISPLATIN 1,3 GTG INTRASTRAND CROSS-LINK BETWEEN O 3 AND O 5, S 3 AND S 5
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*GP*GP*TP*GP*AP*GP*CP)-3'


分子量: 2811.846 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 4種, 134分子

#4: 化合物 ChemComp-DTP / 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / dATP


分子量: 491.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-CPT / Cisplatin / diammine(dichloro)platinum


分子量: 300.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl2H6N2Pt / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
解説: MR PHASES WERE COMBINED WITH PLATINUM SAD PHASES USING SHARP
結晶化詳細: 4MG/ML, 11-14% PEG3350, 0.15-0.2M CACL2, 0.1M ATP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.0766
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0766 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.68 Å / Num. obs: 55019 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 57.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0070精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1JIH

1jih


解像度: 2.5→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 8.913 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.441 / ESU R Free: 0.287 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY. RESIDUES A 510-513 DISORDERED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26871 2793 5.1 %RANDOM
Rwork0.22712 ---
obs0.22922 52206 98.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.906 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20 Å2
2---0.28 Å20 Å2
3---0.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8013 878 76 120 9087
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0229239
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.026096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6332.112659
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.946314945
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.68951017
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.54324.688352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.131151528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.7481540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21412
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.029465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021694
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8341.55057
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1481.52055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.628174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32634182
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6944.54484
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.454 196 -
Rwork0.382 3849 -
obs--99.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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