PDB-2wsx: Crystal Structure of Carnitine Transporter from Escherichia coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wsx

タイトル

Crystal Structure of Carnitine Transporter from Escherichia coli

要素

L-CARNITINE/GAMMA-BUTYROBETAINE ANTIPORTER

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

carnitine transport / (R)-carnitine:4-(trimethylammonio)butanoate antiporter activity / 4-(trimethylammonio)butanoate transport / carnitine transmembrane transporter activity / carnitine metabolic process / transmembrane transporter activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

ESCHERICHIA COLI (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Schulze, S. / Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Kuehlbrandt, W.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Na(+)-Independent and Cooperative Substrate/Product Antiport in Cait.
著者: Schulze, S. / Koster, S. / Geldmacher, U. / Terwisscha Van Scheltinga, A.C. / Kuhlbrandt, W.

履歴

登録	2009年9月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wsx.cif.gz	290.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wsx.ent.gz	238.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wsx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wsx_validation.pdf.gz	474.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wsx_full_validation.pdf.gz	550.6 KB	表示
XML形式データ	2wsx_validation.xml.gz	61 KB	表示
CIF形式データ	2wsx_validation.cif.gz	80.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/2wsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/2wsx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wswC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3hfx-1 4m8j-1 5te8-1 4lmx-d 3u07-d 4mfu-1 6uw2-1 4mfv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: L-CARNITINE/GAMMA-BUTYROBETAINE ANTIPORTER

B: L-CARNITINE/GAMMA-BUTYROBETAINE ANTIPORTER

C: L-CARNITINE/GAMMA-BUTYROBETAINE ANTIPORTER

ヘテロ分子

171 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	124.200, 124.200, 154.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
1	2
2	2
3	2
1	3
2	3
3	3

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND RESID 1504
2	1	1	CHAIN B AND RESID 1504
3	1	1	CHAIN C AND RESID 1504
1	1	2	CHAIN A AND RESID 1505
2	1	2	CHAIN B AND RESID 1505
3	1	2	CHAIN C AND RESID 1505
1	1	3	CHAIN A
2	1	3	CHAIN B
3	1	3	CHAIN C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.450035, -0.814944, 0.365149), (0.875963, -0.482368, 0.003042), (0.173656, 0.321226, 0.930944)
ベクター: 51.4352, -18.7749, -7.46858)

#1: タンパク質	L-CARNITINE/GAMMA-BUTYROBETAINE ANTIPORTER / L-CARNITINE-G-BUTYROBETAINE ANTIPORTER 分子量: 56637.855 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P31553
#2: 化合物	ChemComp-NM2 / 3-CARBOXY-N,N,N-TRIMETHYLPROPAN-1-AMINIUM / γ-ブチロベタイン分子量: 146.207 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₆NO₂

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→24.7 Å / Num. obs: 71232 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 1.9 % / B_iso Wilson estimate: 147.63 Å² / R_merge(I) obs: 0.06
反射シェル	解像度: 3.4→3.6 Å / R_merge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 87.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.5→24.676 Å / SU ML: 1.12 / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 29.15 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2711	3357	5 %
R_work	0.2373	-	-
obs	0.239	66982	99.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 99 Å² / k_sol: 0.286 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.23 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	7.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-14.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→24.676 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11703	0	60	0	11763

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	12138
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.302	16608
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.124	4029
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.077	1902
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1983

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
1	3	C	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
2	1	A	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.023
2	3	C	10	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.017
3	1	A	3901	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	3901	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
3	3	C	3901	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.05

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.5499	0.3273	146	0.3365	2680	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5499-3.6027	0.3523	162	0.33	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6027-3.6588	0.3464	125	0.3072	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6588-3.7186	0.355	104	0.3011	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7186-3.7825	0.2951	126	0.2933	2782	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7825-3.851	0.3058	144	0.2861	2606	X-RAY DIFFRACTION	100
3.851-3.9248	0.2647	170	0.2837	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9248-4.0046	0.3446	130	0.2753	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0046-4.0913	0.3076	122	0.2625	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0913-4.186	0.2501	124	0.2447	2710	X-RAY DIFFRACTION	100
4.186-4.2902	0.2893	158	0.248	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2902-4.4056	0.3082	144	0.2414	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4056-4.5344	0.2953	152	0.2438	2618	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5344-4.6798	0.2516	130	0.2228	2620	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6798-4.8459	0.2706	134	0.2176	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8459-5.0383	0.2568	180	0.2255	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0383-5.2655	0.2399	144	0.2326	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2655-5.5402	0.3121	138	0.2568	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5402-5.8829	0.3283	150	0.2398	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
5.8829-6.33	0.3065	150	0.2338	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
6.33-6.954	0.2858	150	0.2155	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
6.954-7.9309	0.2166	124	0.1893	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
7.9309-9.8841	0.1804	112	0.1565	2690	X-RAY DIFFRACTION	100
9.8841-24.6766	0.247	138	0.25	2520	X-RAY DIFFRACTION	95

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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