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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wsx | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Carnitine Transporter from Escherichia coli | ||||||
要素 | L-CARNITINE/GAMMA-BUTYROBETAINE ANTIPORTER | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 (R)-carnitine:4-(trimethylammonio)butanoate antiporter activity / 4-(trimethylammonio)butanoate transport / carnitine transport / carnitine transmembrane transporter activity / carnitine metabolic process / transmembrane transporter activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å | ||||||
データ登録者 | Schulze, S. / Terwisscha van Scheltinga, A.C. / Kuehlbrandt, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2010 タイトル: Structural Basis of Na(+)-Independent and Cooperative Substrate/Product Antiport in Cait. 著者: Schulze, S. / Koster, S. / Geldmacher, U. / Terwisscha Van Scheltinga, A.C. / Kuhlbrandt, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wsx.cif.gz | 290.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wsx.ent.gz | 238.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wsx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wsx_validation.pdf.gz | 474.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2wsx_full_validation.pdf.gz | 550.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2wsx_validation.xml.gz | 61 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wsx_validation.cif.gz | 80.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/2wsx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/2wsx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.450035, -0.814944, 0.365149), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56637.855 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P31553 #2: 化合物 | ChemComp-NM2 / |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 5.5 / 詳細: pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.98 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.5→24.7 Å / Num. obs: 71232 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 1.3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 147.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.6 Å / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 87.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.5→24.676 Å / SU ML: 1.12 / σ(F): 1.01 / 位相誤差: 29.15 / 立体化学のターゲット値: MLHL
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 99 Å2 / ksol: 0.286 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.5→24.676 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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