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万見
- PDB-2wsp: Thermotoga maritima alpha-L-fucosynthase, TmD224G, in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wsp
タイトルThermotoga maritima alpha-L-fucosynthase, TmD224G, in complex with alpha-L-Fuc-(1-2)-beta-L-Fuc-N3
要素ALPHA-L-FUCOSIDASE, PUTATIVE
キーワードHYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / CARBOHYDRATE SYNTHESIS / THERMOPHILIC ENZYME
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-L-fucosidase activity / fucose metabolic process / glycoside catabolic process / lysosome
類似検索 - 分子機能
Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel ...Alpha-L-fucosidase, metazoa-type / Glycoside hydrolase, family 29 / Alpha-L-fucosidase / Alpha-L-fucosidase / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-L-fucosidase, putative
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Sulzenbacher, G. / Lipski, A. / Cobucci-Ponzano, B. / Conte, F. / Bedini, E. / Corsaro, M.M. / Parrilli, M. / Dal Piaz, F. / Lepore, L. / Rossi, M. / Moracci, M.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2009
タイトル: Beta-Glycosyl Azides as Substrates for Alpha-Glycosynthases: Preparation of Novel Efficient Alpha-L-Fucosynthases
著者: Cobucci-Ponzano, B. / Conte, F. / Bedini, E. / Corsaro, M.M. / Parrilli, M. / Sulzenbacher, G. / Lipski, A. / Dal Piaz, F. / Lepore, L. / Rossi, M. / Moracci, M.
履歴
登録2009年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALPHA-L-FUCOSIDASE, PUTATIVE
B: ALPHA-L-FUCOSIDASE, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,1014
ポリマ－104,4282
非ポリマー6732
水1,856103
1
A: ALPHA-L-FUCOSIDASE, PUTATIVE
ヘテロ分子

A: ALPHA-L-FUCOSIDASE, PUTATIVE
ヘテロ分子

A: ALPHA-L-FUCOSIDASE, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,6516
ポリマ－156,6423
非ポリマー1,0093
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-17.9 kcal/mol
Surface area51410 Å2
手法PISA
2
B: ALPHA-L-FUCOSIDASE, PUTATIVE
ヘテロ分子

B: ALPHA-L-FUCOSIDASE, PUTATIVE
ヘテロ分子

B: ALPHA-L-FUCOSIDASE, PUTATIVE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,6516
ポリマ－156,6423
非ポリマー1,0093
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-16.49 kcal/mol
Surface area50550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)180.249, 180.249, 169.733
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.21795, -0.97595, 0.00483), (-0.97589, 0.21787, -0.01263), (0.01128, -0.00747, -0.99991)
ベクター: -0.50002, 0.68324, 85.45492)

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要素

#1: タンパク質 ALPHA-L-FUCOSIDASE, PUTATIVE / ALPHA-L-FUCOSYNTHASE


分子量: 52214.012 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) THERMOTOGA MARITIMA (バクテリア)
株: MSB8 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9WYE2, alpha-L-fucosidase
#2: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-2)-beta-L-fucosyl-azide


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 336.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a1221m-1b_1-5_1*N=^ZN=N][a1221m-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<N2>]{[(1+1)][b-L-Fucp1N]{[(2+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 224 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 224 TO GLY
Has protein modificationY
配列の詳細D224G MUNTANT

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.29 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 18 % PEG600, 5 % JEFFAMINE M-600, 100 MM TRIS-HCL PH 8.0, 14 MG/ML BETA-L-FUC-N3 PROTEIN CONC. 5 MG/ML

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→35 Å / Num. obs: 30789 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 64.184 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.65→2.79 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0102精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1HL8

1hl8


解像度: 2.65→114.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 25.233 / SU ML: 0.241 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.328 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. GLOBAL B-FACTORS, CONTAINING RESIDUAL AND TLS COMPONENT HAVE BEEN DEPOSITED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24059 1536 5.1 %RANDOM
Rwork0.20139 ---
obs0.20338 28873 98.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 51.774 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.76 Å2-0.88 Å2-0 Å2
2---1.76 Å20 Å2
3---2.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→114.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7168 0 46 103 7317
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0227451
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025159
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9491.95210123
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.766312465
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.335863
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.74323.389360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.158151210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.31542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.21036
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0218187
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021643
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3051.54308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0331.51767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.58126947
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.67833143
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.2124.53176
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 114 -
Rwork0.295 2086 -
obs--98.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.82510.0234-0.49931.2727-0.12230.36330.02820.0846-0.1136-0.0502-0.1215-0.0769-0.07290.01560.09330.1205-0.0101-0.00550.13240.00590.13284.9546-26.30963.4392
24.7747-0.76730.81155.79881.10015.60960.22581.0038-0.923-0.8698-0.2114-0.22040.14310.1966-0.01440.15330.05650.07230.2118-0.19380.752618.9695-54.24743.595
30.9699-0.3334-0.35920.717-0.32720.903-0.01620.022-0.04760.0627-0.05310.0340.09070.06170.06930.15560.04410.01070.1950.00650.067924.4251-10.80822.2854
47.3538-1.41950.70553.1157-0.05527.6497-0.213-0.1398-0.13850.74650.1012-0.39810.73191.10380.11180.36210.2615-0.04560.3280.09340.350248.3492-29.891642.3058
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 357
2X-RAY DIFFRACTION2A358 - 447
3X-RAY DIFFRACTION3B5 - 357
4X-RAY DIFFRACTION4B358 - 447

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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