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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wsb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the short-chain dehydrogenase Galactitol- Dehydrogenase (GatDH) of Rhodobacter sphaeroides in complex with NAD | ||||||
要素 | GALACTITOL DEHYDROGENASE | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / SDR / ROSSMANN FOLD / TAGATOSE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 galactitol 2-dehydrogenase (L-tagatose-forming) / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
データ登録者 | Carius, Y. / Christian, H. / Faust, A. / Kornberger, P. / Kohring, G.W. / Giffhorn, F. / Scheidig, A.J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Structural Insight Into Substrate Differentiation of the Sugar-Metabolizing Enzyme Galactitol Dehydrogenase from Rhodobacter Sphaeroides D. 著者: Carius, Y. / Christian, H. / Faust, A. / Zander, U. / Klink, B.U. / Kornberger, P. / Kohring, G.W. / Giffhorn, F. / Scheidig, A.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wsb.cif.gz | 483.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2wsb.ent.gz | 404.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wsb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/2wsb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ws/2wsb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26408.148 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) RHODOBACTER SPHAEROIDES (バクテリア) 株: D / プラスミド: PET24 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C0KTJ6, galactitol 2-dehydrogenase #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NAD / #4: 化合物 | ChemComp-POL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6.5 詳細: 4% N-PROPANOLE, 100MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.5, 200MM SODIUM ACETATE, 30% PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.933 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→19.94 Å / Num. obs: 313700 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→1.28 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 92.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: SWISS PROT MODEL 解像度: 1.25→19.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.548 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.041 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→19.94 Å
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拘束条件 |
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