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- PDB-2wp7: Crystal structure of deSUMOylase(DUF862) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wp7
タイトルCrystal structure of deSUMOylase(DUF862)
要素PPPDE PEPTIDASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
キーワードHYDROLASE / PHOSPHOPROTEIN / UBIQUITIN-LIKE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / importin-alpha family protein binding / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / protein export from nucleus / protein-containing complex ...palmitoyl[protein] hydrolase / palmitoyl-(protein) hydrolase activity / long-chain fatty acyl-CoA hydrolase activity / deSUMOylase activity / protein desumoylation / importin-alpha family protein binding / regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / protein export from nucleus / protein-containing complex / proteolysis / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
PPPDE domains / PPPDE peptidase domain superfamily / PPPDE putative peptidase domain / PPPDE putative peptidase domain / PPPDE peptidase domain / PPPDE domain profile. / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Desumoylating isopeptidase 1
類似検索 - 構成要素
生物種MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kim, J.H. / Woo, J.S. / Oh, B.H.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: Crystal Structure of Desi-1, a Novel Desumoylase Belonging to a Putative Isopeptidase Superfamily.
著者: Suh, H.Y. / Kim, J.H. / Woo, J.S. / Ku, B. / Shin, E.J. / Yun, Y. / Oh, B.H.
履歴
登録2009年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年4月25日Group: Atomic model / Database references / Version format compliance
改定 1.22012年7月18日Group: Database references
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_sheet.number_strands
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PPPDE PEPTIDASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3991
ポリマ－18,3991
非ポリマー00
水95553
1
A: PPPDE PEPTIDASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

A: PPPDE PEPTIDASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,7972
ポリマ－36,7972
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area1990 Å2
ΔGint-22.6 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.033, 42.033, 164.514
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 PPPDE PEPTIDASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / PROTEIN FAM152B / DESUMOLYASE


分子量: 18398.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / プラスミド: PGEX4T-3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9CQT7, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.11 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.6
詳細: 20% (W/V) POLYETHYLENEGLYCOL 3350 AND 200 MM POTASSIUM PHOSPHATE (PH 5.6)

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1
検出器検出器: CCD / 日付: 2008年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 11515 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 33.01
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 80

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3EBQ

3ebq


解像度: 1.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2282 596 4.8 %RANDOM
Rwork0.2234 ---
obs0.2234 11499 92.5 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.639 Å20 Å20 Å2
2--1.639 Å20 Å2
3----3.277 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1225 0 0 53 1278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005778
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.33148
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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