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万見
- PDB-2woo: Nucleotide-free form of S. pombe Get3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2woo
タイトルNucleotide-free form of S. pombe Get3
要素ATPASE GET3
キーワードHYDROLASE / TAIL-ANCHORED / MEMBRANE PROTEIN / TARGETING FACTOR / ENDOPLASMIC RETICULUM / GET3 / ATPASE / TRC40 / ATP-BINDING / GOLGI APPARATUS / ER-GOLGI TRANSPORT / NUCLEOTIDE-BINDING / ARSENICAL RESISTANCE / NUCLEUS / CYTOPLASM / TRANSPORT / ARSA / ARSENITE
機能・相同性
機能・相同性情報


GET complex / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3, eukaryotic / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.006 Å
データ登録者Mateja, A. / Szlachcic, A. / Downing, M.E. / Dobosz, M. / Mariappan, M. / Hegde, R.S. / Keenan, R.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: The Structural Basis of Tail-Anchored Membrane Protein Recognition by Get3.
著者: Mateja, A. / Szlachcic, A. / Downing, M.E. / Dobosz, M. / Mariappan, M. / Hegde, R.S. / Keenan, R.J.
履歴
登録2009年7月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATPASE GET3
B: ATPASE GET3
C: ATPASE GET3
D: ATPASE GET3
E: ATPASE GET3
F: ATPASE GET3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,6829
ポリマ－219,4856
非ポリマー1963
水00
1
A: ATPASE GET3
B: ATPASE GET3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2273
ポリマ－73,1622
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: ATPASE GET3
D: ATPASE GET3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2273
ポリマ－73,1622
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: ATPASE GET3
F: ATPASE GET3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,2273
ポリマ－73,1622
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12800 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area74180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.795, 92.922, 286.468
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A
211CHAIN B
311CHAIN C
411CHAIN D
511CHAIN E
611CHAIN F

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要素

#1: タンパク質
ATPASE GET3 / GET3 / ARR4 / TRC40 / ASNA-1 / ATPASE SUBUNIT OF THE GET COMPLEX / ARSENICAL PUMP-DRIVING ATPASE / ...GET3 / ARR4 / TRC40 / ASNA-1 / ATPASE SUBUNIT OF THE GET COMPLEX / ARSENICAL PUMP-DRIVING ATPASE / ARSENITE-TRANSLOCATING ATPASE / ARSENICAL RESISTANCE ATPASE / ARSENITE-TRANSPORTING ATPASE


分子量: 36580.879 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
プラスミド: PET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA2(DE3)/PLYSS / 参照: UniProt: Q9P7F8, EC: 3.6.3.16
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.1 M MES PH 6.5, 0.4 M MGCL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 37723 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 24.2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 81.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: MONOMER OF PDB ENTRY 2WOJ

2woj


解像度: 3.006→40.687 Å / SU ML: 1 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.27 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: ELECTRON DENSITY IS WEAKEST IN THE HELICAL SUBDOMAINS. DISORDERED SIDECHAINS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 1890 5 %
Rwork0.2373 --
obs0.2397 37721 93.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 64.142 Å2 / ksol: 0.286 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 120.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--19.0285 Å20 Å20 Å2
2--9.7905 Å2-0 Å2
3---7.845 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.006→40.687 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14112 0 3 0 14115
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00814358
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03219368
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.975376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0662238
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042478
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2352X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2352X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
13C2352X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
14D2352X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.035
15E2352X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.037
16F2352X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.038
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0056-3.08080.38541000.36342015X-RAY DIFFRACTION75
3.0808-3.1640.37211120.3242327X-RAY DIFFRACTION87
3.164-3.25710.361340.32572389X-RAY DIFFRACTION89
3.2571-3.36220.31131240.30942456X-RAY DIFFRACTION90
3.3622-3.48230.33911390.29172448X-RAY DIFFRACTION92
3.4823-3.62160.32621220.26862491X-RAY DIFFRACTION93
3.6216-3.78630.30331240.25592546X-RAY DIFFRACTION94
3.7863-3.98580.29471540.23362603X-RAY DIFFRACTION96
3.9858-4.23530.26781430.23922688X-RAY DIFFRACTION99
4.2353-4.56190.28171560.20722706X-RAY DIFFRACTION100
4.5619-5.02020.2621570.18942718X-RAY DIFFRACTION100
5.0202-5.74490.25141270.20352779X-RAY DIFFRACTION100
5.7449-7.23130.24621500.22252785X-RAY DIFFRACTION100
7.2313-40.69020.25531480.20062880X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.8863-0.31721.31570.83060.45291.8690.109-0.2575-0.0160.09550.0048-0.0526-0.180.0848-00.81020.00370.06580.6494-0.13650.515425.498726.733738.45
21.0998-0.22010.37393.47391.42332.0003-0.278-0.1384-0.120.19470.4170.23790.1369-0.0331-00.7860.0518-0.01750.89660.04140.504935.9284-0.797958.9086
32.0957-0.43251.58971.5797-1.10663.64490.33470.0899-0.2768-0.0972-0.06180.14640.59940.271600.58320.1175-0.08680.4463-0.1260.471525.49888.19596.3327
40.49870.7885-2.19921.3024-2.47996.3420.0930.2668-0.341-0.05510.42730.5941-0.0293-1.0062-00.7787-0.0103-0.17040.82290.05611.0222-8.3574-4.97648.8724
52.82872.2804-1.94672.4927-2.0583.35850.0834-0.148-0.17850.36930.1490.30150.1814-0.3867-00.98420.0625-0.15580.7175-0.05610.83361.0189-34.68229.5306
61.50770.5114-0.71783.2432-0.13122.1701-0.1718-0.50260.0470.20.29950.14250.14350.215100.99370.1212-0.02891.26030.06531.0607-0.7872-18.453761.0351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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