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- PDB-2wnt: Crystal Structure of the Human Ribosomal protein S6 kinase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wnt
タイトルCrystal Structure of the Human Ribosomal protein S6 kinase
要素RIBOSOMAL PROTEIN S6 KINASE
キーワードTRANSFERASE / ATP-BINDING / POLYMORPHISM / METAL-BINDING / HUMAN / KINASE / RIBOSOMAL / MAGNESIUM / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE / PHOSPHOPROTEIN / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / ribosomal protein S6 kinase activity / CREB phosphorylation / hepatocyte proliferation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / RSK activation / negative regulation of TOR signaling / ERK/MAPK targets ...regulation of translation in response to stress / CREB1 phosphorylation through NMDA receptor-mediated activation of RAS signaling / ribosomal protein S6 kinase activity / CREB phosphorylation / hepatocyte proliferation / positive regulation of hepatic stellate cell activation / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / RSK activation / negative regulation of TOR signaling / ERK/MAPK targets / Recycling pathway of L1 / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / positive regulation of cell differentiation / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / positive regulation of cell growth / chemical synaptic transmission / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / cell cycle / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / synapse / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Ribosomal S6 kinase, N-terminal catalytic domain / Ribosomal protein S6 kinase II / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Ribosomal protein S6 kinase alpha-1
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Muniz, J.R.C. / Elkins, J.M. / Wang, J. / Ugochukwu, E. / Salah, E. / King, O. / Picaud, S. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. ...Muniz, J.R.C. / Elkins, J.M. / Wang, J. / Ugochukwu, E. / Salah, E. / King, O. / Picaud, S. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Knapp, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human Ribosomal Protein S6 Kinase
著者: Muniz, J.R.C. / Elkins, J.M. / Wang, J. / Ugochukwu, E. / Salah, E. / King, O. / Picaud, S. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Knapp, S.
履歴
登録2009年7月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年8月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBOSOMAL PROTEIN S6 KINASE
B: RIBOSOMAL PROTEIN S6 KINASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6318
ポリマ-74,3152
非ポリマー3176
4,270237
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-55.78 kcal/mol
Surface area25060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.660, 142.910, 60.960
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.90, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
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12
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13
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110
210
111
211
112
212
113
213
114
214
115
215
116
216
117
217

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 418:425)
211CHAIN B AND (RESSEQ 418:425)
112CHAIN A AND (RESSEQ 432:447)
212CHAIN B AND (RESSEQ 432:447)
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213CHAIN B AND (RESSEQ 448:456)
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214CHAIN B AND (RESSEQ 457:479)
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215CHAIN B AND (RESSEQ 486:502)
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NCSアンサンブル:
ID
1
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NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.999874, -0.011587, 0.010804), (0.009491, -0.984138, -0.17715), (0.012686, -0.177025, 0.984125)
ベクター: 20.3565, 1.03814, -0.69162)

-
要素

#1: タンパク質 RIBOSOMAL PROTEIN S6 KINASE / 90 KDA RIBOSOMAL PROTEIN S6 KINASE 1 / P90-RSK 1 / PP90RSK1 / P90S6K / RIBOSOMAL S6 KINASE 1 / MAP ...90 KDA RIBOSOMAL PROTEIN S6 KINASE 1 / P90-RSK 1 / PP90RSK1 / P90S6K / RIBOSOMAL S6 KINASE 1 / MAP KINASE-ACTIVATED PROTEIN KINASE 1A / S6K-ALPHA 1 / RSK-1 / MAPKAPK1A


分子量: 37157.270 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 413-719 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: PKINASE C FROM 341-385 AND PKINASE FROM 418-675 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
参照: UniProt: Q15418, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / : Na
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
解説: DATA COLLECTED UP TO 2.3, BUT CUTTED IN 2.4 DURING REFINEMENT.
結晶化詳細: 20% PEG 3350, 0.20M NA(FORM)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97117
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97117 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→39.52 Å / Num. obs: 29999 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 1.05 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→39.515 Å / SU ML: 0.22 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 26.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2402 1756 6.7 %
Rwork0.1893 --
obs0.1927 26392 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 67.792 Å2 / ksol: 0.343 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.6603 Å20 Å2-1.342 Å2
2---4.5879 Å2-0 Å2
3---12.2482 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.515 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4290 0 18 237 4545
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0054482
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.96093
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7111596
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X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003787
Refine LS restraints NCS
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LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4-2.46490.29341310.25851916X-RAY DIFFRACTION100
2.4649-2.53740.28151390.24531864X-RAY DIFFRACTION100
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2.8215-2.94990.27541290.19671869X-RAY DIFFRACTION100
2.9499-3.10540.25221370.19191907X-RAY DIFFRACTION100
3.1054-3.29980.23881420.17861906X-RAY DIFFRACTION100
3.2998-3.55450.2131340.16541878X-RAY DIFFRACTION100
3.5545-3.91190.20041410.15531886X-RAY DIFFRACTION100
3.9119-4.47730.2011240.15231911X-RAY DIFFRACTION100
4.4773-5.63830.20861390.16951913X-RAY DIFFRACTION100
5.6383-39.52040.25751360.20541908X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.62673.46830.10126.0663-0.01334.11650.6889-0.57680.427-0.0349-1.03330.8099-0.19070.62110.39260.53540.1391-0.10250.9771-0.2020.89947.760121.973944.7778
22.24612.453-0.4733-0.52660.0631.7373-0.5410.4101-1.08910.43610.184-0.6991-0.7214-0.3620.26610.78640.2689-0.61650.7882-0.5832.1552-3.233819.518237.195
33.78652.17162.78725.10491.55554.2890.49060.11081.67160.789-1.24260.49520.50680.41990.35060.4091-0.0115-0.13870.575-0.07820.692612.305818.624743.2822
4-5.50721.37292.11438.64-0.3475-1.74710.08461.7401-0.05140.3948-0.77651.31560.6094-0.19370.74210.2556-0.38790.24830.8369-0.27240.9187-2.670610.781938.2444
50.64730.1807-0.54741.80694.04013.0567-0.201-0.1104-0.25320.4412-0.29570.10091.02130.25790.42830.30530.0513-0.01230.14550.11670.4718.81317.958730.1822
61.40280.3933-0.0272-0.9990.4058-0.32390.284-0.5435-0.39160.7135-0.9459-0.02890.292-0.04460.22141.9737-1.34330.41051.54920.20071.2387-1.18948.425544.8477
71.56322.017-1.20371.673-1.47852.79060.2622-0.3860.34130.10910.01280.51950.0134-0.1445-0.20220.2101-0.0240.02220.2965-0.05050.42619.777423.727331.0593
83.09496.3941-4.21398.74614.79787.05340.1679-0.4734-0.15070.6646-0.64640.44780.25880.80140.04760.3083-0.1598-0.07280.4607-0.13370.532913.779735.252823.5091
90.4831-1.2405-0.31071.92820.24771.0308-0.07240.25110.32210.1460.2264-0.704-0.03590.1243-0.09140.10630.01880.00190.1630.03040.322814.831624.503814.6347
102.1278-2.5018-0.95082.23410.86122.3533-0.0922-0.1994-0.0886-0.0355-0.07430.1898-0.07940.01280.14670.20650.00160.05980.17390.02590.56189.279717.432122.9589
116.6579-7.0584-2.65557.7792.48358.9045-0.753-1.2885-2.27860.72170.19372.40991.0350.48911.05910.2179-0.03810.31940.18540.03240.99750.29998.97324.9117
124.5406-1.592-0.97882.72780.12910.0716-0.00460.3134-1.40892.1602-0.65141.016-0.1827-0.03430.49110.5298-0.09560.14220.25130.06491.14781.377-4.557320.4932
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143.1274-1.40750.4589-0.43340.67091.5130.08030.2125-0.43380.28290.01180.47280.0856-0.1678-0.08480.0689-0.00360.00910.18590.00120.7414-1.534322.966413.9319
151.6994-1.735-0.68641.3448-0.15041.56470.13620.25830.02630.0464-0.45560.0059-0.16180.01680.18690.131-0.0013-0.01280.241-0.02040.6438-11.401427.160810.6425
162.0014-1.7128-4.56214.5348-6.44651.99820.88570.30121.05480.14290.39460.1621-1.0061-0.855-0.65840.17210.0443-0.15170.26440.08230.5826-0.196833.71382.64
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394.1752-4.2573-9.60541.8217.41988.1473-1.22511.1352-0.92040.8385-0.5681-0.11050.50050.71290.87760.1375-0.062-0.13280.3359-0.07050.912712.3304-39.1728.0897
404.1353-1.76010.29142.2525-1.6241.33310.0469-0.42030.3002-0.1208-0.18670.61050.07010.38110.10280.18560.0101-0.06590.26370.10560.550324.7459-32.014916.4944
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 418:425)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 426:431)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 432:447)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 448:456)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN A AND RESID 457:479)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN A AND RESID 480:485)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN A AND RESID 486:502)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN A AND RESID 503:505)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN A AND RESID 506:522)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN A AND RESID 523:557)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN A AND RESID 558:563)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN A AND RESID 564:573)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN A AND RESID 574:577)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN A AND RESID 587:621)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN A AND RESID 622:634)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN A AND RESID 635:637)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN A AND RESID 638:643)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN A AND RESID 644:685)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN A AND RESID 686:688)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN A AND RESID 689:707)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN B AND RESID 418:425)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN B AND RESID 426:431)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN B AND RESID 432:447)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN B AND RESID 448:456)
25X-RAY DIFFRACTION25(CHAIN B AND RESID 457:479)
26X-RAY DIFFRACTION26(CHAIN B AND RESID 480:485)
27X-RAY DIFFRACTION27(CHAIN B AND RESID 486:502)
28X-RAY DIFFRACTION28(CHAIN B AND RESID 503:505)
29X-RAY DIFFRACTION29(CHAIN B AND RESID 506:522)
30X-RAY DIFFRACTION30(CHAIN B AND RESID 523:557)
31X-RAY DIFFRACTION31(CHAIN B AND RESID 558:563)
32X-RAY DIFFRACTION32(CHAIN B AND RESID 564:573)
33X-RAY DIFFRACTION33(CHAIN B AND RESID 574:576)
34X-RAY DIFFRACTION34(CHAIN B AND RESID 587:621)
35X-RAY DIFFRACTION35(CHAIN B AND RESID 622:634)
36X-RAY DIFFRACTION36(CHAIN B AND RESID 635:637)
37X-RAY DIFFRACTION37(CHAIN B AND RESID 638:643)
38X-RAY DIFFRACTION38(CHAIN B AND RESID 644:685)
39X-RAY DIFFRACTION39(CHAIN B AND RESID 686:688)
40X-RAY DIFFRACTION40(CHAIN B AND RESID 689:707)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る