PDB-2wnl: CRYSTAL STRUCTURE OF APLYSIA ACHBP IN COMPLEX WITH ANABASEINE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wnl

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF APLYSIA ACHBP IN COMPLEX WITH ANABASEINE

要素

SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

キーワード

RECEPTOR / ANABASEINE / ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Sulzenbacher, G. / Hibbs, R. / Shi, J. / Talley, T. / Conrod, S. / Kem, W. / Taylor, P. / Marchot, P. / Bourne, Y.

引用

ジャーナル: EMBO J. / 年: 2009
タイトル: Structural determinants for interaction of partial agonists with acetylcholine binding protein and neuronal alpha7 nicotinic acetylcholine receptor.
著者: Hibbs, R.E. / Sulzenbacher, G. / Shi, J. / Talley, T.T. / Conrod, S. / Kem, W.R. / Taylor, P. / Marchot, P. / Bourne, Y.

履歴

登録	2009年7月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 2.0	2018年11月21日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _atom_site.label_alt_id / _citation.journal_abbrev ..._atom_site.label_alt_id / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _struct_conn_type.id
改定 2.1	2019年4月3日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 2.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wnl.cif.gz	427.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wnl.ent.gz	353.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wnl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/2wnl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wn/2wnl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wn9C 2wncC 2wnjC 2bynS 2br7 2br8 2byp 2byq 2byr 2bys 2c9t 2uz6 2w8f 2w8g 2y7y C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4frr-1 4frr-2 2wnc-d 2byr-2 2wzy-1 2wzy-2 5tsf-d 2x00-d 3c79-d 4xk9-2 5tvh-d 5brx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

F: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

G: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

H: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

I: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

J: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

ヘテロ分子

261 kDa, 10 ポリマー
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1

F: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

G: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

H: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

I: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

J: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
130 kDa, 5 ポリマー
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2

A: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

B: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

C: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

D: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

E: SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
131 kDa, 5 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	84.251, 125.768, 257.001
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 95.40, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	E
5	1	F
6	1	G
7	1	H
8	1	I
9	1	J
1	2	A
2	2	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Auth seq-ID: 22 - 180 / Label seq-ID: 30 - 188

Dom-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	3	A	A
2	1	3	B	B
3	1	3	C	C
4	1	3	E	E
5	1	3	F	F
6	1	3	G	G
7	1	3	H	H
8	1	3	I	I
9	1	3	J	J
1	2	5	A	A
2	2	5	D	D

NCSアンサンブル:

ID
1
2

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 13分子 ABCDEFGHIJ

#1: タンパク質

SOLUBLE ACETYLCHOLINE RECEPTOR / ACETYLCHOLINE BINDING PROTEIN

分子量: 25852.744 Da / 分子数: 10 / 断片: RESIDUES 18-236 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

APLYSIA CALIFORNICA (無脊椎動物)
Cell: SENSORY CELL / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

HOMO SAPIENS (ヒト) / 参照: UniProt: Q8WSF8

#6: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 320分子

#2: 化合物	ChemComp-AN4 / 3,4,5,6-tetrahydro-2,3'-bipyridine / anabaseine / アナバセイン分子量: 160.216 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₂ / コメント: alkaloid, 毒素*YM
#3: 化合物	ChemComp-AN5 / 5-amino-1-pyridin-3-ylpentan-1-one 分子量: 178.231 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₂O
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 307 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 19% PEG4000, 95 MM NA-CITRATE, PH 5.6, 19% ISOPROPANOL, 5% GLYCEROL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.872
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→70 Å / Num. obs: 73265 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 47.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BYN

2byn

解像度: 2.7→258.2 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.889 / SU B: 27.976 / SU ML: 0.261 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.215 / ESU R Free: 0.34 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. GLOBAL B-FACTORS, CONTAINING RESIDUAL AND TLS COMPONENT HAVE BEEN DEPOSITED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25059	2199	3 %	RANDOM
R_work	0.2018	-	-	-
obs	0.20327	70727	99.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 40.515 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.95 Å²	-0 Å²	0.43 Å²
2-	-	2.63 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→258.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16874	0	170	307	17351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	17541
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11715
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.108	1.959	23899
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.897	3	28532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.121	5	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.264	24.33	836
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.18	15	2841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.432	15	107
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	2645
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	19447
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3560
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.555	2.5	10623
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.06	2.5	4191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.031	3.5	17357
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.955	2.5	6918
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.542	3.5	6534
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	934	tight positional	0.19	0.4
1	2	B	934	tight positional	0.2	0.4
1	3	C	934	tight positional	0.17	0.4
1	4	E	934	tight positional	0.23	0.4
1	5	F	934	tight positional	0.2	0.4
1	6	G	934	tight positional	0.24	0.4
1	7	H	934	tight positional	0.24	0.4
1	8	I	934	tight positional	0.32	0.4
1	9	J	934	tight positional	0.2	0.4
2	1	A	938	medium positional	0.17	0.8
2	2	D	938	medium positional	0.17	0.8
1	1	A	1097	loose positional	0.58	10
1	2	B	1097	loose positional	0.53	10
1	3	C	1097	loose positional	0.65	10
1	4	E	1097	loose positional	0.64	10
1	5	F	1097	loose positional	0.52	10
1	6	G	1097	loose positional	0.59	10
1	7	H	1097	loose positional	0.57	10
1	8	I	1097	loose positional	0.75	10
1	9	J	1097	loose positional	0.61	10
2	1	A	1133	loose positional	0.43	10
2	2	D	1133	loose positional	0.43	10
1	1	A	934	tight thermal	0.04	0.5
1	2	B	934	tight thermal	0.03	0.5
1	3	C	934	tight thermal	0.03	0.5
1	4	E	934	tight thermal	0.03	0.5
1	5	F	934	tight thermal	0.04	0.5
1	6	G	934	tight thermal	0.03	0.5
1	7	H	934	tight thermal	0.03	0.5
1	8	I	934	tight thermal	0.03	0.5
1	9	J	934	tight thermal	0.04	0.5
2	1	A	938	medium thermal	0.33	2
2	2	D	938	medium thermal	0.33	2
1	1	A	1097	loose thermal	0.03	10
1	2	B	1097	loose thermal	0.03	10
1	3	C	1097	loose thermal	0.03	10
1	4	E	1097	loose thermal	0.04	10
1	5	F	1097	loose thermal	0.04	10
1	6	G	1097	loose thermal	0.03	10
1	7	H	1097	loose thermal	0.03	10
1	8	I	1097	loose thermal	0.03	10
1	9	J	1097	loose thermal	0.03	10
2	1	A	1133	loose thermal	0.37	10
2	2	D	1133	loose thermal	0.37	10

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.365	158	-
R_work	0.308	5190	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4128	0.0371	0.2935	2.0687	-0.2391	1.6159	-0.0072	0.2378	0.0082	-0.112	0.0198	0.054	0.0086	-0.0233	-0.0126	0.0093	-0.0198	0.0063	0.146	-0.0506	0.0286	28.555	11.8	69.878
2	1.6422	-0.1578	0.2153	1.9485	-0.0479	2.491	0.0213	-0.0786	0.3331	0.0242	-0.0161	-0.0644	-0.3566	-0.0157	-0.0052	0.0735	-0.048	0.0146	0.1152	-0.0162	0.1095	38.533	31.802	84.723
3	1.7622	-0.3366	-0.1544	2.1285	-0.0042	1.5709	0.1146	-0.1575	0.2337	0.0632	-0.0341	0.0612	-0.1858	-0.1407	-0.0805	0.1074	-0.0426	-0.0165	0.2034	-0.0393	0.0777	30.365	29.026	110.046
4	1.5797	0.2718	-0.2703	1.5602	0.8138	2.1091	-0.0011	-0.0828	-0.0919	0.1168	-0.066	0.232	0.2397	-0.4985	0.0671	0.15	-0.1234	-0.0135	0.2899	0.037	0.0744	14.737	7.335	110.948
5	2.5232	-0.051	0.3596	1.3273	-0.4151	2.318	0.0492	-0.0418	-0.1139	0.0208	0.0322	0.1542	0.2903	-0.4704	-0.0814	0.1469	-0.137	-0.018	0.1899	-0.0303	0.1347	13.866	-3.621	85.856
6	1.6877	0.5206	0.0525	1.3757	0.1564	1.5321	0.0072	-0.3091	-0.0771	0.103	-0.0306	-0.0977	-0.0115	0.0532	0.0234	0.0471	0.0208	0.033	0.0742	0.0224	0.0636	60.889	35.526	56.992
7	1.8104	0.0836	0.0442	1.4195	0.5371	2.4447	0.0509	-0.1644	0.2125	-0.2003	0.1187	-0.2509	-0.2661	0.4572	-0.1696	0.1401	-0.0742	0.0573	0.1054	-0.0617	0.1897	76.098	52.068	42.061
8	2.6619	-1.1391	-0.9013	1.5481	0.6937	1.2256	0.1558	0.0422	0.3612	-0.2667	0.014	-0.1737	-0.2055	0.1467	-0.1698	0.285	-0.0622	0.0495	0.0549	0.0286	0.119	77.629	42.763	17.027
9	1.5736	0.4018	-0.9441	1.2518	0.283	1.8822	-0.1151	0.0721	-0.2733	-0.1251	0.0051	-0.0805	0.3382	-0.1052	0.11	0.2604	-0.0532	0.0123	0.0183	-0.0201	0.0841	63.309	20.081	16.228
10	1.4643	-0.416	0.272	1.575	-0.5312	2.7132	-0.0696	-0.0533	-0.2239	-0.1191	-0.0419	0.0065	0.4902	-0.1149	0.1115	0.1594	-0.0464	0.0542	0.0274	-0.0051	0.1552	53.02	15.763	40.982

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-4 - 207
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-4 - 207
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-4 - 207
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-4 - 207
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-4 - 207
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-4 - 207
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	-4 - 207
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	-4 - 207
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	-4 - 207
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	-4 - 207

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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