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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wmz | ||||||
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タイトル | Structure of a mutated TolC | ||||||
![]() | OUTER MEMBRANE PROTEIN TOLC | ||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / TYPE-I SECRETION / CELL OUTER MEMBRANE / TRANSPORT / DRUG-EFFLUX | ||||||
機能・相同性 | ![]() MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport / porin activity / efflux transmembrane transporter activity ...MacAB-TolC complex / enterobactin transport / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / periplasmic side of plasma membrane / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid and bile salt transport / porin activity / efflux transmembrane transporter activity / monoatomic ion transmembrane transport / cell outer membrane / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / monoatomic ion channel activity / outer membrane-bounded periplasmic space / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hinchliffe, P. / Pei, X.Y. / Symmons, M.F. / Koronakis, E. / Hughes, C. / Koronakis, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of Sequential Open States in a Symmetrical Opening Transition of the Tolc Exit Duct. 著者: Pei, X.Y. / Hinchliffe, P. / Symmons, M.F. / Koronakis, E. / Benz, R. / Hughes, C. / Koronakis, V. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 13-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 14-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 252.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 205.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 467.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 517 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 51 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 46933.723 Da / 分子数: 3 断片: MATURE PROTEIN WITH 43 C-TERMINAL RESIDUES REMOVED, RESIDUES 23-450 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PGE / #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ARG 389 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ARG 389 TO SER ...ENGINEERED | 非ポリマーの詳細 | TRIETHYLEN | 配列の詳細 | V TO L AT GENE POSITION 191 IN ISOLATE USED FOR STRUCTURE DETERMINATION - CORRESPONDS TO L169 IN ...V TO L AT GENE POSITION 191 IN ISOLATE USED FOR STRUCTURE DETERMINAT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.059 Å3/Da / 溶媒含有率: 69 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7 詳細: 50 MM TRIS PH 8.2, 50 MM NACL, 14% PEG2000, 0.075% N-DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE, 0.3% N-OCTYL BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月3日 / 詳細: KIRKPATRICK BAEZ BIMORPH MIRROR PAIR |
放射 | モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→29.93 Å / Num. obs: 51195 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.8 % / Biso Wilson estimate: 61.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 98 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1EK9 CHAIN A 解像度: 2.9→29.93 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2898038.02 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: GEOMETRIC REFINEMENT WAS CARRIED OUT USING CNS VERSION 1.1. B-FACTOR REFINEMENT, BULK SOLVENT MODELLING, AND FINAL R-FACTORS ARE FROM PHENIX. TRIETHYLENE GLYCOL PARAMETER FILE AND TOPOLOGY ...詳細: GEOMETRIC REFINEMENT WAS CARRIED OUT USING CNS VERSION 1.1. B-FACTOR REFINEMENT, BULK SOLVENT MODELLING, AND FINAL R-FACTORS ARE FROM PHENIX. TRIETHYLENE GLYCOL PARAMETER FILE AND TOPOLOGY FILE WERE FROM HIC-UP DATABASE.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: PHENIX FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 24.73 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 59.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.93 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.024 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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