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- PDB-2wmy: Crystal structure of the tyrosine phosphatase Wzb from Escherichi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wmy
タイトルCrystal structure of the tyrosine phosphatase Wzb from Escherichia coli K30 in complex with sulphate.
要素PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
キーワードHYDROLASE / PHOSPHATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity
類似検索 - 分子機能
Protein-tyrosine phosphatase, low molecular weight / Phosphotyrosine protein phosphatase I / Phosphotyrosine protein phosphatase I superfamily / Low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase / Low molecular weight phosphatase family / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / protein-tyrosine-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.211 Å
データ登録者Huang, H. / Hagelueken, G. / Whitfield, C. / Naismith, J.H.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of the Capsular Export Regulating Tyrosine Phosphatases Wzb of Escherichia Coli and Cpsb of Streptococcus Pneumoniae.
著者: Hagelueken, G. / Huang, H. / Mainprize, I.L. / Whitfield, C. / Naismith, J.H.
履歴
登録2009年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
B: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
C: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
D: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
E: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
F: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
G: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
H: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,57822
ポリマ－134,3078
非ポリマー1,27014
水10,665592
1
A: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9433
ポリマ－16,7881
非ポリマー1552
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0394
ポリマ－16,7881
非ポリマー2513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8842
ポリマ－16,7881
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8842
ポリマ－16,7881
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8842
ポリマ－16,7881
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,9813
ポリマ－16,7881
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8842
ポリマ－16,7881
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0774
ポリマ－16,7881
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.902, 53.062, 113.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
PUTATIVE ACID PHOSPHATASE WZB / WZB


分子量: 16788.420 Da / 分子数: 8 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K30 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA / 参照: UniProt: Q9X4B8, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 592 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 48 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 48 TO THR ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ALA 48 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ALA 48 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ALA 48 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, ALA 48 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN E, ALA 48 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN F, ALA 48 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN G, ALA 48 TO THR ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN H, ALA 48 TO THR

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.7 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 0.1M TRIS-CL PH 8.5, 1.2 M LI2SO4, 0.01M NICL2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器日付: 2009年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→34 Å / Num. obs: 59360 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 27.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 2.21→2.25 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 80.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WJA

2wja


解像度: 2.211→33.967 Å / SU ML: 0.77 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.19 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2606 2987 5 %
Rwork0.2063 --
obs0.2091 59360 96.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.41 Å2 / ksol: 0.364 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4497 Å20 Å20.2166 Å2
2--6.3795 Å2-0 Å2
3----4.9299 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.211→33.967 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9021 0 62 592 9675
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0059275
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.88412497
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3533493
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641384
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031585
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2107-2.2470.26191050.22462149X-RAY DIFFRACTION78
2.247-2.28570.32941240.22792519X-RAY DIFFRACTION91
2.2857-2.32730.32891380.24272632X-RAY DIFFRACTION95
2.3273-2.3720.32851330.24462656X-RAY DIFFRACTION96
2.372-2.42040.31561210.24212721X-RAY DIFFRACTION97
2.4204-2.4730.33481430.23252637X-RAY DIFFRACTION97
2.473-2.53050.31791430.21212704X-RAY DIFFRACTION97
2.5305-2.59380.32241410.22112667X-RAY DIFFRACTION97
2.5938-2.66390.28921360.23332728X-RAY DIFFRACTION98
2.6639-2.74230.32191630.23382668X-RAY DIFFRACTION97
2.7423-2.83070.2811380.23532714X-RAY DIFFRACTION97
2.8307-2.93180.31091670.23762666X-RAY DIFFRACTION98
2.9318-3.04920.25271300.21872720X-RAY DIFFRACTION97
3.0492-3.18780.27311590.21092736X-RAY DIFFRACTION99
3.1878-3.35580.2641580.19872703X-RAY DIFFRACTION99
3.3558-3.56580.2111420.16862791X-RAY DIFFRACTION99
3.5658-3.84080.19961440.15452757X-RAY DIFFRACTION99
3.8408-4.22660.18381530.14162771X-RAY DIFFRACTION99
4.2266-4.83680.19861470.14812803X-RAY DIFFRACTION99
4.8368-6.08810.21391500.1692799X-RAY DIFFRACTION99
6.0881-33.97130.23861520.19682832X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5434-1.1832-0.560.79960.54592.2304-0.0413-0.10970.13680.02230.0657-0.0571-0.00510.0857-0.01350.1073-0.0139-0.01270.0868-0.00180.116910.54869.2354-18.239
22.285-0.4635-0.77110.81550.29742.2081-0.00860.1809-0.03570.0902-0.0433-0.05390.132-0.12610.04190.0679-0.012-0.01130.07590.01190.0974-15.737711.8278-38.7662
31.9460.96820.99031.80841.15082.70650.0952-0.055-0.07340.1088-0.0682-0.1813-0.1022-0.1261-0.02660.10750.0041-0.04260.06490.00830.1318-11.8247-15.1886-17.3761
41.99090.32291.16951.45430.91372.2284-0.00280.3735-0.2629-0.0054-0.00490.00110.05510.08270.00010.11890.0131-0.00950.2275-0.07590.1614.3601-13.6941-39.5551
52.3613-1.06650.73081.3795-0.8152.5454-0.0265-0.0436-0.09450.04390.060.0446-0.0004-0.0838-0.03740.098-0.00580.01190.06930.00070.1097-61.462-9.3466-18.2103
62.0917-0.62440.99740.5670.00161.66280.02690.19760.01140.0172-0.09060.0456-0.15040.13770.05660.089-0.02440.0120.1103-0.00160.1027-35.2612-11.8592-38.7969
72.22370.7501-0.7231.6103-1.23582.94020.0913-0.02860.05750.1278-0.0540.15580.06520.1533-0.01330.1081-0.0060.03610.0515-0.00830.114-39.041815.1025-17.5525
81.87660.3862-1.15151.7378-1.0842.0729-0.0080.35890.2205-0.0342-0.0068-0.01780.0131-0.1010.03310.0720.00270.01610.19060.06940.1339-65.335413.4928-39.4099
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN D
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN E
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN F
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN G
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN H

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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