+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2wm4 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-ray structure of Mycobacterium tuberculosis cytochrome P450 CYP124 in complex with phytanic acid | ||||||
要素 | PUTATIVE CYTOCHROME P450 124 | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / METAL-BINDING / OMEGA-HYDROXYLATION / P450 / IRON / HEME / FATTY ACID / MONOOXYGENASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 methyl-branched lipid omega-hydroxylase / methyl-branched fatty acid metabolic process / cholesterol 26-hydroxylase activity / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase [(25R)-3-oxocholest-4-en-26-oate forming] / fatty acid omega-oxidation / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / NADPH binding / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å | ||||||
データ登録者 | Johnston, J.B. / Kells, P.M. / Podust, L.M. / Ortiz de Montellano, P.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2009 タイトル: Biochemical and structural characterization of CYP124: a methyl-branched lipid omega-hydroxylase from Mycobacterium tuberculosis. 著者: Johnston, J.B. / Kells, P.M. / Podust, L.M. / Ortiz de Montellano, P.R. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2wm4.cif.gz | 188.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2wm4.ent.gz | 146.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2wm4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2wm4_validation.pdf.gz | 955.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2wm4_full_validation.pdf.gz | 966.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2wm4_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2wm4_validation.cif.gz | 29.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/2wm4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wm/2wm4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48838.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS (結核菌) 株: H37RV / プラスミド: PCWORI / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) 参照: UniProt: P0A516, UniProt: P9WPP3*PLUS, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-VGJ / ( |
#4: 化合物 | ChemComp-CA / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | ENGINEERED |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.2 % / 解説: NONE |
---|---|
結晶化 | pH: 5.5 詳細: 21% PEG4000, 0.1 M BIS-TRIS, PH 5.5, 0.2 M CALCIUM ACETATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月24日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.11587 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 24784 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 29.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 30.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 76.6 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2WM5 解像度: 2.11→43.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 12.276 / SU ML: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.2 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.366 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.11→43.94 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|