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- PDB-2wjr: NanC porin structure in rhombohedral crystal form. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wjr
タイトルNanC porin structure in rhombohedral crystal form.
要素PROBABLE N-ACETYLNEURAMINIC ACID OUTER MEMBRANE CHANNEL PROTEIN NANC
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CELL MEMBRANE / ION TRANSPORT / TRANSMEMBRANE / PORIN / MEMBRANE / TRANSPORT / BETA-BARREL / KDGM FAMILY / MEMBRANE PROTEIN / SIALIC ACID TRANSLOCATION / MONOMERIC PORIN / SUGAR TRANSPORT / CELL OUTER MEMBRANE / CARBOHYDRATE TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide transport / oligosaccharide transporting porin activity / sialic acid transmembrane transporter activity / sialic acid transport / porin activity / pore complex / monoatomic ion transport / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Oligogalacturonate-specific porin / Oligogalacturonate-specific porin protein (KdgM) / monomeric porin ompg / : / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-OCTANE / PHOSPHATE ION / N-acetylneuraminic acid outer membrane channel protein NanC
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Wirth, C. / Condemine, G. / Schirmer, T. / Peneff, C.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Nanc Crystal Structure, a Model for Outer Membrane Channels of the Acidic Sugar-Specific Kdgm Porin Family.
著者: Wirth, C. / Condemine, G. / Boiteux, C. / Berneche, S. / Schirmer, T. / Peneff, C.M.
履歴
登録2009年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 14-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 15-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROBABLE N-ACETYLNEURAMINIC ACID OUTER MEMBRANE CHANNEL PROTEIN NANC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4178
ポリマ－25,3891
非ポリマー1,0287
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.901, 74.901, 126.410
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 PROBABLE N-ACETYLNEURAMINIC ACID OUTER MEMBRANE CHANNEL PROTEIN NANC / NANR-REGULATED CHANNEL / PORIN NANC / N-ACETYLNEURAMINIC ACID-INDUCIBLE OUTER MEMBRANE CHANNEL PROTEIN NANC


分子量: 25388.844 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 25-238 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PKSM717 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)OMP8/PLYS / 参照: UniProt: P69856
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-OCT / N-OCTANE / オクタン


分子量: 114.229 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, THR 25 TO ALA
非ポリマーの詳細N-OCTANE (OCT): OCT ARE INCOMPLETE MODELS OF DETERGENT MOLECULES
配列の詳細FOR CLONING PURPOSE, A1 HAS BEEN DELETED AND T2 HAS BEEN MUTATED INTO A2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 % / 解説: NONE
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES PH 7.5, 52% PEG400, VAPOR DIFFUSION, 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→45 Å / Num. obs: 24521 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0088精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 2.991 / SU ML: 0.092 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.RESIDUES 43 TO 52 ARE DISORDERED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22963 1254 5.1 %RANDOM
Rwork0.19354 ---
obs0.19527 23265 99.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.613 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.75 Å20.88 Å20 Å2
2--1.75 Å20 Å2
3----2.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1715 0 67 113 1895
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0211839
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.021263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3151.9222491
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.883.0052955
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2065206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80123.301103
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.39815271
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6631514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2238
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022028
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02424
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7261.51015
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1661.5419
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.34521633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9293824
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0374.5856
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 97 -
Rwork0.276 1753 -
obs--99.89 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.969 Å / Origin y: -24.09 Å / Origin z: -18.562 Å
111213212223313233
T0.0208 Å20.0052 Å20.0133 Å2-0.0036 Å20.0008 Å2--0.0129 Å2
L0.5485 °20.0332 °20.0836 °2-0.6145 °2-0.1216 °2--0.5347 °2
S0.0445 Å °-0.0141 Å °0.0723 Å °0.0272 Å °-0.0139 Å °0.0179 Å °-0.0874 Å °-0.0377 Å °-0.0306 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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