PDB-6iq1: Crystal structure of histidine triad nucleotide-binding protein f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6iq1

タイトル

Crystal structure of histidine triad nucleotide-binding protein from Candida albicans

要素

Adenosine 5'-monophosphoramidase

キーワード

HYDROLASE / HINT / pathogenic fungus / Histidine triad

機能・相同性

機能・相同性情報

加水分解酵素 / nucleotide metabolic process / hydrolase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida albicans (酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.485 Å

データ登録者

Jung, A. / Yun, J.-S. / Chang, J.H.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Mol. Cells / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of Histidine Triad Nucleotide-Binding Protein from the Pathogenic FungusCandida albicans.
著者: Jung, A. / Yun, J.S. / Kim, S. / Kim, S.R. / Shin, M. / Cho, D.H. / Choi, K.S. / Chang, J.H.

履歴

登録	2018年11月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年1月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6iq1.cif.gz	129.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6iq1.ent.gz	100.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6iq1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/6iq1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/iq/6iq1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ksvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tg5-d 2rhl-1 2xvn-2 5tg4-d 3pag-1 4u10-1 2x6t-3 4tx6-2 3pag-2 5tg6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (3) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (3) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosine 5'-monophosphoramidase

B: Adenosine 5'-monophosphoramidase

C: Adenosine 5'-monophosphoramidase

D: Adenosine 5'-monophosphoramidase

ヘテロ分子

72.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenosine 5'-monophosphoramidase

D: Adenosine 5'-monophosphoramidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Adenosine 5'-monophosphoramidase

C: Adenosine 5'-monophosphoramidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.354, 101.907, 175.175
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Adenosine 5'-monophosphoramidase 分子量: 18100.814 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candida albicans (strain SC5314 / ATCC MYA-2876) (酵母) 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: HNT1, orf19.2341, CAALFM_C110780CA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59WG0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.55 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M magnesium acetate, 0.1 M sodium cacodylate [pH 6.5], 20% PEG 8000; 20% PEG 3350, 0.2 M magnesium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1.2818 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2818 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.485→50 Å / Num. obs: 48467 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / R_merge(I) obs: 0.109 / R_sym value: 0.084 / Net I/σ(I): 35.2
反射シェル	解像度: 2.5→2.59 Å / R_merge(I) obs: 0.413 / CC_1/2: 0.972 / R_sym value: 0.325

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KSV

3ksv

解像度: 2.485→48.926 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.66 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The entry contains friedel pairs in I_plus/minus columns

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2278	3750	7.77 %
R_work	0.1877	-	-
obs	0.1908	48261	98.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.485→48.926 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4549	0	4	184	4737

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	4654
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.928	6301
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.164	2817
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	720
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	802

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4845-2.516	0.333	84	0.2756	994	X-RAY DIFFRACTION	59
2.516-2.5491	0.3201	142	0.2519	1675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5491-2.584	0.2913	138	0.2167	1617	X-RAY DIFFRACTION	100
2.584-2.6209	0.3043	143	0.2207	1705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6209-2.66	0.2823	141	0.2358	1692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.7016	0.2552	142	0.2112	1691	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7016-2.7459	0.2794	138	0.2016	1648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7459-2.7932	0.2392	142	0.214	1653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7932-2.844	0.2769	144	0.2153	1720	X-RAY DIFFRACTION	100
2.844-2.8987	0.2584	142	0.2088	1690	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8987-2.9579	0.2768	140	0.2281	1661	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9579-3.0222	0.264	138	0.2173	1660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0222-3.0925	0.3067	147	0.2151	1724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0925-3.1698	0.2505	138	0.2027	1645	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1698-3.2555	0.2659	144	0.1852	1661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2555-3.3513	0.2042	143	0.2038	1702	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3513-3.4594	0.2112	136	0.1898	1648	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4594-3.583	0.1961	141	0.1761	1697	X-RAY DIFFRACTION	100
3.583-3.7264	0.1998	140	0.172	1674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7264-3.8959	0.2239	142	0.1727	1675	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8959-4.1013	0.2208	143	0.1685	1688	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1013-4.3581	0.1764	141	0.1591	1664	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3581-4.6943	0.1617	140	0.1527	1676	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6943-5.1662	0.1602	139	0.1433	1697	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1662-5.9127	0.264	143	0.1756	1675	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9127-7.4452	0.2065	144	0.213	1658	X-RAY DIFFRACTION	100
7.4452-48.9353	0.2145	135	0.1774	1621	X-RAY DIFFRACTION	96

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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