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- PDB-2wiw: Crystal structures of Holliday junction resolvases from Archaeogl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wiw
タイトルCrystal structures of Holliday junction resolvases from Archaeoglobus fulgidus bound to DNA substrate
要素
  • 5'-D(*DC*DG*DG*DA*DT*DA*DT*DC*DC*DGP)-3'
  • HJC
キーワードHYDROLASE/DNA / HYDROLASE-DNA COMPLEX / HYDROLASE DNA COMPLEX / TYPE II RESTRICTION ENDONUCLEASE / HOLLIDAY JUNCTION RESOLVASE / HYDROLASE / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


crossover junction endodeoxyribonuclease / crossover junction DNA endonuclease activity / DNA recombination / DNA repair / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Holliday junction resolvase Hjc / Holliday junction resolvase Hjc, archaeal / Archaeal holliday junction resolvase (hjc) / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 - #10 / Trna Endonuclease; Chain: A, domain 1 / tRNA endonuclease-like domain superfamily / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / DNA / Crossover junction endodeoxyribonuclease Hjc
類似検索 - 構成要素
生物種ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Carolis, C. / Koehler, C. / Sauter, C. / Basquin, J. / Suck, D. / Toeroe, I.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structures of Holliday Junction Resolvases from Archaeoglobus Fulgidus Bound to DNA Substrate
著者: Carolis, C. / Koehler, C. / Sauter, C. / Basquin, J. / Suck, D. / Toeroe, I.
履歴
登録2009年5月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HJC
B: HJC
C: 5'-D(*DC*DG*DG*DA*DT*DA*DT*DC*DC*DGP)-3'
D: 5'-D(*DC*DG*DG*DA*DT*DA*DT*DC*DC*DGP)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,09510
ポリマ－37,4384
非ポリマー6576
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4600 Å2
ΔGint-19.4 kcal/mol
Surface area16870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.380, 82.860, 107.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.3748, 0.5075, -0.7759), (0.5454, -0.7974, -0.2581), (-0.7497, -0.3265, -0.5756)21.3, 14.84, 48.49
2given(-0.7673, 0.6118, -0.1923), (0.5937, 0.5642, -0.5737), (-0.2425, -0.5544, -0.7962)20.22, -7.501, 1.091

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要素

#1: タンパク質 HJC


分子量: 15674.213 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 2-136 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: N-TERMINUS CONTAINS EXTRA RESIDUES AS A RESULT OF CLONING PROCEDURE
由来: (組換発現) ARCHAEOGLOBUS FULGIDUS (古細菌) / 株: 4304 / 解説: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / プラスミド: PETM12 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): PLYSS / 参照: UniProt: O28314
#2: DNA鎖 5'-D(*DC*DG*DG*DA*DT*DA*DT*DC*DC*DGP)-3'


分子量: 3045.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SYNTHESIZED BY METABION GMBH, MARTINSRIED, GERMANY / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細INSERTED RESIDUES GTMG AT THE N-TERMINUS ARE A RESULT OF CLONING PROCEDURE. RESIDUES C1 AND D1 HAVE ...INSERTED RESIDUES GTMG AT THE N-TERMINUS ARE A RESULT OF CLONING PROCEDURE. RESIDUES C1 AND D1 HAVE THEIR 5'-PHOSPHATE GROUP REMOVED

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.76 %
解説: DECAMER PALINDROMIC DNA WAS MODELLED AS B-DNA IN COOT
結晶化pH: 8.5
詳細: 35 %(W/V) 1.6-HEXANEDIOL, 0.05 M TRIS.HCL PH=8.5, 0.005 M MAGNESIUM SULFATE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月8日 / 詳細: PT COATED MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 27226 / % possible obs: 90.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.24 % / Biso Wilson estimate: 24.12 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 15.12
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / % possible all: 73.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WCZ

2wcz


解像度: 1.8→45.11 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 22.11 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS WERE ADDED IN THE RIDING POSITIONS, BUT REMOVED FROM THE DEPOSITED COORDINATE FILE.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2197 1391 5.1 %
Rwork0.1724 --
obs0.1747 27224 90.13 %
原子変位パラメータBiso mean: 42.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3747 Å20 Å20 Å2
2--10.5832 Å20 Å2
3----8.2085 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→45.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1961 404 44 175 2584
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012518
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2623477
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.163977
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078379
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006371
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7992-1.86350.33271130.26242102X-RAY DIFFRACTION75
1.8635-1.93810.26841270.22552305X-RAY DIFFRACTION83
1.9381-2.02630.29321230.19772425X-RAY DIFFRACTION86
2.0263-2.13310.23781620.18282494X-RAY DIFFRACTION89
2.1331-2.26680.23171320.17452599X-RAY DIFFRACTION91
2.2668-2.44180.23571350.17622695X-RAY DIFFRACTION95
2.4418-2.68750.2371520.17042758X-RAY DIFFRACTION96
2.6875-3.07630.20481580.16912773X-RAY DIFFRACTION97
3.0763-3.87540.221360.15142839X-RAY DIFFRACTION97
3.8754-45.12530.18161530.16422843X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4931-0.722-0.37531.24270.34270.49570.01380.2057-0.235-0.10550.06920.22150.19880.1419-0.08010.23050.0126-0.04870.2442-0.01270.32210.403812.4204-29.5337
20.9662-0.10350.36221.37790.64563.3425-0.0010.1950.0173-0.16270.1019-0.0484-0.06040.1374-0.08880.1577-0.01220.00070.1493-0.00740.18715.554917.3886-41.1296
30.66940.02810.05620.0328-0.12890.49390.08250.0404-0.3091-0.2591-0.05310.19840.4179-0.0919-0.02280.24280.0197-0.01890.18470.00570.2734-4.7276.6392-20.6214
41.9118-0.13251.09831.7427-0.52962.31120.0093-0.3212-0.18750.18260.07120.0471-0.1323-0.0061-0.06790.18220.01720.00910.21320.02420.2185-2.577514.4631-9.5932
51.7468-0.4916-0.95612.92170.9041.63940.86590.6382-0.38780.1454-1.14710.12230.3427-1.1920.11060.4407-0.0046-0.03880.53470.01330.258912.2298-8.1162-6.5843
61.4635-1.33670.58014.41030.66872.40980.1526-0.14270.7001-0.22740.4326-1.2425-0.0881-0.169-0.40830.41460.0590.10690.3249-0.00990.430311.08825.03995.1915
71.03120.08180.00060.65540.47081.18960.27560.4487-0.11260.0290.1156-0.25250.08310.2375-0.30130.38350.0668-0.03720.21330.03980.29358.146-0.52076.6517
83.55281.26541.00382.4888-0.62350.80520.46431.94110.442-0.65940.37270.0338-0.6442-1.2189-0.64360.55760.20250.22190.64320.00960.41515.2087-1.5812-10.3859
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 5:35)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 36:124)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN B AND RESID 5:31)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 32:130)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN C AND RESID 1:5)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN C AND RESID 6:10)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN D AND RESID 1:6)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN D AND RESID 7:10)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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