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万見
- PDB-2g3w: The Crystal Structure of YaeQ Protein from Xanthomonas axonopodis... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2g3w
タイトルThe Crystal Structure of YaeQ Protein from Xanthomonas axonopodis pv. citri
要素hypothetical protein XAC2396
キーワードUNKNOWN FUNCTION / YaeQ protein / Xanthomonas axonopodis pv citri
機能・相同性
機能・相同性情報


Restriction endonuclease-like alpha-beta roll fold / Restriction endonuclease-like alpha-beta roll domain / YaeQ / YaeQ superfamily / YaeQ protein / YaeQ / Restriction endonuclease type II-like / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Farah, C.S. / Guzzo, C.R. / Barbosa, J.A.R.G. / Nagem, R.A.P.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2007
タイトル: Structure of Xanthomonas axonopodis pv. citri YaeQ reveals a new compact protein fold built around a variation of the PD-(D/E)XK nuclease motif
著者: Guzzo, C.R. / Nagem, R.A.P. / Barbosa, J.A.R.G. / Farah, C.S.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray analysis of YaeQ (XAC2396) from Xanthomonas axonopodis pv. citri
著者: Guzzo, C.R. / Nagem, R.A.P. / Galvao-Botton, L.M.P. / Guimaraes, B.G. / Medrano, F.J. / Barbosa, J.A.R.G. / Farah, C.S.
履歴
登録2006年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02007年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein XAC2396
B: hypothetical protein XAC2396
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,0974
ポリマ－41,9792
非ポリマー1182
水3,927218
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.766, 91.969, 48.031
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 hypothetical protein XAC2396 / YaeQ protein


分子量: 20989.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
株: str. 306 / 遺伝子: XAC2396 / プラスミド: pET-3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8PJY1
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1M Tris pH 9, 0.2M ammonium acetate, 32% PEG 4000, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97952, 0.97962, 1.00000
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月29日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979521
20.979621
311
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. all: 24538 / Num. obs: 24538 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 33.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2210 / Rsym value: 0.425 / % possible all: 86.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 9.694 / SU ML: 0.144 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.177 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1244 5.1 %RANDOM
Rwork0.192 ---
all0.194 24508 --
obs0.194 24508 94.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.299 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.16 Å20 Å20.33 Å2
2--2.46 Å20 Å2
3----1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2841 0 8 218 3067
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0222927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4811.9493964
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9235362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.79123160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.68215501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3621539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022299
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.21237
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3030.21902
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2240.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1260.222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.911.51844
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36422849
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32831244
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3894.51111
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 86 -
Rwork0.253 1530 -
obs-1616 85.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.628-1.15420.67293.0873-0.59121.832-0.16-0.02950.48720.11520.1657-0.1642-0.2361-0.0106-0.0057-0.08470.021-0.0205-0.1799-0.0393-0.06329.657929.301723.4734
21.45540.0437-0.07290.94330.91186.3436-0.0786-0.2741-0.16720.08740.0193-0.00840.16480.40430.0593-0.12640.037-0.0005-0.0526-0.0326-0.098143.378810.336946.3478
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 1824 - 182
2X-RAY DIFFRACTION2BB4 - 1804 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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