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- PDB-2wff: Equine Rhinitis A Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wff
タイトルEquine Rhinitis A Virus
要素(P1) x 4
キーワードVIRUS / CAPSID / PICORNAVIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls ...Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Jelly Rolls - #20 / Picornavirus coat protein / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種EQUINE RHINITIS A VIRUS (ウマライノウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Fry, E.E. / Tuthill, T.J. / Harlos, K. / Walter, T.S. / Knowles, N.J. / Gropelli, E. / Rowlands, D.J. / Stuart, D.I.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2009
タイトル: Equine Rhinitis a Virus and its Low Ph Empty Particle: Clues Towards an Aphthovirus Entry Mechanism?
著者: Tuthill, T.J. / Harlos, K. / Walter, T.S. / Knowles, N.J. / Groppelli, E. / Rowlands, D.J. / Stuart, D.I. / Fry, E.E.
履歴
登録2009年4月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年12月7日Group: Other / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: P1
2: P1
3: P1
4: P1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,0444
ポリマ－85,0444
非ポリマー00
水00
1
1: P1
2: P1
3: P1
4: P1
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,102,611240
ポリマ－5,102,611240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: P1
2: P1
3: P1
4: P1
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 425 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)425,21820
ポリマ－425,21820
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: P1
2: P1
3: P1
4: P1
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 510 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)510,26124
ポリマ－510,26124
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
単位格子
Length a, b, c (Å)314.000, 497.800, 556.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.457142, -0.85202, 0.255114), (0.524609, 0.489942, 0.696234), (-0.718197, -0.184443, 0.670951)-36.84622, -158.43204, 88.4435
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4generate(-0.421221, -0.003184, -0.906953), (-0.853988, -0.33535, 0.3978), (-0.305414, 0.942088, 0.138537)227.66788, -57.23779, 186.11547
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23generate(-0.436584, -0.017614, -0.899491), (-0.55492, 0.792235, 0.253827), (0.708137, 0.609962, -0.355651)226.56734, -36.75912, 260.1564
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52generate(0.448378, 0.013616, 0.89374), (-0.845621, -0.317522, 0.429074), (0.289625, -0.948153, -0.130856)-169.46424, -63.95993, 226.65642
53generate(-0.429766, -0.5402, 0.723523), (-0.861304, 0.485779, -0.148912), (-0.27103, -0.68717, -0.674047)-109.09695, 55.45251, 354.62934
54generate(-0.99949, -0.031946, -0.000297), (-0.031946, 0.999317, 0.018573), (-0.000297, 0.018573, -0.999827)56.31415, -2.94497, 413.87044
55generate(-0.473455, 0.835988, -0.277425), (0.496308, 0.5134, 0.700071), (0.727681, 0.193764, -0.657979)98.17656, -158.44903, 322.51053
56generate(-0.453659, 0.50142, 0.736731), (-0.00583, 0.825008, -0.565091), (-0.891156, -0.260653, -0.371349)-111.99674, 117.25394, 309.07914
57generate(-0.473455, 0.496308, 0.727681), (0.835988, 0.5134, 0.193764), (-0.277425, 0.700071, -0.657979)-109.56301, -63.21758, 350.36732
58generate(-0.478686, 0.512339, 0.713), (0.512339, -0.496481, 0.700725), (0.713, 0.700725, -0.024833)-106.39047, -158.22241, 191.48175
59generate(-0.462123, 0.527358, 0.712976), (-0.529505, -0.809014, 0.255189), (0.711384, -0.259596, 0.653103)-106.86348, -36.4671, 51.99688
60generate(-0.446656, 0.52061, 0.727643), (-0.849751, 0.007712, -0.527128), (-0.280039, -0.85376, 0.438944)-110.32834, 133.78664, 124.67607

-
要素

#1: タンパク質 P1


分子量: 27296.846 Da / 分子数: 1 / 断片: CAPSID PROTEIN VP1, RESIDUES 537-782 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) EQUINE RHINITIS A VIRUS (ウマライノウイルス)
株: NM11/67 / 参照: UniProt: B9VV85
#2: タンパク質 P1


分子量: 25297.660 Da / 分子数: 1 / 断片: CAPSID PROTEIN VP2, RESIDUES 81-310 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) EQUINE RHINITIS A VIRUS (ウマライノウイルス)
株: NM11/67 / 参照: UniProt: B9VV85
#3: タンパク質 P1


分子量: 24338.451 Da / 分子数: 1 / 断片: CAPSID PROTEIN VP3, RESIDUES 311-536 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) EQUINE RHINITIS A VIRUS (ウマライノウイルス)
株: NM11/67 / 参照: UniProt: B9VV85
#4: タンパク質 P1


分子量: 8110.563 Da / 分子数: 1 / 断片: CAPSID PROTEIN VP4, RESIDUES 1-80 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) EQUINE RHINITIS A VIRUS (ウマライノウイルス)
株: NM11/67 / 参照: UniProt: B9VV85

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9796
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→20 Å / Num. obs: 491997 / % possible obs: 22.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.44

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WS9

2ws9


解像度: 4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.462 --
obs0.462 408137 35 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5506 0 0 0 5506
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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