PDB-2wek: Crystal structure of the human MGC45594 gene product in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wek

タイトル

Crystal structure of the human MGC45594 gene product in complex with diclofenac

要素

ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NADP / DRUG METABOLISM / MEDIUM-CHAIN DEHYDROGENASE/REDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

13,14-dehydro-15-oxoprostaglandin 13-reductase / 15-oxoprostaglandin 13-reductase [NAD(P)+] activity / negative regulation of fat cell differentiation / lipid metabolic process / peroxisome / mitochondrion / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Shafqat, N. / Yue, W.W. / Ugochukwu, E. / Niesen, F. / Smee, C. / Arrowsmith, C. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / Oppermann, U.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Human Mgc45594 Gene Product in Complex with Diclofenac
著者: Shafqat, N. / Yue, W.W. / Niesen, F. / Oppermann, U.

履歴

登録	2009年3月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
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PDB形式	pdb2wek.ent.gz	121 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wek.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2wek_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wek_full_validation.pdf.gz	3.6 MB	表示
XML形式データ	2wek_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	2wek_validation.cif.gz	45.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/2wek ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/we/2wek	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2c0cS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4eyq-d 1e6u-d 2c4k-1 6vzh-1 5l10-1 1bws-d 1e7q-d 4ddd-d 1jpd-d 1e7s-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#13 - 2001年1月アルコール脱水素酵素 (Alcohol Dehydrogenase) 類似性 (7) #32 - 2002年8月シャペロン (Chaperones) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

B: ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

ヘテロ分子

77.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.834, 51.572, 75.716
Angle α, β, γ (deg.)	94.61, 91.54, 101.72
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	26 - 36
2	1	1	3	B	26 - 36
1	2	1	2	A	40 - 314
2	2	1	2	B	40 - 314
1	3	1	4	A	320 - 360
2	3	1	4	B	320 - 360

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	ZINC-BINDING ALCOHOL DEHYDROGENASE DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2 / MGC45594 分子量: 36250.730 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 33-371 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8N4Q0, 酸化還元酵素

-
非ポリマー , 6種, 413分子

#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-DIF / 2-[2,6-DICHLOROPHENYL)AMINO]BENZENEACETIC ACID / DICLOFENAC / ジクロフェナク分子量: 296.149 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₁Cl₂NO₂ / コメント: 抗炎症剤, 薬剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.61 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 25% 1,2 PROPANDIOL, 10% GLYCEROL, 0.1M NA/K-PO4 PH 6.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器	タイプ: RIGAKU IMAGE PLATE / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: OSMIC
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→28.5 Å / Num. obs: 54443 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.3
反射シェル	解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0089	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C0C

2c0c

解像度: 1.9→75.38 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 7.988 / SU ML: 0.11 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.158 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.214	2568	5.1 %	RANDOM
R_work	0.165	-	-	-
obs	0.168	47367	91.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.56 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.57 Å²	-1.55 Å²	0.03 Å²
2-	-	2.5 Å²	0.22 Å²
3-	-	-	-1.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→75.38 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4985	0	291	393	5669

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	5390
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3493
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.516	2.044	7346
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.935	3.004	8450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.917	5	683
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.61	24.405	168
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.023	15	809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.698	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	837
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	5946
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	977
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.94	3	3379
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.792	3	1392
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.728	5	5434
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.588	7	2011
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.056	11	1910
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1667	tight positional	0.12	0.05
2	B	1667	tight positional	0.12	0.05
1	A	2216	medium positional	0.23	0.5
2	B	2216	medium positional	0.23	0.5
1	A	76	loose positional	0.15	5
2	B	76	loose positional	0.15	5
1	A	1667	tight thermal	0.88	0.5
2	B	1667	tight thermal	0.88	0.5
1	A	2216	medium thermal	0.98	2
2	B	2216	medium thermal	0.98	2
1	A	76	loose thermal	1.01	10
2	B	76	loose thermal	1.01	10

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.379	169	-
R_work	0.339	2894	-
obs	-	-	75.44 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4505	1.7761	0.261	2.0583	-0.2641	1.2512	-0.1042	0.2753	0.3576	-0.1309	0.0694	0.0737	-0.2851	0.0278	0.0348	0.0956	-0.003	-0.0037	0.0838	0.0038	0.0766	-13.1793	8.6994	-5.6113
2	1.1166	0.7094	-0.232	2.2701	-0.6453	1.8696	-0.0359	-0.0253	-0.1858	-0.0266	-0.0064	-0.1	0.1717	0.0593	0.0423	0.0195	0.0151	-0.0023	0.0343	-0.0259	0.0645	-15.2609	-14.04	8.0794
3	1.8663	-0.6546	1.0455	2.9959	-3.8374	6.5056	0.0156	-0.0533	-0.0488	0.1396	0.1784	0.3204	-0.0842	-0.4594	-0.194	0.0167	0.0011	0.0226	0.0568	-0.0196	0.0707	-29.1376	-9.1584	9.8804
4	2.5145	0.4705	-1.2491	1.3086	-0.4229	2.186	0.0047	-0.0511	0.0681	0.0338	-0.0027	-0.0723	-0.0125	0.1122	-0.002	0.0231	0.0118	-0.0255	0.0179	-0.012	0.0327	-15.0361	-5.9316	14.0328
5	1.4288	0.1772	-1.9753	5.2176	-2.4383	5.8834	-0.2149	0.5493	-0.2076	-0.7641	0.0653	-0.2237	0.4737	-0.1697	0.1496	0.1462	-0.1153	0.0615	0.369	-0.1333	0.0766	-13.7791	-7.285	-11.1846
6	3.4099	-1.7764	2.3855	3.6867	-2.6735	9.4963	-0.0424	-0.3579	-0.3126	0.2699	0.1987	0.2506	0.8038	-0.9269	-0.1563	0.2854	-0.159	0.0304	0.1901	-0.0047	0.2164	-49.3225	-17.8273	-31.0372
7	1.8723	-0.1324	0.6853	2.0285	-1.1214	5.1467	0.0438	-0.0587	-0.3948	0.1999	0.0138	-0.1019	0.7662	0.1333	-0.0576	0.215	0.0046	0.0197	0.0821	0.0017	0.1802	-38.196	-14.5402	-28.5816
8	1.2474	0.378	-0.5227	1.4592	-0.3856	2.7858	0.0132	-0.0194	0.1253	0.0747	0.0068	-0.0078	-0.2864	0.0678	-0.0201	0.0378	0.0095	-0.0064	0.0493	-0.0179	0.0467	-34.0786	6.5997	-39.9961
9	1.1521	0.3111	-1.2558	0.8543	-0.4677	3.7512	0.0036	-0.0991	-0.0029	0.1369	-0.009	0.0319	0.0048	-0.0955	0.0054	0.0309	0.0138	-0.0063	0.0611	-0.0049	0.0909	-31.9598	0.7082	-40.0264
10	4.39	2.1454	-1.8882	6.5697	-2.1819	6.6499	0.1335	-0.2723	0.0816	0.269	0.0443	0.4819	0.0607	-0.7875	-0.1778	0.0492	-0.0005	0.027	0.2013	-0.0042	0.0742	-49.4823	-2.088	-29.3175

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	22 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	120 - 250
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	251 - 277
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	278 - 322
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	323 - 362
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	21 - 53
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	54 - 119
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	120 - 270
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	271 - 331
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	332 - 362

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)