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- PDB-2we5: Carbamate kinase from Enterococcus faecalis bound to MgADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2we5
タイトルCarbamate kinase from Enterococcus faecalis bound to MgADP
要素CARBAMATE KINASE 1
キーワードTRANSFERASE / ARGININE CATABOLISM / ARGININE METABOLISM / ATP SYNTHESYS / KINASE / OPEN ALPHA/BETA SHEET / PHOSPHOTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


carbamate kinase / carbamate kinase activity / arginine deiminase pathway / phosphorylation / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Carbamate kinase / Carbamate kinase / Acetylglutamate kinase-like / Aspartate/glutamate/uridylate kinase / Amino acid kinase family / Acetylglutamate kinase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Carbamate kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.39 Å
データ登録者Ramon-Maiques, S. / Marina, A. / Rubio, V.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Substrate Binding and Catalysis in Carbamate Kinase Ascertained by Crystallographic and Site- Directed Mutagenesis Studies. Movements and Significance of a Unique Globular Subdomain of ...タイトル: Substrate Binding and Catalysis in Carbamate Kinase Ascertained by Crystallographic and Site- Directed Mutagenesis Studies. Movements and Significance of a Unique Globular Subdomain of This Key Enzyme for Fermentative ATP Production in Bacteria.
著者: Ramon-Maiques, S. / Marina, A. / Guinot, A. / Gil-Ortiz, F. / Uriarte, M. / Fita, I. / Rubio, V.
#1: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999
タイトル: Carbamate Kinase: New Structural Machinery for Making Carbamoyl Phosphate, the Common Precursor of Pyrimidines and Arginine.
著者: Marina, A. / Alzari, P.M. / Bravo, J. / Uriarte, M. / Barcelona, B. / Fita, I. / Rubio, V.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The 1.5 A Resolution Crystal Structure of the Carbamate Kinase-Like Carbamoyl Phosphate Synthetase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus Furiosus, Bound to Adp, Confirms that ...タイトル: The 1.5 A Resolution Crystal Structure of the Carbamate Kinase-Like Carbamoyl Phosphate Synthetase from the Hyperthermophilic Archaeon Pyrococcus Furiosus, Bound to Adp, Confirms that This Thermostable Enzyme is a Carbamate Kinase, and Provides Insight Into Substrate Binding and Stability in Carbamate Kinases.
著者: Ramon-Maiques, S. / Marina, A. / Uriarte, M. / Fita, I. / Rubio, V.
履歴
登録2009年3月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Other / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.52023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CARBAMATE KINASE 1
B: CARBAMATE KINASE 1
C: CARBAMATE KINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,28910
ポリマ－98,8763
非ポリマー1,4147
水15,133840
1
A: CARBAMATE KINASE 1
B: CARBAMATE KINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8797
ポリマ－65,9172
非ポリマー9625
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5860 Å2
ΔGint-50.8 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
2
C: CARBAMATE KINASE 1
ヘテロ分子

C: CARBAMATE KINASE 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,8206
ポリマ－65,9172
非ポリマー9034
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area5620 Å2
ΔGint-50.3 kcal/mol
Surface area24930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.522, 103.522, 155.414
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 CARBAMATE KINASE 1 / CARBAMATE KINASE


分子量: 32958.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌) / プラスミド: PET15B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A2X7, carbamate kinase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 840 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED AT 4 DEGREES USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD BY MIXING 1.5 MIRCROLITERS OF A 10 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 5 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 2 MM ADP, 5 MM ...詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED AT 4 DEGREES USING THE HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD BY MIXING 1.5 MIRCROLITERS OF A 10 MG/ML PROTEIN SOLUTION IN 5 MM SODIUM CACODYLATE PH 6.5, 2 MM ADP, 5 MM MGCL2 AND 50 MM SODIUM PHOPHONOACETATE, AND 1.5 MICROLITERS OF THE RESERVOIR BUFFER CONTAINING 13-16% PEG 8000, 130-160 MM MAGNESIUM ACETATE AND 0.1 M SODIUM CACODYLATE PH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.9067
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9067 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.39→50 Å / Num. obs: 172839 / % possible obs: 90.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 1.39→1.47 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 87.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1B7B

1b7b


解像度: 1.39→20 Å / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2103 8668 4.5 %RANDOM
Rwork0.2012 ---
obs0.2012 172736 89.7 %-
溶媒の処理Bsol: 46.1408 Å2 / ksol: 0.342447 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 24.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å2-0.683 Å20 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3---0.441 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.39→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6909 0 88 840 7837
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.228
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3PROTEIN_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4ACY.PARAM
X-RAY DIFFRACTION5ADP_PFU_COMILLAS.PARAM
X-RAY DIFFRACTION6EDO.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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