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万見
- PDB-2wd4: Ascorbate Peroxidase as a heme oxygenase: w41A variant product wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wd4
タイトルAscorbate Peroxidase as a heme oxygenase: w41A variant product with t-butyl peroxide
要素ASCORBATE PEROXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / TERT-BUTYL PEROXIDE / HEME PEROXIDASE / PEROXIDE SCAVENGE
機能・相同性
機能・相同性情報


L-ascorbate peroxidase / L-ascorbate peroxidase activity / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase ...Class I peroxidase / Heme-binding peroxidase Ccp1-like / Peroxidase; domain 2 / Peroxidase, domain 2 / Peroxidase; domain 1 - #10 / Peroxidases heam-ligand binding site / Peroxidase, active site / Peroxidases active site signature. / Plant heme peroxidase family profile. / Haem peroxidase / Peroxidase / Peroxidase; domain 1 / Peroxidases proximal heme-ligand signature. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-TBV / L-ascorbate peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種GLYCINE MAX (ダイズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Badyal, S.K. / Metcalfe, C.L. / Gumiero, A. / Raven, E.L. / Moody, P.C.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Evidence for Heme Oxygenase Activity in a Heme Peroxidase.
著者: Raven, E.L. / Badyal, S.K. / Eaton, G. / Mistry, S. / Pipirou, Z. / Basran, J. / Metcalfe, C.L. / Gumiero, A. / Handa, S. / Moody, P.C.E.
履歴
登録2009年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ASCORBATE PEROXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1616
ポリマ－28,2471
非ポリマー9145
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.067, 82.067, 75.137
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 ASCORBATE PEROXIDASE / CYTOSOLIC ASCORBATE PEROXIDASE 1


分子量: 28246.775 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 2-250 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
詳細: REACTION PRODUCT WITH T-BUTYL PEROXIDE SHOWING HEME OXYGENASE ACTIVITY FORM BILIVERDIN DERIVATIVE
由来: (組換発現) GLYCINE MAX (ダイズ) / プラスミド: PAPX4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): SG13009 / 参照: UniProt: Q43758, L-ascorbate peroxidase

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非ポリマー , 5種, 194分子

#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-TBV / 3-[2-[[3-(2-CARBOXYETHYL)-5-[[3-ETHENYL-4-METHYL-5-[(2-METHYLPROPAN-2-YL)OXY]-1H-PYRROL-2-YL]METHYL]-4-METHYL-1H-PYRROL -2-YL]METHYL]-5-[(Z)-(4-ETHENYL-3-METHYL-5-OXO-PYRROL-2-YLIDENE)METHYL]-4-METHYL-1H-PYRROL-3-YL]PROPANOIC ACID / BILIVERDIN


分子量: 642.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H46N4O6
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, TRP 41 TO ALA
非ポリマーの詳細TERT BUTYL BILIVERDIN (TBV): PRODUCT OF REACTION BETWEEN HEME AND TERT BUTYL PEROXIDE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: SITTING DROP, LI2SO4 2.25 M, HEPES 0.1 M PH 8.3, PROTEIN CONCENTRATION 10 MG/ML

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月2日 / 詳細: HORIZONTALLY BENDED GE(220)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→82.2 Å / Num. obs: 51023 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GGN

2ggn


解像度: 1.4→58.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.18 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.066 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21638 2585 5.1 %RANDOM
Rwork0.18973 ---
obs0.1911 48382 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.051 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.21 Å20 Å20 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→58.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1890 0 59 189 2138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0222094
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.622.0142869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7435274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.95924.48387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.20615333
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.585159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.21061
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.21443
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0940.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.160.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7361.51296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23722089
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.113833
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1984.5772
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.401→1.437 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 173 -
Rwork0.232 3529 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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