PDB-2wd0: CRYSTAL STRUCTURE OF NONSYNDROMIC DEAFNESS (DFNB12) ASSOCIATED MU...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wd0

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF NONSYNDROMIC DEAFNESS (DFNB12) ASSOCIATED MUTANT D124G OF MOUSE CADHERIN-23 EC1-2

要素

CADHERIN-23

キーワード

CELL ADHESION / HEARING

機能・相同性

機能・相同性情報

kinocilium / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell-cell adhesion via plasma-membrane adhesion molecules / photoreceptor ribbon synapse / stereocilium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

MUS MUSCULUS (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.74 Å

データ登録者

Sotomayor, M. / Weihofen, W. / Gaudet, R. / Corey, D.P.

引用

ジャーナル: Neuron / 年: 2010
タイトル: Structural Determinants of Cadherin-23 Function in Hearing and Deafness.
著者: Sotomayor, M. / Weihofen, W. / Gaudet, R. / Corey, D.P.

履歴

登録	2009年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wd0.cif.gz	100.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wd0.ent.gz	78.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wd0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/2wd0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wd/2wd0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2wbxC 2wcpSC 2whvC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2wcp-d 2whv-d 4hlj-d 5czr-2 5vh2-1 5czr-3 5czr-4 5vh2-3 6bwn-d 5vt8-3 5tfl-1 5czr-1 5vh2-2 6n22-d 2gbo-d 4uy3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (8)

登録構造単位

A: CADHERIN-23

C: CADHERIN-23

ヘテロ分子

48 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CADHERIN-23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CADHERIN-23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	179.693, 179.693, 63.982
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	A
2	2	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 6

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	VAL	VAL	A	A	6 - 100	6 - 100
2	1	LEU	LEU	VAL	VAL	C	B	6 - 100	6 - 100
1	2	ASP	ASP	THR	THR	A	A	105 - 205	105 - 205
2	2	ASP	ASP	THR	THR	C	B	105 - 205	105 - 205

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(-0.99091, -0.13448, 0.00182), (-0.13408, 0.98675, -0.09139), (0.0105, -0.09081, -0.99581)	2.19113, -0.11849, -5.55911
2	given	(-0.994, 0.023, 0.107), (0.011, 0.994, -0.11), (-0.109, -0.108, -0.988)	-2.63817, 1.6686, -7.71249

#1: タンパク質	CADHERIN-23 / OTOCADHERIN 分子量: 23798.400 Da / 分子数: 2 / 断片: EC1-2, RESIDUES 24-228 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現詳細: AMINO-ACID NUMBERING ACCORDING TO SEQUENCE OF CRYSTALLIZED CONSTRUCT. 由来: (組換発現) MUS MUSCULUS (ハツカネズミ) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q99PF4
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
構成要素の詳細	ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 124 TO GLY ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, ASP 124 TO GLY
配列の詳細	RESIDUE ASPARTATE 124 (DATABASE NUMBERING) IS MUTATED TO GLYCINE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 77.15 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7.1 / 詳細: 0.1M SODIUM CACODYLATE PH 7.1, 1M NACL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9795
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 28267 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 13.8
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 4.47 / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0070	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WCP

2wcp

解像度: 2.74→29.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 21.451 / SU ML: 0.185 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.316 / ESU R Free: 0.25 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS DURING REFINEMENT.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24865	1384	5 %	RANDOM
R_work	0.21941	-	-	-
obs	0.22089	26041	97.88 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: SIMPLE SCALING

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.276 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.03 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.74→29.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3248	0	11	52	3311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3360
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2172
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.099	1.946	4608
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.8	3	5314
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.67	5	418
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.025	24.819	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.093	15	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.595	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	3802
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	676
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.463	1.5	2096
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.058	1.5	828
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.875	2	3444
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.992	3	1264
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.743	4.5	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	1298	loose positional	0.45	5
1	2	C	1298	loose positional	0.45	5
2	1	A	1274	loose positional	0.49	5
2	2	C	1274	loose positional	0.49	5
1	1	A	1298	loose thermal	2.45	10
1	2	C	1298	loose thermal	2.45	10
2	1	A	1274	loose thermal	2.37	10
2	2	C	1274	loose thermal	2.37	10

LS精密化シェル

解像度: 2.744→2.814 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.414	99	-
R_work	0.358	1876	-
obs	-	-	97.58 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.255	0.0506	1.1229	2.8149	0.35	2.0702	0.18	0.2307	-0.3714	-0.4207	-0.1877	0.1543	-0.1364	-0.3561	0.0078	0.2618	0.1454	-0.1202	0.3793	-0.2426	0.252	-6.227	11.649	-22.864
2	4.711	-1.5756	-1.9149	3.06	-0.3101	2.1304	-0.3235	0.0093	-0.2035	0.1851	0.195	0.4331	-0.1919	-0.1751	0.1285	0.1655	0.0542	0.018	0.0425	0.0278	0.1361	-13.687	21.442	-3.808
3	1.2055	-1.5159	-2.6383	5.0103	0.4318	8.4578	-0.0796	0.1592	-0.2028	0.0449	-0.2978	0.3248	0.2201	-0.2547	0.3774	0.0223	-0.0193	0.0169	0.0309	-0.0321	0.0371	-6.017	10.964	-14.91
4	3.4096	-3.6247	-1.7886	8.1057	4.4833	6.4093	-0.2203	0.0478	0.1607	-0.2906	0.2137	0.0843	-0.2451	0.0578	0.0066	0.0923	-0.0238	-0.0289	0.0284	0.0301	0.0358	-2.912	21.295	-16.255
5	9.142	-5.3301	-0.9905	4.7074	1.1073	2.0486	-0.0876	0.0108	0.3493	0.0925	0.1164	-0.1778	-0.1775	-0.083	-0.0289	0.0459	0.0154	0.0104	0.018	0.0014	0.0218	-6.807	25.534	-5.539
6	3.3982	-2.1647	-3.142	8.085	3.9014	5.1911	0.0821	0.9077	-0.0718	-0.2869	-0.3135	0.6519	-0.4177	-0.8444	0.2315	0.0648	0.0483	-0.0141	0.31	0.0112	0.0766	-13.234	27.122	-13.009
7	11.8282	0.5826	-1.6646	1.0378	-1.6516	2.6795	-0.1185	0.1212	0.2296	-0.0975	-0.0717	-0.1348	0.1473	0.109	0.1902	0.047	-0.0109	0.0259	0.0147	0.007	0.0315	3.204	16.07	-24.036
8	1.6765	-1.3232	-1.5181	1.7162	1.1049	1.4647	-0.0782	-0.0541	-0.1005	-0.0372	-0.0092	0.3874	0.0691	0.1139	0.0874	0.0995	0.0511	-0.0373	0.0841	0.0161	0.1686	-16.66	27.936	-6.198
9	8.7356	-3.4606	-4.5171	3.2605	1.5852	3.5017	-0.0973	-0.5054	0.2691	0.0486	0.2233	-0.2427	-0.1705	0.1235	-0.126	0.0603	0.0506	-0.0099	0.0672	-0.0257	0.0233	-34.886	55.507	17.735
10	0.5685	0.1246	-1.5872	1.3356	-0.2063	4.6404	-0.0537	-0.1747	-0.0112	0.0458	0.0938	0.1305	-0.017	0.4118	-0.0402	0.1649	0.1237	0.0559	0.1745	-0.0181	0.1388	-29.449	37.578	10.163
11	3.2047	-0.7374	2.8874	0.7542	0.7416	6.7486	-0.1263	-0.4571	-0.0509	0.0387	0.1943	-0.088	-0.2861	-0.2918	-0.0681	0.1158	0.0714	-0.0145	0.1031	-0.0161	0.1069	-35.307	45.19	24.263
12	3.6575	0.5906	-0.9742	7.7115	1.9879	0.867	-0.0826	-0.351	-0.1786	0.047	-0.0976	0.4277	0.028	0.0679	0.1802	0.061	0.0714	0.0014	0.106	0.0042	0.0418	-40.792	50.59	22.249
13	1.7795	-1.7443	-0.6368	5.314	2.1273	3.7944	0.0933	-0.2582	0.0903	0.6316	0.0094	-0.9156	0.2594	-0.6086	-0.1028	0.2349	0.0359	-0.1378	0.2859	0.0144	0.2269	-29.921	44.313	22.187
14	0.1391	-0.559	-0.0726	6.3115	1.529	3.918	-0.131	-0.1501	0.1068	0.268	-0.0154	0.0515	-0.1152	0.2175	0.1464	0.2047	0.1641	-0.0507	0.2873	-0.1909	0.2455	-26.189	45.439	18.956
15	11.1456	9.4735	12.6901	8.0583	10.7927	14.4568	-1.7807	1.6635	0.2727	-1.4961	1.515	0.2005	-2.0282	1.9776	0.2657	0.6731	0.2187	0.1407	1.2808	-0.3418	1.033	-38.365	66.748	27.398
16	0.2854	1.1209	0.2529	7.1572	-1.703	2.9708	0.0233	-0.1382	-0.1202	0.5303	-0.1371	-0.5778	-0.4762	-0.3501	0.1138	0.1451	0.0017	-0.0959	0.4501	0.2158	0.1896	9.082	15.338	14.297
17	4.2561	1.2468	0.5564	0.6858	0.2327	0.846	-0.1696	0.2757	0.2166	-0.1783	0.1792	-0.1781	-0.0735	0.1359	-0.0096	0.1419	-0.0556	0.1177	0.0563	-0.0596	0.2041	10.597	23.868	-6.752
18	0.7553	-0.2482	1.2202	0.8434	1.6058	7.2585	0.0968	-0.0386	-0.0778	-0.0467	-0.0467	0.0532	0.1197	-0.2083	-0.0502	0.0146	-0.0073	-0.0128	0.0639	0.0294	0.0225	6.908	12.964	7.645
19	2.8108	-0.2344	2.5178	0.4179	0.7261	5.3719	-0.1387	-0.6526	0.1163	-0.0186	0.2909	-0.0667	-0.4785	-0.3909	-0.1522	0.1034	0.1192	0.0595	0.4205	-0.0174	0.0842	2.179	22.702	8.503
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23	1.7717	1.1663	-0.4769	2.3596	-1.6387	1.3143	-0.1309	-0.1397	0.2817	0.1563	0.1404	-0.02	-0.1852	-0.163	-0.0095	0.1242	-0.0017	-0.014	0.0783	-0.0533	0.2041	15.698	29.673	-1.973
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25	2.1744	1.9186	-0.9468	1.6976	-0.8413	0.4358	-0.0847	-0.041	-0.1128	-0.1002	-0.0209	-0.106	0.0691	0.0273	0.1056	0.1352	-0.0753	0.0401	0.0952	0.0646	0.1554	28.683	37.569	-18.725
26	3.0439	1.7038	0.6095	4.7134	-4.0023	7.4615	0.0471	0.4089	-0.1041	-0.5413	0.3984	0.2453	0.0196	0.5434	-0.4455	0.3247	-0.1708	0.0574	0.2646	0.0227	0.1502	36.181	43.503	-32.786
27	4.0828	1.86	-2.9888	6.1631	-6.3062	7.3526	0.2448	-0.012	-0.0844	0.0598	-0.1783	-0.154	-0.2673	0.1425	-0.0664	0.0501	0.0057	0.052	0.0084	0.016	0.1028	41.446	49.087	-30.729
28	3.2119	3.0734	-1.9447	8.4211	-3.0911	2.6358	-0.4279	0.4474	0.0898	-0.7209	0.6612	0.4258	0.4434	-0.4707	-0.2333	0.136	-0.1092	-0.0334	0.1053	0.0423	0.0409	30.231	43.197	-31.333
29	1.1587	0.6027	1.4048	0.362	0.836	1.9361	-0.2236	0.3092	0.2368	-0.0965	0.0681	0.0698	-0.2101	0.1688	0.1556	0.2044	-0.1224	-0.0403	0.2693	0.1934	0.2237	26.42	44.398	-28.509
30	2.4808	-4.8432	0.6007	9.5785	-1.6388	1.9814	0.067	-0.0105	0.0264	-0.17	0.0433	-0.0079	0.1302	-0.0269	-0.1102	0.0865	-0.0351	0.0064	0.0569	0.0509	0.0816	39.05	64.874	-37.963

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	504
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	15 - 30
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	31 - 36
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	37 - 56
6	X-RAY DIFFRACTION	5	A	57 - 75
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	76 - 84
8	X-RAY DIFFRACTION	7	A	85 - 89
9	X-RAY DIFFRACTION	8	A	90 - 110
10	X-RAY DIFFRACTION	8	A	501 - 502
11	X-RAY DIFFRACTION	8	A	601
12	X-RAY DIFFRACTION	9	A	111 - 133
13	X-RAY DIFFRACTION	10	A	134 - 149
14	X-RAY DIFFRACTION	11	A	150 - 161
15	X-RAY DIFFRACTION	12	A	162 - 172
16	X-RAY DIFFRACTION	13	A	173 - 192
17	X-RAY DIFFRACTION	14	A	193 - 203
18	X-RAY DIFFRACTION	15	A	204 - 208
19	X-RAY DIFFRACTION	16	C	2 - 17
20	X-RAY DIFFRACTION	16	C	504
21	X-RAY DIFFRACTION	17	C	18 - 30
22	X-RAY DIFFRACTION	18	C	31 - 36
23	X-RAY DIFFRACTION	19	C	37 - 56
24	X-RAY DIFFRACTION	20	C	57 - 75
25	X-RAY DIFFRACTION	21	C	76 - 84
26	X-RAY DIFFRACTION	22	C	85 - 89
27	X-RAY DIFFRACTION	23	C	90 - 110
28	X-RAY DIFFRACTION	23	C	501 - 503
29	X-RAY DIFFRACTION	23	C	601
30	X-RAY DIFFRACTION	24	C	111 - 133
31	X-RAY DIFFRACTION	25	C	134 - 149
32	X-RAY DIFFRACTION	26	C	150 - 161
33	X-RAY DIFFRACTION	27	C	162 - 172
34	X-RAY DIFFRACTION	28	C	173 - 192
35	X-RAY DIFFRACTION	29	C	193 - 203
36	X-RAY DIFFRACTION	30	C	204 - 208

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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