- PDB-2wcq: Crystal Structure of Tip-Alpha N34 (HP0596) from Helicobacter pyl... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2wcq
タイトル
Crystal Structure of Tip-Alpha N34 (HP0596) from Helicobacter pylori at pH4
要素
TNF-ALPHA INDUCER PROTEIN
キーワード
IMMUNE SYSTEM / HP0596 / TIP-ALPHA / HELICOBACTER PYLORI
機能・相同性
Helicobacter TNF-alpha-Inducing protein / Helicobacter TNF-alpha-inducing protein / TNF-alpha-Inducing protein of Helicobacter / Thiol Ester Dehydrase; Chain A / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Roll / Alpha Beta / CITRIC ACID / Tumor necrosis factor alpha-inducing protein
モノクロメーター: DIAMOND / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.8→50.96 Å / Num. obs: 22965 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.08 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 7.62
反射 シェル
解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.56 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / % possible all: 90.4
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.5.0070
精密化
MOSFLM
データ削減
SCALA
データスケーリング
SHARP
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 開始モデル: NONE 解像度: 1.9→47.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / SU B: 3.51 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.151 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.231
1180
5.1 %
RANDOM
Rwork
0.195
-
-
-
obs
0.197
21752
98.3 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK