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万見
- PDB-2m3t: Solution-state NMR structure of wild-type human gamma(S)-crystallin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2m3t
タイトルSolution-state NMR structure of wild-type human gamma(S)-crystallin
要素Beta-crystallin S
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / gamma-S / eye lens / aggregation / crystallin / cataract / CRYGS
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of eye lens / lens development in camera-type eye / visual perception / morphogenesis of an epithelium
類似検索 - 分子機能
Crystallins / Gamma-B Crystallin; domain 1 / Beta/Gamma crystallin / : / Crystallins beta and gamma 'Greek key' motif profile. / Beta/gamma crystallins / Beta/gamma crystallin / Gamma-crystallin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-crystallin S
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsminimized average structure, model 1
Model type detailsminimized average
データ登録者Brubaker, W.D. / Martin, R.W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2013
タイトル: Preferential and Specific Binding of Human alpha B-Crystallin to a Cataract-Related Variant of gamma S-Crystallin.
著者: Kingsley, C.N. / Brubaker, W.D. / Markovic, S. / Diehl, A. / Brindley, A.J. / Oschkinat, H. / Martin, R.W.
履歴
登録2013年1月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月25日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-crystallin S


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,9601
ポリマ－20,9601
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Beta-crystallin S / Gamma-S-crystallin / Gamma-crystallin S


分子量: 20959.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CRYGS, GRYG8 / Variant: Wild-Type / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P22914

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC aliphatic
1322D 1H-13C HSQC aromatic
1423D HN(CA)CB
1523D CBCA(CO)NH
1623D HNCO
1723D (H)CCH-TOCSY
1823D (H)CCH-COSY
1923D 1H-15N NOESY
11023D 1H-13C NOESY aliphatic
11123D 1H-13C NOESY aromatic
21212D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
110 mM acetic acid, 2 mM 2,2',3,3'-D4 TSP, 0.05 % sodium azide, 7.5 % DIOTPC, 2.5 % DIOHPC, 2 mM [U-15N] (gamma)S-WT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
210 mM acetic acid, 2 mM 2,2',3,3'-D4 TSP, 0.05 % sodium azide, 2.11 mM [U-13C; U-15N] (gamma)S-WT, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
10 mMacetic acid-11
2 mMTSP-22,2',3,3'-D41
0.05 %sodium azide-31
7.5 %DIOTPC-41
2.5 %DIOHPC-51
2 mM(gamma)S-WT-6[U-15N]1
10 mMacetic acid-72
2 mMTSP-82,2',3,3'-D42
0.05 %sodium azide-92
2.11 mM(gamma)S-WT-10[U-13C; U-15N]2
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
14.5ambient 295 K
24.5ambient 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.3Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIH2.3Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
VNMRVariancollection
SparkyGoddardchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 7444 / NOE intraresidue total count: 1547 / NOE long range total count: 3052 / NOE medium range total count: 1286 / NOE sequential total count: 1559
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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