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- PDB-5g38: PsbO subunit of Photosystem II, beta barrel domain at 100K, pH 6 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5g38
タイトルPsbO subunit of Photosystem II, beta barrel domain at 100K, pH 6
要素PHOTOSYSTEM II MANGANESE-STABILIZING POLYPEPTIDE
キーワードPHOTOSYNTHESIS / CARBOXYLATE CLUSTER / PH / PROTON ANTENNA
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem II oxygen evolving complex / photosystem II assembly / oxygen evolving activity / photosystem II stabilization / plasma membrane-derived thylakoid membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem II, cytochrome c-550 precursor / Photosystem II PsbO, manganese-stabilising / Manganese-stabilising protein / photosystem II polypeptide / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II extrinsic protein O
類似検索 - 構成要素
生物種THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.15 Å
データ登録者Bommer, M. / Bondar, A.N. / Zouni, A. / Dobbek, H. / Dau, H.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Crystallographic and Computational Analysis of the Barrel Part of the Psbo Protein of Photosystem II -Carboxylate-Water Clusters as Putative Proton Transfer Relays and Structural Switches
著者: Bommer, M. / Bondar, A.N. / Zouni, A. / Dobbek, H. / Dau, H.
履歴
登録2016年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月28日Group: Database references
改定 2.02017年8月23日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / diffrn_detector
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _diffrn_detector.type
改定 2.12019年3月6日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 2.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.REMARK 800

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PHOTOSYSTEM II MANGANESE-STABILIZING POLYPEPTIDE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7424
ポリマ－18,6221
非ポリマー1203
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.436, 54.436, 191.759
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2014-

HOH

21A-2095-

HOH

31A-2152-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PHOTOSYSTEM II MANGANESE-STABILIZING POLYPEPTIDE


分子量: 18621.721 Da / 分子数: 1 / 断片: BETA BARREL DOMAIN, RESIDUES 45-272 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LOOPS 55-63,149-192 AND 220-231 DELETED
由来: (組換発現) THERMOSYNECHOCOCCUS ELONGATUS (バクテリア)
株: BP-1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A432
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細LOOPS 55-63, 149-192 AND 220-231 REPLACED WITH A BETA HAIRPIN OF SEQUENCE NG

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.3 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: VAPOR DIFFUSION 30 MG/ML PSBO, 0.05 M MES-NA PH 6, 0.2 M CALCIUM ACETATE, 30% PEG 400, 0.01 M TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月22日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI-111 CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.15→26.45 Å / Num. obs: 60817 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 18.6 % / Biso Wilson estimate: 13.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 1.15→1.19 Å / 冗長度: 18 % / Rmerge(I) obs: 1.3 / Mean I/σ(I) obs: 2.48 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3WU2

3wu2


解像度: 1.15→26.454 Å / SU ML: 0.09 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1844 2099 3.5 %
Rwork0.1576 --
obs0.1586 60747 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 26.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.15→26.454 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1309 0 3 160 1472
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091443
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1411971
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.786539
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.097233
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007266
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.1499-1.17670.27051350.2343746X-RAY DIFFRACTION98
1.1767-1.20610.26721380.21733847X-RAY DIFFRACTION100
1.2061-1.23870.18831370.20073839X-RAY DIFFRACTION100
1.2387-1.27510.2031370.18553822X-RAY DIFFRACTION100
1.2751-1.31630.20131370.16763810X-RAY DIFFRACTION100
1.3163-1.36330.17071390.15513884X-RAY DIFFRACTION100
1.3633-1.41790.18741370.14613823X-RAY DIFFRACTION100
1.4179-1.48250.14231370.13493873X-RAY DIFFRACTION100
1.4825-1.56060.19121400.13063898X-RAY DIFFRACTION100
1.5606-1.65840.16361390.12493907X-RAY DIFFRACTION100
1.6584-1.78640.14481400.13353898X-RAY DIFFRACTION100
1.7864-1.96610.1491420.13513964X-RAY DIFFRACTION100
1.9661-2.25050.15621420.13663983X-RAY DIFFRACTION100
2.2505-2.83480.20151450.16554033X-RAY DIFFRACTION100
2.8348-26.46080.20011540.17094321X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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