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- PDB-2wc8: S100A12 complex with zinc in the absence of calcium -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wc8
タイトルS100A12 complex with zinc in the absence of calcium
要素PROTEIN S100-A12
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CALCIUM SIGNALLING / EF-HAND / CALCIUM FREE / S100 PROTEIN / HOST-PARASITE RESPONSE
機能・相同性
機能・相同性情報


mast cell activation / RAGE receptor binding / positive regulation of MAP kinase activity / TRAF6 mediated NF-kB activation / monocyte chemotaxis / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / defense response to fungus / endothelial cell migration / neutrophil chemotaxis / xenobiotic metabolic process ...mast cell activation / RAGE receptor binding / positive regulation of MAP kinase activity / TRAF6 mediated NF-kB activation / monocyte chemotaxis / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / defense response to fungus / endothelial cell migration / neutrophil chemotaxis / xenobiotic metabolic process / : / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / calcium-dependent protein binding / positive regulation of inflammatory response / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / secretory granule lumen / killing of cells of another organism / cytoskeleton / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / defense response to bacterium / inflammatory response / copper ion binding / innate immune response / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / extracellular region / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Protein S100-A12
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Moroz, O.V. / Blagova, E.V. / Wilkinson, A.J. / Wilson, K.S. / Bronstein, I.B.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: The Crystal Structures of Human S100A12 in Apo Form and in Complex with Zinc: New Insights Into S100A12 Oligomerisation.
著者: Moroz, O.V. / Blagova, E.V. / Wilkinson, A.J. / Wilson, K.S. / Bronstein, I.B.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: The Three-Dimensional Structure of Human S100A12.
著者: Moroz, O.V. / Antson, A.A. / Murshudov, G.N. / Maitland, N.J. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Skibshoj, I. / Lukanidin, E.M. / Bronstein, I.B.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Structure of the Human S100A12-Copper Complex: Implications for Host-Parasite Defence.
著者: Moroz, O.V. / Antson, A.A. / Grist, S.J. / Maitland, N.J. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Lukanidin, E. / Bronstein, I.B.
#3: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: The Structure of S100A12 in a Hexameric Form and its Proposed Role in Receptor Signalling.
著者: Moroz, O.V. / Antson, A.A. / Dodson, E.J. / Burrell, H.J. / Grist, S.J. / Lloyd, R.M. / Maitland, N.J. / Dodson, G.G. / Wilson, K.S. / Lukanidin, E. / Bronstein, I.B.
履歴
登録2009年3月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22020年3月25日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly ...pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN S100-A12
B: PROTEIN S100-A12
C: PROTEIN S100-A12
D: PROTEIN S100-A12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,71913
ポリマ－43,1734
非ポリマー5469
水9,170509
1
A: PROTEIN S100-A12
B: PROTEIN S100-A12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7636
ポリマ－21,5862
非ポリマー1774
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3520 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area10180 Å2
手法PISA
2
C: PROTEIN S100-A12
D: PROTEIN S100-A12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9557
ポリマ－21,5862
非ポリマー3695
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3840 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area10470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.991, 81.830, 85.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN S100-A12 / S100 CALCIUM-BINDING PROTEIN A12 / CALGRANULIN-C / CGRP / NEUTROPHIL S100 PROTEIN / CALCIUM-BINDING ...S100 CALCIUM-BINDING PROTEIN A12 / CALGRANULIN-C / CGRP / NEUTROPHIL S100 PROTEIN / CALCIUM-BINDING PROTEIN IN AMNIOTIC FLUID1 / P6 / CAGC / CAAF1S100A12


分子量: 10793.212 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 2-92 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PQE60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P80511
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細EXTRA FOUR RESIDUES AT N TERMINUS MGGS FOR CHAINS A,B,C,D

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.41 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5 / 詳細: 0.2M TRI-AMMONIIUM CITRATE PH 7.0, 34% PEG 3350 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→30 Å / Num. obs: 30804 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 17.1
反射 シェル最高解像度: 1.88 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.9 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0082精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1E8A

1e8a


解像度: 1.88→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 7.58 / SU ML: 0.104 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1546 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.174 29192 98.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.09 Å20 Å20 Å2
2--0.94 Å20 Å2
3---0.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2928 0 21 509 3458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0213039
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5771.9444092
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01434954
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.155367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.86326.104154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.87115575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.922154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2465
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023364
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8761.51834
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2731.5751
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.51222951
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.51331205
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.864.51141
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.88→1.93 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 108 -
Rwork0.215 2092 -
obs--98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.41450.8443-0.81981.7042-0.32962.4286-0.12450.1255-0.1335-0.17910.0107-0.04160.2489-0.0250.11370.04320.0066-0.00060.0449-0.02030.0548-14.6887-26.063310.9334
21.57930.5867-0.78381.5295-0.80982.90240.0434-0.1622-0.00770.1111-0.0783-0.1891-0.08170.24250.03490.01780.0005-0.02110.0341-0.00680.0358-2.6443-13.095715.5945
32.2746-1.2251-0.35422.15460.5041.0720.08080.2474-0.1748-0.2166-0.0930.25960.0116-0.10220.01220.061-0.0061-0.0230.0397-0.00310.0492-18.34592.4451-1.5699
42.5993-0.6262-0.32672.03890.87331.325-0.0107-0.07420.2363-0.00830.0877-0.1768-0.11050.1787-0.0770.0383-0.01190.00280.0356-0.0040.0336-14.300417.05789.7502
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 91
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 91
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 91
4X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 91

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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