PDB-2wbt: The Structure of a Double C2H2 Zinc Finger Protein from a Hyperth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wbt

タイトル

The Structure of a Double C2H2 Zinc Finger Protein from a Hyperthermophilic Archaeal Virus in the Absence of DNA

要素

B-129

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / ZINC FINGER / METAL-BINDING / DNA-BINDING PROTEIN SSV

機能・相同性

機能・相同性情報

zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

SULFOLOBUS VIRUS 1 (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Eilers, B.J. / Menon, S. / Windham, A.B. / Kraft, P. / Dlakic, M. / Young, M.J. / Lawrence, C.M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The Structure of a Double C2H2 Zinc Finger Protein from a Hyperthermophilic Archaeal Virus in the Absence of DNA
著者: Eilers, B.J. / Menon, S. / Windham, A.B. / Kraft, P. / Dlakic, M. / Young, M.J. / Lawrence, C.M.

履歴

登録	2009年3月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2010年3月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.3	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wbt.cif.gz	59.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wbt.ent.gz	44.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wbt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/2wbt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/2wbt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1qyu-d 5n5u-d 1zc3-2 5nkd-d 3r18-d 1zc3-1 6vnl-4 3ugp-d 1jbu-2 6lz2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (6) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (5) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (5) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (6)
#112 - 2009年4月
Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors)
類似性 (5)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (5)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (4)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (1)

登録構造単位

A: B-129

B: B-129

ヘテロ分子

29.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.378, 120.464, 51.687
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	CYS	CYS	CYS	CYS	A	A	77	77
2	1	CYS	CYS	CYS	CYS	B	B	77	77
1	2	CYS	CYS	CYS	CYS	A	A	80	80
2	2	CYS	CYS	CYS	CYS	B	B	80	80
1	3	HIS	HIS	HIS	HIS	A	A	93	93
2	3	HIS	HIS	HIS	HIS	B	B	93	93
1	4	CYS	CYS	CYS	CYS	A	A	103	103
2	4	CYS	CYS	CYS	CYS	B	B	103	103
1	5	CYS	CYS	CYS	CYS	A	A	106	106
2	5	CYS	CYS	CYS	CYS	B	B	106	106
1	6	HIS	HIS	HIS	HIS	A	A	119	119
2	6	HIS	HIS	HIS	HIS	B	B	119	119
1	7	HIS	HIS	HIS	HIS	A	A	124	124
2	7	HIS	HIS	HIS	HIS	B	B	124	124

#1: タンパク質	B-129 分子量: 14830.291 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: DISULFIDE BOND BETWEEN C 121 AND C 127 / 由来: (組換発現) SULFOLOBUS VIRUS 1 (ウイルス) / プラスミド: PEXP14-B129 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: P20201
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 0.55 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.3 詳細: SITTING DROP VAPOR DIFFUSION, 20 MG/ML OF B129 IN 20 MM BIS-TRIS, PH 6.5, 60 MM NACL MIXED WITH 0.1 M AMMONIUM CITRATE DIBASIC, 10-14 % PEG 4000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.2833, 1.2830, 1.1696

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年3月18日
詳細: FLAT COLLIMATING MIRROR, DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR, TOROID FOCUSING MIRROR

放射

モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.2833	1
2	1.283	1
3	1.1696	1

反射

解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 8209 / % possible obs: 78.7 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.2

反射シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 78.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.905 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.874 / SU B: 28.596 / SU ML: 0.29 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.423 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	360	4.9 %	RANDOM
R_work	0.231	-	-	-
obs	0.233	6954	78.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.15 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1905	0	4	17	1926

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.034	0.022	1967
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.009	0.02	1377
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.124	1.971	2658
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.005	3.004	3379
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.289	5	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.645	23.247	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.512	15	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.386	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.054	0.2	311
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	2085
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	373
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.166	0.2	460
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.184	0.2	1332
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	953
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	981
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.121	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.02	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.426	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.237	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.346	1.5	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.031	1.5	469
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.364	2	1965
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.317	3	879
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.541	4.5	692
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 88 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.07	0.05
2	B	tight positional	0.07	0.05
1	A	tight thermal	0.3	0.5
2	B	tight thermal	0.3	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.373	24	-
R_work	0.278	502	-
obs	-	-	81.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.2818	-5.1293	2.1382	10.2946	-1.7713	0.6384	0.5273	0.4539	0.1648	-1.0402	-0.1168	-1.4762	-0.4778	0.337	-0.4105	0.1403	0.0013	0.1213	0.2345	-0.004	0.1678	36.495	66.036	2.415
2	11.6203	4.7896	2.8972	3.5461	2.4762	1.768	-0.2577	0.0519	2.5343	1.3582	-0.4855	-0.7853	-0.8305	0.3304	0.7432	0.2898	-0.0004	-0.1766	0.3204	-0.1662	0.4717	39.874	57.882	19.004
3	1.3633	0.5362	-0.3062	14.5105	-4.3929	8.5219	0.1746	0.4295	0.8841	-0.6357	0.2449	-1.1981	0.2917	1.2475	-0.4195	-0.0068	-0.0161	-0.1313	0.2508	0.0279	0.2037	43.423	47.406	11.881
4	1.8506	2.1583	-2.0827	4.5462	-3.317	4.17	0.0353	-0.2059	0.0491	-0.3111	-0.124	0.1149	0.4123	0.3343	0.0887	0.0284	0.0299	-0.0072	0.1639	-0.0002	-0.0642	27.795	36.412	15.856
5	1.5109	0.8462	-1.4033	1.6762	-2.3432	7.2456	-0.0152	0.1037	-0.3735	0.1911	-0.0164	-0.0238	0.432	-0.4179	0.0316	0.0839	-0.0378	-0.0345	0.1797	-0.0208	-0.0265	19.528	25.61	13.149
6	10.3555	-2.3594	-2.2954	12.2036	-0.5104	13.257	0.1054	0.7091	0.1348	-0.9877	-0.1343	-0.1557	-0.1437	0.0625	0.0289	-0.1042	0.0378	0.024	0.0099	0.0993	0.3235	37.818	55.544	1.621
7	11.6428	-3.9211	4.8947	6.4436	-5.7472	18.5801	-0.5535	-1.1262	0.9535	0.3784	0.197	-0.4884	-0.4097	-0.7089	0.3565	-0.1676	-0.0267	-0.0021	0.0235	-0.118	-0.0386	31.361	49.985	12.581
8	3.928	-3.5257	-1.21	3.4268	2.0964	4.2666	0.2134	0.0274	-0.0513	-0.2549	-0.0888	-0.1959	-0.1955	-0.056	-0.1246	-0.0059	-0.0231	0.0324	0.2061	0.0329	-0.1055	36.744	30.656	4.082
9	18.1447	-7.3666	-4.8246	10.9448	2.2154	6.4826	0.6444	0.3265	-0.8893	-0.1236	-0.486	0.3097	0.5456	0.2859	-0.1584	0.0288	-0.0177	-0.0131	0.0998	0.0397	-0.0775	45.458	19.943	3.035
10	8.1778	-0.4226	0.1454	2.9709	-0.5806	2.8822	0.2103	-0.3782	-0.5511	0.2128	0.2189	-0.093	0.3686	0.1333	-0.4292	0.086	0.0003	-0.0087	0.1683	0.0225	-0.0745	43.168	25.997	16.637

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	22 - 37
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	38 - 46
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	47 - 88
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	89 - 129
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	18 - 33
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	34 - 59
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	60 - 89
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	90 - 98
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	99 - 128

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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