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- PDB-2wbr: The RRM domain in GW182 proteins contributes to miRNA-mediated ge... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wbr
タイトルThe RRM domain in GW182 proteins contributes to miRNA-mediated gene silencing
要素GW182
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA-BINDING PROTEIN / RRM / RBD / GW182 / TNRC6A / MIRNAS / P-BODIES / ARGONAUTE / MRNA DECAY
機能・相同性
機能・相同性情報


Post-transcriptional silencing by small RNAs / embryonic development via the syncytial blastoderm / Transcriptional regulation by small RNAs / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / RISC complex / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / locomotor rhythm / mRNA catabolic process ...Post-transcriptional silencing by small RNAs / embryonic development via the syncytial blastoderm / Transcriptional regulation by small RNAs / 3'-UTR-mediated mRNA destabilization / miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing / miRNA-mediated gene silencing by inhibition of translation / RISC complex / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / locomotor rhythm / mRNA catabolic process / P-body / regulation of protein localization / negative regulation of gene expression / RNA binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein Gawky / Gawky, UBA domain / GW182, middle domain / M domain of GW182 / Argonaute hook domain / : / Argonaute hook / UBA/TS-N domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. ...Protein Gawky / Gawky, UBA domain / GW182, middle domain / M domain of GW182 / Argonaute hook domain / : / Argonaute hook / UBA/TS-N domain / Ubiquitin-associated domain / Ubiquitin-associated domain (UBA) profile. / UBA-like superfamily / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
手法溶液NMR / XPLOR
データ登録者Eulalio, A. / Tritschler, F. / Buettner, R. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E. / Truffault, V.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: The Rrm Domain in Gw182 Proteins Contributes to Mirna-Mediated Gene Silencing.
著者: Eulalio, A. / Tritschler, F. / Buettner, R. / Weichenrieder, O. / Izaurralde, E. / Truffault, V.
履歴
登録2009年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_mr / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GW182


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8281
ポリマ－9,8281
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)24 / 50LOWEST RESTRAINT VIOLATIONS
代表モデルモデル #1

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要素

#1: タンパク質 GW182 / GAWKY / LD47780P


分子量: 9828.227 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM DOMAIN, RESIDUES 1114-1198 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)
プラスミド: PETM60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) ROSETTA 2 / 参照: UniProt: Q8SY33

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111CBCA(CO)NH
121CC(CO)NH
131CCHCOSY
141CCHNOESY
151CCHTOCSY
161CHSQC
171CNHNOESY
181HBHA(CO)NH
191HCHNOESY
1101HNCA
1111HN(CA)CO
1121HN(CA)CB
1131HNCO
1141HNHA
1151HNHB
1161HNHNOESY
1171NHSQC
1181NNHNOESY
1191NOESYNON
NMR実験の詳細Text: NONE

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試料調製

詳細内容: 10% WATER/90% D2O
試料状態pH: 7 / 圧: 1.0 atm / 温度: 298.0 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR2.9.4ABRUNGER精密化
Sparky構造決定
精密化手法: XPLOR / ソフトェア番号: 1
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: LOWEST RESTRAINT VIOLATIONS
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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