PDB-2wbm: Crystal structure of mthSBDS, the homologue of the Shwachman-Bodi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wbm

タイトル

Crystal structure of mthSBDS, the homologue of the Shwachman-Bodian- Diamond syndrome protein in the euriarchaeon Methanothermobacter thermautotrophicus

要素

RIBOSOME MATURATION PROTEIN SDO1 HOMOLOG

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / SHWACHMAN-BODIAN-DIAMOND SYNDROME PROTEIN / RIBOSOME BINDING / CONFORMATIONAL FLEXIBILITY / RNA-BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

cytosolic ribosome assembly
類似検索 - 分子機能

生物種

METHANOTHERMOBACTER THERMAUTOTROPHICUS (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Ng, C.L. / Isupov, M.N. / Lebedev, A.A. / Ortiz-Lombardia, M. / Antson, A.A.

引用

ジャーナル: Bmc Struct.Biol. / 年: 2009
タイトル: Conformational Flexibility and Molecular Interactions of an Archaeal Homologue of the Shwachman-Bodian-Diamond Syndrome Protein.
著者: Ng, C.L. / Waterman, D.G. / Koonin, E.V. / Walters, A.D. / Chong, J.P. / Isupov, M.N. / Lebedev, A.A. / Bunka, D.H. / Stockley, P.G. / Ortiz-Lombardia, M. / Antson, A.A.

履歴

登録	2009年3月2日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年6月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.3	2019年3月6日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.4	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wbm.cif.gz	116.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wbm.ent.gz	90.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wbm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wbm_validation.pdf.gz	462.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wbm_full_validation.pdf.gz	468.2 KB	表示
XML形式データ	2wbm_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	2wbm_validation.cif.gz	34.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/2wbm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wb/2wbm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1p9qS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4nbz-2 4l3f-1 5bpu-3 1koh-1 6q3z-d 1q7h-2 2ifq-d 5kj4-3 1koo-1 3v10-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RIBOSOME MATURATION PROTEIN SDO1 HOMOLOG

B: RIBOSOME MATURATION PROTEIN SDO1 HOMOLOG

ヘテロ分子

57.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RIBOSOME MATURATION PROTEIN SDO1 HOMOLOG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RIBOSOME MATURATION PROTEIN SDO1 HOMOLOG

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.300, 72.108, 146.829
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	17
Space group name H-M	P222₁

#1: タンパク質	RIBOSOME MATURATION PROTEIN SDO1 HOMOLOG / MTHSBDS 分子量: 28377.365 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) METHANOTHERMOBACTER THERMAUTOTROPHICUS (古細菌) 株: DELTA H / プラスミド: PYCL02 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: O26781
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 411 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	SEQUENCE INCLUDES AN N-TERMINAL FUSION TAG SEQUENCE. THE R175M MUTATION WAS INTRODUCED DURING THE ...SEQUENCE INCLUDES AN N-TERMINAL FUSION TAG SEQUENCE. THE R175M MUTATION WAS INTRODUCED DURING THE PCR AMPLIFICATION OF THE GENE FROM THE GENOMIC DNA OF M. THERMAUTOTROPHICUS.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.6 % / 解説: NONE
結晶化	手法: 蒸気拡散法 / pH: 6 詳細: PROTEIN AT 22.5 MG/ML IN 25 MM TRIS (PH 7.5) AND 0.1 M NACL, WAS CRYSTALLIZED BY THE VAPOUR DIFFUSION METHOD AGAINST A RESERVOIR COMPOSED OF 0.9 M LITHIUM SULPHATE, 0.5 M AMMONIUM SULPHATE ...詳細: PROTEIN AT 22.5 MG/ML IN 25 MM TRIS (PH 7.5) AND 0.1 M NACL, WAS CRYSTALLIZED BY THE VAPOUR DIFFUSION METHOD AGAINST A RESERVOIR COMPOSED OF 0.9 M LITHIUM SULPHATE, 0.5 M AMMONIUM SULPHATE AND 0.1 M SODIUM CITRATE (PH 5.6)

結晶

マシュー密度: 3.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.6 % / 解説: NONE

結晶化

手法: 蒸気拡散法 / pH: 6
詳細: PROTEIN AT 22.5 MG/ML IN 25 MM TRIS (PH 7.5) AND 0.1 M NACL, WAS CRYSTALLIZED BY THE VAPOUR DIFFUSION METHOD AGAINST A RESERVOIR COMPOSED OF 0.9 M LITHIUM SULPHATE, 0.5 M AMMONIUM SULPHATE ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 110 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1.0081
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0081 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→27 Å / Num. obs: 72559 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): 1.7 / 冗長度: 3.9 % / B_iso Wilson estimate: 25 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.3
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 82.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0074	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P9Q

1p9q

解像度: 1.75→26.98 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 5.288 / SU ML: 0.074 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES ARE RESIDUAL ONLY.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.214	1457	2 %	RANDOM
R_work	0.191	-	-	-
obs	0.191	71100	98.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.1 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.36 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.34 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→26.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3655	0	52	411	4118

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	3885
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.173	1.982	5266
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.294	5	501
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.083	24.309	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.928	15	742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.175	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	2912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.446	1.5	2369
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.31	2	3877
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.892	3	1516
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.313	4.5	1368
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.8 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	78	-
R_work	0.325	4498	-
obs	-	-	85.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.269	-1.0533	1.0442	8.006	-0.0532	5.4079	-0.0142	0.0689	0.1671	-0.2504	0.1014	-0.1582	-0.5483	0.1879	-0.0872	0.0759	-0.0407	0.0201	0.0422	-0.0077	0.0145	32.8142	14.5529	73.1414
2	0.7782	1.2589	-0.7327	10.9286	-3.6615	2.7823	-0.0294	0.1087	0.0926	-0.5449	0.0583	-0.0684	-0.099	-0.0424	-0.0289	0.1753	0.0347	-0.0134	0.1032	-0.022	0.0577	24.8143	30.726	50.0415
3	3.6923	-0.769	0.1897	6.923	0.883	3.239	0.1855	0.0325	-0.0963	-0.3202	-0.0736	0.3756	0.1108	-0.2511	-0.1119	0.0308	-0.0143	-0.0248	0.0635	0.0134	0.0615	17.676	56.985	57.4103
4	6.1374	-1.6074	0.6853	5.5538	1.3004	13.6228	0.1376	0.0813	-0.6743	0.0921	-0.1113	0.8993	1.5407	0.3254	-0.0263	0.1791	0.0527	0.0226	0.3044	0.0582	0.5503	64.0536	-12.8334	67.8526
5	6.615	0.3354	3.1464	4.1677	0.506	4.7324	-0.1835	-0.2441	0.2444	-0.0276	0.0379	-0.4101	-0.3807	0.3168	0.1456	0.0402	-0.0035	-0.0165	0.1661	-0.0252	0.0573	47.4976	9.5621	52.195
6	1.0195	-0.4664	-0.8429	1.2841	1.6512	6.2545	-0.0421	-0.0279	0.0376	-0.0793	0.052	-0.1912	0.0629	0.2637	-0.0099	0.0579	-0.0046	0.0052	0.0645	0.0041	0.0496	40.7324	1.571	25.1482

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-1 - 88
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	89 - 162
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	163 - 232
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 88
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	89 - 162
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	163 - 232

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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