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- PDB-2wau: Structure of DBL6 epsilon domain from VAR2CSA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wau
タイトルStructure of DBL6 epsilon domain from VAR2CSA
要素ERYTHROCYTE MEMBRANE PROTEIN 1 (PFEMP1)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CHONDROITIN SULPHATE A / MEMBRANE PROTEIN DBL / PFEMP1 / MALARIA / VAR2CSA
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host erythrocyte aggregation / infected host cell surface knob / antigenic variation / adhesion of symbiont to microvasculature / cell adhesion molecule binding / cell-cell adhesion / host cell surface receptor binding / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #830 / Duffy-antigen binding domain / Duffy-binding-like domain / PFEMP1 DBL domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, N-terminal / N-terminal segments of P. falciparum erythrocyte membrane protein / 5 helical Cullin repeat like / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment superfamily / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment / acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 ...Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #830 / Duffy-antigen binding domain / Duffy-binding-like domain / PFEMP1 DBL domain / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, N-terminal / N-terminal segments of P. falciparum erythrocyte membrane protein / 5 helical Cullin repeat like / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment superfamily / Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1, acidic terminal segment / acidic terminal segments, variant surface antigen of PfEMP1 / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythrocyte membrane protein 1, PfEMP1
類似検索 - 構成要素
生物種PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Khunrae, P. / Higgins, M.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structural Comparison of Two Cspg-Binding Dbl Domains from the Var2Csa Protein Important in Malaria During Pregnancy.
著者: Khunrae, P. / Philip, J.M.D. / Bull, D.R. / Higgins, M.K.
履歴
登録2009年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年3月6日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22014年12月3日Group: Data collection

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ERYTHROCYTE MEMBRANE PROTEIN 1 (PFEMP1)
B: ERYTHROCYTE MEMBRANE PROTEIN 1 (PFEMP1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,2672
ポリマ－71,2672
非ポリマー00
水00
1
A: ERYTHROCYTE MEMBRANE PROTEIN 1 (PFEMP1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6331
ポリマ－35,6331
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: ERYTHROCYTE MEMBRANE PROTEIN 1 (PFEMP1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6331
ポリマ－35,6331
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.943, 62.943, 334.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 ERYTHROCYTE MEMBRANE PROTEIN 1 (PFEMP1) / VAR2CSA


分子量: 35633.297 Da / 分子数: 2 / 断片: DBL6 EPSILON, RESIDUES 2333-2634 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫)
株: 3D7 / 解説: GENOMIC DNA FROM MR4 / Cell: ERYTHROCYTE / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I639
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 2480 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 2480 TO SER
配列の詳細THE STRUCTURE IS OF THE C2480S MUTANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0210.92
シンクロトロンESRF BM1420.97855, 0.97871, 0.91999
検出器
タイプID検出器日付
ADSC CCD1CCD2008年8月8日
MARRESEARCH2IMAGE PLATE
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.921
20.978551
30.978711
40.919991
反射解像度: 3→111.1 Å / Num. obs: 14481 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 3→3.16 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.6 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 3→83.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.875 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.855 / SU B: 60.736 / SU ML: 0.49 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.572
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.325 723 5 %RANDOM
Rwork0.289 ---
obs0.29 13680 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→83.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4541 0 0 0 4541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0224644
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8931.9486232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7035544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.93125.519241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.22815915
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0011518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2628
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023494
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1770.22060
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.23191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.296
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1820.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0810.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2871.52825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.23524398
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.78132133
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9544.51834
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.08 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.364 54
Rwork0.37 952

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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