PDB-2was: Structure of the fungal type I FAS PPT domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2was

タイトル

Structure of the fungal type I FAS PPT domain

要素

(3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE) x 2

キーワード

TRANSFERASE / COA / FAS / PPT / NAD / NADP / PHOSPHOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE / LIPID SYNTHESIS / PHOSPHOPANTETHEINE TRANSFERASE / PHOSPHOPANTETHEINE / MULTIFUNCTIONAL ENZYME / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / PHOSPHOPANTETHEINYLATION

機能・相同性

機能・相同性情報

fatty-acyl-CoA synthase system / fatty acid synthase complex / fatty-acyl-CoA synthase activity / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / long-chain fatty acid biosynthetic process / fatty acid synthase activity / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Johansson, P. / Mulincacci, B. / Koestler, C. / Grininger, M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Multimeric Options for the Auto-Activation of the Saccharomyces Cerevisiae Fas Type I Megasynthase.
著者: Johansson, P. / Mulinacci, B. / Koestler, C. / Vollrath, R. / Oesterhelt, D. / Grininger, M.

履歴

登録	2009年2月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年8月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2was.cif.gz	135.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2was.ent.gz	108.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2was.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2was_validation.pdf.gz	473.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2was_full_validation.pdf.gz	490.9 KB	表示
XML形式データ	2was_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	2was_validation.cif.gz	37.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2was ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2was	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2watC 3hmjC 2uv8 2vkz C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2wat-2 2jbz-1 4apz-4 4apz-3 4aoo-1 3nfd-2 4m9u-d 3ne9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (13) #239 - 2019年11月ホスホリパーゼA2 (Phospholipase A2) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

B: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

C: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

D: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

E: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

F: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

76.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

B: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

C: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

E: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

F: 3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.120, 55.758, 81.004
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.43, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	CHAIN A AND (RESSEQ 1768:1781)
2	1	1	CHAIN B AND (RESSEQ 1768:1781)
3	1	1	CHAIN C AND (RESSEQ 1768:1781)
4	1	1	CHAIN D AND (RESSEQ 1768:1781)
5	1	1	CHAIN E AND (RESSEQ 1768:1781)
6	1	1	CHAIN F AND (RESSEQ 1768:1781)
1	1	2	CHAIN A AND (RESSEQ 1783:1787)
2	1	2	CHAIN B AND (RESSEQ 1783:1787)
3	1	2	CHAIN C AND (RESSEQ 1783:1787)
4	1	2	CHAIN D AND (RESSEQ 1783:1787)
5	1	2	CHAIN E AND (RESSEQ 1783:1787)
6	1	2	CHAIN F AND (RESSEQ 1783:1787)
1	1	3	CHAIN A AND (RESSEQ 1790:1793)
2	1	3	CHAIN B AND (RESSEQ 1790:1793)
3	1	3	CHAIN C AND (RESSEQ 1790:1793)
4	1	3	CHAIN D AND (RESSEQ 1790:1793)
5	1	3	CHAIN E AND (RESSEQ 1790:1793)
6	1	3	CHAIN F AND (RESSEQ 1790:1793)
1	1	4	CHAIN A AND (RESSEQ 1795:1820)
2	1	4	CHAIN B AND (RESSEQ 1795:1820)
3	1	4	CHAIN C AND (RESSEQ 1795:1820)
4	1	4	CHAIN D AND (RESSEQ 1795:1820)
5	1	4	CHAIN E AND (RESSEQ 1795:1820)
6	1	4	CHAIN F AND (RESSEQ 1795:1820)
1	1	5	CHAIN A AND (RESSEQ 1822:1839)
2	1	5	CHAIN B AND (RESSEQ 1822:1839)
3	1	5	CHAIN C AND (RESSEQ 1822:1839)
4	1	5	CHAIN D AND (RESSEQ 1822:1839)
5	1	5	CHAIN E AND (RESSEQ 1822:1839)
6	1	5	CHAIN F AND (RESSEQ 1822:1839)
1	1	6	CHAIN A AND (RESSEQ 1848:1885)
2	1	6	CHAIN B AND (RESSEQ 1848:1885)
3	1	6	CHAIN C AND (RESSEQ 1848:1885)
4	1	6	CHAIN D AND (RESSEQ 1848:1885)
5	1	6	CHAIN E AND (RESSEQ 1848:1885)
6	1	6	CHAIN F AND (RESSEQ 1848:1885)

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE / FAS PPT / BETA-KETOACYL REDUCTASE / BETA-KETOACYL SYNTHASE / FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT ALPHA 分子量: 12784.266 Da / 分子数: 3 断片: PHOSPHOPANTETHEINE TRANSFERASE DOMAIN, RESIDUES 1766-1887 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD 参照: UniProt: P19097, holo-[acyl-carrier-protein] synthase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: タンパク質	3-OXOACYL-[ACYL-CARRIER-PROTEIN] SYNTHASE / FAS PPT / BETA-KETOACYL REDUCTASE / BETA-KETOACYL SYNTHASE / FATTY ACID SYNTHASE SUBUNIT ALPHA 分子量: 12786.238 Da / 分子数: 3 断片: PHOSPHOPANTETHEINE TRANSFERASE DOMAIN, RESIDUES 1766-1887 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) SACCHAROMYCES CEREVISIAE (パン酵母) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): GOLD 参照: UniProt: P19097, holo-[acyl-carrier-protein] synthase, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	G1768-K1887 FRAGMENT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.55 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 4 / 詳細: pH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.96 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: L,-K,H / Fraction: 0.303
反射	解像度: 1.9→75.6 Å / Num. obs: 53109 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.6 % / B_iso Wilson estimate: 43 Å² / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 90

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→31.26 Å / σ(F): 1 / 位相誤差: 40.86 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	2001	3.8 %
R_work	0.218	-	-
obs	0.22	52729	98.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 43.09 Å² / k_sol: 0.33 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 42.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.8145 Å²	0 Å²	1.1446 Å²
2-	-	2.9143 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.0998 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→31.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4918	0	0	194	5112

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	5023
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.077	6821
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.919	1771
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	832
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	885

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	98	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	98	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06
1	3	C	98	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.061
1	4	D	98	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.059
1	5	E	98	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053
1	6	F	98	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.061
2	1	A	42	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	B	42	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.044
2	3	C	42	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
2	4	D	42	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
2	5	E	42	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
2	6	F	42	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
3	1	A	33	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	B	33	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.046
3	3	C	33	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045
3	4	D	33	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
3	5	E	33	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.047
3	6	F	33	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
4	1	A	198	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	B	198	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.058
4	3	C	198	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.056
4	4	D	198	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.055
4	5	E	198	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
4	6	F	198	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.057
5	1	A	80	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	B	80	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.076
5	3	C	75	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.066
5	4	D	69	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.104
5	5	E	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06
5	6	F	64	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.061
6	1	A	273	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	B	273	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.06
6	3	C	273	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062
6	4	D	273	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.062
6	5	E	273	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
6	6	F	273	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.053

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9001-1.9328	0.5073	101	0.4665	2554	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9328-1.968	0.4765	87	0.4758	2184	X-RAY DIFFRACTION	98
1.968-2.0058	0.3258	100	0.3244	2536	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0058-2.0467	0.3083	102	0.3071	2529	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0467-2.0912	0.3301	104	0.286	2588	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0912-2.1399	0.3474	101	0.2865	2548	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1399-2.1934	0.2854	101	0.3006	2551	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1934-2.2527	0.4294	96	0.4174	2534	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2527-2.3189	0.4181	99	0.3765	2542	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3189-2.3937	0.3331	102	0.2592	2549	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3937-2.4793	0.2904	96	0.2672	2558	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4793-2.5785	0.2554	102	0.2637	2566	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5785-2.6958	0.2618	100	0.2545	2563	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6958-2.8378	0.2923	100	0.2444	2533	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8378-3.0155	0.2479	101	0.2109	2584	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0155-3.2481	0.2171	103	0.1922	2585	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2481-3.5745	0.2137	99	0.1688	2544	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5745-4.0908	0.1973	101	0.144	2599	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0908-5.1502	0.1834	96	0.1448	2599	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1502-31.2677	0.2162	98	0.1751	2494	X-RAY DIFFRACTION	98

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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