[日本語] English
万見
- PDB-2waq: The complete structure of the archaeal 13-subunit DNA-directed RN... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2waq
タイトルThe complete structure of the archaeal 13-subunit DNA-directed RNA Polymerase
要素(DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE ...) x 13
キーワードTRANSCRIPTION / MULTI-SUBUNIT / RNA POLYMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / RNA polymerase III activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase ...3 iron, 4 sulfur cluster binding / RNA polymerase III activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A - #10 / DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A / Arc Repressor Mutant, subunit A - #1950 / Immunoglobulin-like - #2940 / Dihydrolipoamide Transferase - #40 / Helix Hairpins - #930 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2940 / N-terminal domain of TfIIb - #80 / DNA polymerase; domain 1 - #390 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 ...DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A - #10 / DNA Excision Repair, Uvrb; Chain A / Arc Repressor Mutant, subunit A - #1950 / Immunoglobulin-like - #2940 / Dihydrolipoamide Transferase - #40 / Helix Hairpins - #930 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2940 / N-terminal domain of TfIIb - #80 / DNA polymerase; domain 1 - #390 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase, subunit G / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / Dihydrolipoamide Transferase / HRDC domain / RNA polymerase ii / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / N-terminal domain of TfIIb / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain / HRDC domain superfamily / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 - #20 / DCoH-like / RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain / Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2 / RNA polymerase ii, chain L / RPB5-like RNA polymerase subunit / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / Barwin-like endoglucanases - #20 / Barwin-like endoglucanases / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / Other non-globular / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Rubrerythrin, domain 2 / Helix Hairpins / Gyrase A; domain 2 / RNA polymerase subunit Rpb4/RPC9 / RNA polymerase Rpb4 / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / HRDC-like superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / RNA polymerase Rpb2, domain 5 / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / Homeodomain-like / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Single Sheet / Nucleic acid-binding proteins / Dna Ligase; domain 1 / Beta Complex / Helix non-globular / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain
類似検索 - ドメイン・相同性
FE3-S4 CLUSTER / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo1N / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo2 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo4 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo8 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo10
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Korkhin, Y. / Unligil, U.M. / Littlefield, O. / Nelson, P.J. / Stuart, D.I. / Sigler, P.B. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.A.
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2009
タイトル: Evolution of complex RNA polymerases: the complete archaeal RNA polymerase structure.
著者: Korkhin, Y. / Unligil, U.M. / Littlefield, O. / Nelson, P.J. / Stuart, D.I. / Sigler, P.B. / Bell, S.D. / Abrescia, N.G.
履歴
登録2009年2月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年1月30日Group: Data collection / Database references / Experimental preparation
カテゴリ: citation / citation_author / exptl_crystal_grow
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation_author.name / _exptl_crystal_grow.method
改定 1.42019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / reflns / Item: _citation.journal_abbrev / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs
改定 1.52021年4月28日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle ...pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / reflns / struct_conn / struct_site
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _reflns.pdbx_redundancy / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年12月13日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEETS PRESENTED AS "BJ" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 6-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 7-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1N SUBUNIT
B: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO2 SUBUNIT
C: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1C SUBUNIT
D: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO3 SUBUNIT
E: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO7 SUBUNIT
F: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO4 SUBUNIT
G: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO8 SUBUNIT
H: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO5 SUBUNIT
K: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO6 SUBUNIT
L: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO11 SUBUNIT
N: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO10 SUBUNIT
P: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO12 SUBUNIT
Q: DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO13 SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)406,59524
ポリマ－405,68713
非ポリマー90911
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area71970 Å2
ΔGint-446.1 kcal/mol
Surface area172810 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)193.501, 212.620, 128.998
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

-
DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE ... , 13種, 13分子 ABCDEFGHKLNPQ

#1: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1N SUBUNIT


分子量: 99766.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB53*PLUS
#2: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO2 SUBUNIT


分子量: 127582.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB55*PLUS
#3: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO1C SUBUNIT


分子量: 43779.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌)
#4: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO3 SUBUNIT


分子量: 30179.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB56*PLUS
#5: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO7 SUBUNIT


分子量: 20324.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌)
#6: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO4 SUBUNIT


分子量: 12822.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB58*PLUS
#7: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO8 SUBUNIT


分子量: 15139.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB59*PLUS
#8: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO5 SUBUNIT


分子量: 9688.296 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB60*PLUS
#9: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO6 SUBUNIT


分子量: 10799.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌)
#10: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO11 SUBUNIT


分子量: 10211.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB62*PLUS
#11: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO10 SUBUNIT


分子量: 7617.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌) / 参照: UniProt: B8YB63*PLUS
#12: タンパク質・ペプチド DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO12 SUBUNIT


分子量: 5606.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌)
#13: タンパク質 DNA-DIRECTED RNA POLYMERASE RPO13 SUBUNIT


分子量: 12168.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) SULFOLOBUS SHIBATAE (古細菌)

-
非ポリマー , 3種, 11分子

#14: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#15: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#16: 化合物 ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 %
解説: THE STATISTICS FOR THIS DATA ARE DERIVED FROM MERGED IOBS AND SIGMAIOBS PRESENT IN THE ONLY MTZ AVAILABLE. RAW IMAGES COLLECTED IN 2001-2002 AND PROCESSING LOG-FILES HAVE BEEN LOST.
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 7MG/ML ENZYME, 150MM KCL, 100MM SRCL2, 1MM ZNCL2, 100MM CACODYLATE PH 6.5, 12% PEG MME 5K, 5% GLYCEROL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.35→42.8 Å / Num. obs: 59401 / % possible obs: 77 % / Observed criterion σ(I): -3 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル最高解像度: 3.35 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 44.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
SCALEPACKデータスケーリング
GLRF位相決定
MOLREP位相決定
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1EN0

1en0
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.35→42.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.857 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.769 / SU B: 87.522 / SU ML: 0.652 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.869 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE REFINEMENT HAS ALSO BEEN CARRIED OUT USING NORMAL-MODE TO ANISOTROPICALLY REFINE THE OVERALL THERMAL MOTIONS. PLEASE SEE ARTICLE FOR MORE DETAILS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.341 3012 5.1 %RANDOM
Rwork0.271 ---
obs0.274 56389 77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 88.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.94 Å20 Å20 Å2
2---0.9 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.35→42.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26454 0 17 0 26471
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02226946
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0271.98236436
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.88153313
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2523.7431189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.898155003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.90415220
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.24160
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0219918
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1790.212722
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.218153
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1230.2656
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1140.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0050.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.35→3.44 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.342 129
Rwork0.306 2580

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る