PDB-2wac: Extended Tudor domain of Drosophila Melanogaster Tudor-SN (p100)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2wac

タイトル

Extended Tudor domain of Drosophila Melanogaster Tudor-SN (p100)

要素

CG7008-PA

キーワード

SPLICING / UNKNOWN FUNCTION / TUDOR / BETA-BARREL / NUCLEASE DOMAIN / TUDOR-SN / P100 / SND1 / METHYLATED ARGININE / SDMA

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclease activity / RISC complex / regulatory ncRNA-mediated gene silencing / micrococcal nuclease / : / mRNA catabolic process / spermatogenesis / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Friberg, A. / Corsini, L. / Sattler, M.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Structure and Ligand Binding of the Extended Tudor Domain of D. Melanogaster Tudor-Sn
著者: Friberg, A. / Corsini, L. / Mourao, A. / Sattler, M.

履歴

登録	2009年2月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2wac.cif.gz	101.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2wac.ent.gz	78.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2wac.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2wac_validation.pdf.gz	433.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2wac_full_validation.pdf.gz	440 KB	表示
XML形式データ	2wac_validation.xml.gz	20.3 KB	表示
CIF形式データ	2wac_validation.cif.gz	29.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2wac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wa/2wac	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2hqeS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4b0a-d 4gsu-2 3ewi-d 1twy-4 2w3g-d 1yrn-d 4cn7-1 6iyw-6 1c1j-2 4qki-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CG7008-PA

B: CG7008-PA

48.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CG7008-PA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CG7008-PA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.560, 47.040, 129.770
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.32, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CG7008-PA / LD20211P / TUDOR-SN 分子量: 24233.254 Da / 分子数: 2 / 断片: TSN DOMAIN, TUDOR AND SN5, RESIDUES 700-916 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) DROSOPHILA MELANOGASTER (キイロショウジョウバエ) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9W0S7
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 51 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 6.8 / 詳細: 20% PEG 3350, 100 MM BIS-TRIS PH 5.5, 200 MM NACL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / 波長: 1.54179
検出器	日付: 2007年6月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→19.64 Å / Num. obs: 28296 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.63 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 24.4
反射シェル	解像度: 2.1→2.22 Å / 冗長度: 3.51 % / R_merge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2HQE

2hqe

解像度: 2.1→19.64 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 11.159 / SU ML: 0.165 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.266 / ESU R Free: 0.212 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.269	1415	5 %	RANDOM
R_work	0.227	-	-	-
obs	0.229	26881	98.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.08 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.55 Å²	0 Å²	0.48 Å²
2-	-	-0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.39 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→19.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3384	0	0	303	3687

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	3421
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.037	1.968	4647
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.793	5	433
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.706	25.226	155
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.034	15	577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.737	15	18
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	536
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	2584
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.29	0.2	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	261
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.216	0.2	56
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.125	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.306	1.5	2233
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.39	2	3470
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.467	3	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	0.78	4.5	1175
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.277	102	-
R_work	0.251	1945	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9892	0.1821	-2.9262	0.9884	-0.156	5.034	0.1118	-0.1927	0.0603	0.0094	-0.0301	-0.1222	-0.1922	0.5951	-0.0817	0.0065	0.0177	0.0335	-0.0706	0.0215	-0.1186	26.138	-25.992	7.483
2	0.938	0.446	-1.6835	0.8817	-0.6027	3.6919	0.0192	0.0683	0.0118	-0.0926	-0.0144	0.0461	0.0795	-0.0247	-0.0048	-0.0166	0.034	0.0447	-0.1416	0.0075	-0.1804	17.887	-29.116	7.024
3	2.2097	-0.2612	0.1999	2.5642	-0.5342	2.0112	0.0453	-0.0196	-0.0771	0.0213	0.0253	0.2375	0.0319	-0.2636	-0.0706	0.0024	-0.0024	0.0633	-0.1459	0.0142	-0.1342	-0.461	-30.947	24.006
4	7.0801	2.4494	-0.5811	7.9552	0.2201	3.0151	0.0935	-0.0661	0.1661	-0.0825	-0.0505	0.4403	-0.1299	-0.2223	-0.0431	0.1356	0.0001	0.0775	-0.1134	0.0182	-0.1907	-7.202	-3.944	46.343
5	0.5	-0.7571	1.6476	11.5589	-4.1841	5.704	0.1152	0.0624	-0.1889	2.3412	-0.1339	-0.0309	-0.8481	-0.1477	0.0187	0.9898	-0.105	0.1752	-0.0334	0.0013	-0.0683	-4.001	-3.617	68.636
6	0.8766	-0.0491	-0.519	3.5723	-0.261	3.5026	0.0612	-0.0721	-0.084	0.1483	-0.0574	0.2361	0.0238	-0.059	-0.0038	0.0612	-0.0171	0.019	-0.159	0.0076	-0.1077	-2.03	-7.03	42.361

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	699 - 756
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	757 - 861
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	862 - 914
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	699 - 721
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	722 - 778
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	779 - 914

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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