[日本語] English
万見
- PDB-2wa0: Crystal structure of the human MAGEA4 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2wa0
タイトルCrystal structure of the human MAGEA4
要素MELANOMA-ASSOCIATED ANTIGEN 4
キーワードIMMUNE SYSTEM / MULTIPLE ANOMALOUS DISPERSION / CANCER/TESTIS ANTIGEN 1.4 / MELANOMA ANTIGEN FAMILY A 4 / CT1.4 / MAGE-41 / MAGE-X2 / TUMOR ANTIGEN / MELANOMA-ASSOCIATED ANTIGEN 4
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of cell cycle / histone deacetylase binding / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif ...MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / Melanoma associated antigen, N-terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / Melanoma associated antigen family N terminal / MAGE conserved domain profile. / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / MAGE homology domain, winged helix WH1 motif / MAGE homology domain, winged helix WH2 motif / MAGE homology domain / Melanoma-associated antigen / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Melanoma-associated antigen 4
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Roos, A.K. / Cooper, C.D.O. / Ugochukwu, E. / W Yue, W. / Berridge, G. / Elkins, J.M. / Pike, A.C.W. / Bray, J. / Filippakopoulos, P. / Muniz, J. ...Roos, A.K. / Cooper, C.D.O. / Ugochukwu, E. / W Yue, W. / Berridge, G. / Elkins, J.M. / Pike, A.C.W. / Bray, J. / Filippakopoulos, P. / Muniz, J. / Chaikuad, A. / Burgess-Brown, N. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Bountra, C. / von Delft, F. / Gileadi, O. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Structures of Two Melanoma-Associated Antigens Suggest Allosteric Regulation of Effector Binding.
著者: Newman, J.A. / Cooper, C.D.O. / Roos, A.K. / Aitkenhead, H. / Oppermann, U.C.T. / Cho, H.J. / Osman, R. / Gileadi, O.
履歴
登録2009年1月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年3月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22015年4月29日Group: Data collection / Refinement description
改定 1.32016年3月9日Group: Database references
改定 1.42018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.52024年5月8日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MELANOMA-ASSOCIATED ANTIGEN 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4151
ポリマ－27,4151
非ポリマー00
水75742
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)81.630, 81.630, 210.891
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

-
要素

#1: タンパク質 MELANOMA-ASSOCIATED ANTIGEN 4 / MAGE-4 ANTIGEN / MAGE-X2 ANTIGEN / MAGE-41 ANTIGEN / CANCER/TESTIS ANTIGEN 1.4 / CT1.4


分子量: 27415.182 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 101-317 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: UNCLEAVED HISTAG / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: P43358
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.81 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 2.6 M NACL, 0.1 M TRIS PH 8

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長波長 (Å)
シンクロトロンDiamond I0410.9253
シンクロトロンSLS X10SA20.9782, 0.97105, 0.9789
検出器
タイプID検出器日付
ADSC CCD1CCD2009年1月23日
MARRESEARCH2CCD
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.92531
20.97821
30.971051
40.97891
反射解像度: 2.3→42 Å / Num. obs: 19314 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 2.2 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 57.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0070精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→40.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 16.207 / SU ML: 0.17 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.224 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27413 978 5.1 %RANDOM
Rwork0.24278 ---
obs0.24434 18263 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 38.878 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.53 Å21.27 Å20 Å2
2--2.53 Å20 Å2
3----3.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→40.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1696 0 0 42 1738
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0221738
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.9752349
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89532873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2035213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.57223.42176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.20615309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.141512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2270
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021894
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02363
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.45531063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5623438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.551706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.8378675
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it9.75511641
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.404 72 -
Rwork0.386 1295 -
obs--98.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.89081.0526-2.56141.2542-3.04537.39880.068-0.1097-0.01080.1287-0.1223-0.0227-0.28640.29480.05430.2221-0.0141-0.10050.2334-0.01730.3220.67933.1704142.5691
20.41690.9149-0.62662.008-1.37480.94880.09710.05280.0930.28460.07830.209-0.21-0.1293-0.17530.3370.0362-0.02160.42720.00320.2108-10.373722.8135129.4734
31.41181.41441.26432.33610.78692.1380.0178-0.03360.0731-0.1313-0.17580.0266-0.14080.13780.1580.097-0.0045-0.0130.03640.0130.0124-23.803924.1762100.1572
40.55440.33390.65761.58390.32351.64620.0177-0.1215-0.0616-0.0907-0.04430.0630.0951-0.13320.02660.11730.0341-0.02190.04370.00870.0312-33.46368.454294.4585
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-14 - -8
2X-RAY DIFFRACTION2A-4 - 101
3X-RAY DIFFRACTION3A102 - 208
4X-RAY DIFFRACTION4A209 - 312

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る