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- PDB-2w9j: The crystal structure of SRP14 from the Schizosaccharomyces pombe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w9j
タイトルThe crystal structure of SRP14 from the Schizosaccharomyces pombe signal recognition particle
要素SIGNAL RECOGNITION PARTICLE SUBUNIT SRP14
キーワードSIGNALING PROTEIN / SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE / RADIATION-INDUCED PHASING / RNA-BINDING / RIBONUCLEOPROTEIN / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE / ARSENIC / ALU-DOMAIN / CACODYLATE
機能・相同性
機能・相同性情報


Neutrophil degranulation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, signal sequence recognition / endoplasmic reticulum signal peptide binding / signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / protein targeting to ER / 7S RNA binding / intracellular protein transport / nucleolus / nucleus
類似検索 - 分子機能
Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / Signal recognition particle, SRP14 subunit / Signal recognition particle, SRP9/SRP14 subunit / Signal recognition particle 14kD protein / Signal recognition particle alu RNA binding heterodimer, srp9/1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Signal recognition particle subunit srp14
類似検索 - 構成要素
生物種SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Brooks, M.A. / Ravelli, R.B.G. / McCarthy, A.A. / Strub, K. / Cusack, S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Structure of Srp14 from the Schizosaccharomyces Pombe Signal Recognition Particle.
著者: Brooks, M.A. / Ravelli, R.B.G. / Mccarthy, A.A. / Strub, K. / Cusack, S.
履歴
登録2009年1月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE SUBUNIT SRP14
B: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE SUBUNIT SRP14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5692
ポリマ－20,5692
非ポリマー00
水724
1
A: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE SUBUNIT SRP14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2841
ポリマ－10,2841
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: SIGNAL RECOGNITION PARTICLE SUBUNIT SRP14


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2841
ポリマ－10,2841
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)57.040, 57.040, 86.370
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.489, -0.87, -0.058), (-0.498, 0.225, 0.838), (-0.716, 0.439, -0.543)
ベクター: -30.24111, 0.70896, -28.87677)

-
要素

#1: タンパク質 SIGNAL RECOGNITION PARTICLE SUBUNIT SRP14 / SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN HOMOLOG / SRP14 FROM SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE SIGNAL ...SIGNAL RECOGNITION PARTICLE 14 KDA PROTEIN HOMOLOG / SRP14 FROM SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE SIGNAL RECOGNITION PARTICLE


分子量: 10284.420 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-91 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CYSTEINES 33 AND 78 REACTED WITH CACODYLATE, YIELDING CACODYLATED CYSTEINE ADDUCT (CAS)
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
株: NCYC 1354 / 解説: NATIONAL COLLECTION OF YEAST CULTURES, NORWICH, UK / プラスミド: PST39 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(AI) / 参照: UniProt: Q9P372
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 % / 解説: PHASES WERE COMBINED FROM RIP AND SAD
結晶化詳細: 50MM CACODYLIC ACID, PH 6.5, 22% POLY-ETHYLENE GLYCOL 4000, 50MM SODIUM ACETATE

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF ID14-410.93927
シンクロトロンESRF ID23-120.97835
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC CCD1CCD2004年3月19日TOROIDAL FOCUSING MIRROR
2
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE SILICON (111) CRYSTALSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Mx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.939271
20.978351
反射解像度: 2.6→5 Å / Num. obs: 5174 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 6.17 % / Rmerge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 5 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0065精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 2.6→32.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 37.967 / SU ML: 0.349 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.612 / ESU R Free: 0.367
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 236 4.6 %RANDOM
Rwork0.238 ---
obs0.24 4924 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.59 Å21.8 Å20 Å2
2--3.59 Å20 Å2
3----5.39 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→32.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1181 0 0 4 1185
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221192
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2431.9971601
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1445148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.50426.1747
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.68115215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.42152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02836
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5111.5754
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04421206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.813438
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.124.5395
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.67 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.316 12
Rwork0.313 339
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.8955-0.07770.76165.5434-0.56558.72130.2790.27950.1293-0.1532-0.0173-0.3135-0.5633-0.4149-0.2617-0.00110.1491-0.0190.17250.1024-0.0801-17.06822.6055-21.4486
25.9361-0.0792-1.21195.2136-0.6719.5623-0.21620.1717-0.08690.22410.10250.2060.0043-0.47790.1137-0.0994-0.014-0.0751-0.17270.0325-0.0806-12.8146-8.4328-2.2298
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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