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万見
- PDB-2w92: Structure of a Streptococcus pneumoniae family 85 glycoside hydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w92
タイトルStructure of a Streptococcus pneumoniae family 85 glycoside hydrolase, Endo-D, in complex with NAG-thiazoline.
要素ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE D
キーワードHYDROLASE / NAG-THIAZOLINE / ANCHIMERIC ASSISTANCE / N-GLYCAN / SUBSTRATE-PARTICIPATION / OXAZOLINE / ENZYME MECHANISM.
機能・相同性
機能・相同性情報


mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 85 / Cytosolic endo-beta-N-acetylglucosaminidase / : / Glycosyl hydrolase family 85 / GH85 endohexosaminidases, C-terminal domain / Bacterial Ig-like domain (group 3) / Ig-like domain, bacterial type / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. ...Glycoside hydrolase, family 85 / Cytosolic endo-beta-N-acetylglucosaminidase / : / Glycosyl hydrolase family 85 / GH85 endohexosaminidases, C-terminal domain / Bacterial Ig-like domain (group 3) / Ig-like domain, bacterial type / G5 domain / G5 domain / G5 domain profile. / G5 / YSIRK type signal peptide / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Galactose-binding domain-like / Glycosidases / Jelly Rolls / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NGT / Endo-beta-N-acetylglucosaminidase D
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Abbott, D.W. / Macauley, M.S. / Vocadlo, D.J. / Boraston, A.B.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Streptococcus Pneumoniae Endohexosaminidase D, Structural and Mechanistic Insight Into Substrate-Assisted Catalysis in Family 85 Glycoside Hydrolases.
著者: Abbott, D.W. / Macauley, M.S. / Vocadlo, D.J. / Boraston, A.B.
履歴
登録2009年1月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns_shell
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700 SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ... SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW IS ACTUALLY AN 8-STRANDED BARREL THIS IS REPRESENTED BY A 9-STRANDED SHEET IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL. THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,0473
ポリマ－73,5891
非ポリマー4582
水16,844935
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)134.880, 59.040, 96.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2191-

HOH

21A-2409-

HOH

31A-2689-

HOH

41A-2729-

HOH

51A-2776-

HOH

61A-2777-

HOH

71A-2778-

HOH

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要素

#1: タンパク質 ENDO-BETA-N-ACETYLGLUCOSAMINIDASE D / ENDO-D CATALYTIC MODULE


分子量: 73589.422 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC MODULE, RESIDUES 159-807 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q93HW0
#2: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NGT / 3AR,5R,6S,7R,7AR-5-HYDROXYMETHYL-2-METHYL-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D]THIAZOLE-6,7-DIOL / NAG-チアゾリン


分子量: 219.258 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13NO4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 935 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.62 % / 解説: NONE
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Reservoir: 20% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.2M MgCl2, 0.1M Tri-sodium citrate, pH 5.0.

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データ収集

回折平均測定温度: 113 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→20 Å / Num. obs: 79465 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.442 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.65→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.959 / SU B: 3.471 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.088 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.187 4184 5 %RANDOM
Rwork0.147 ---
obs0.149 79465 97.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.65 Å20 Å2-0.52 Å2
2--0.69 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5071 0 22 935 6028
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0225269
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.023562
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.551.9367142
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9283.0018639
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7345646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.94924.847262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.20115873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7451519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025945
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021116
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.21010
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2080.23767
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.22469
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22566
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2680
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4180.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2190.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1720.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6041.53431
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.581.51309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.02925064
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.18232462
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2064.52072
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.153310565
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.2543935
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.43138690
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.437 278
Rwork0.295 5690

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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