PDB-2w66: BtGH84 in complex with HQ602

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2w66

タイトル

BtGH84 in complex with HQ602

要素

O-GLCNACASE BT_4395

キーワード

HYDROLASE / GLYCOSIDE HYDROLASE / COMPLEX / INHIBITOR / GLYCOSIDASE

機能・相同性

機能・相同性情報

protein O-GlcNAcase / : / : / [protein]-3-O-(N-acetyl-D-glucosaminyl)-L-serine/L-threonine O-N-acetyl-alpha-D-glucosaminase activity / protein deglycosylation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / carbohydrate metabolic process / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.27 Å

データ登録者

He, Y. / Davies, G.J.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2009
タイトル: Molecular Basis for Inhibition of Gh84 Glycoside Hydrolases by Substituted Azepanes: Conformational Flexibility Enables Probing of Substrate Distortion.
著者: Marcelo, F. / He, Y. / Yuzwa, S.A. / Nieto, L. / Jimenez-Barbero, J. / Sollogoub, M. / Vocadlo, D.J. / Davies, G.J. / Bleriot, Y.

履歴

登録	2008年12月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年4月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2011年10月26日	Group: Database references / Non-polymer description
改定 1.3	2023年12月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AB" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2w66.cif.gz	275.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2w66.ent.gz	220.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2w66.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2w66_validation.pdf.gz	476 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2w66_full_validation.pdf.gz	496.2 KB	表示
XML形式データ	2w66_validation.xml.gz	51.3 KB	表示
CIF形式データ	2w66_validation.cif.gz	74.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/2w66 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w6/2w66	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2w67C 2vvnS 2chn 2cho 2j47 2j4g 2jiw 2vvs 2vw3 PDB 未公開エントリ 2w4x S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2w67-1 2xm2-2 2vvn-2 2xm2-1 2chn-2 5fky-2 4ais-2 5fky-1 2cho-1 2cho-2 2xm1-1 2chn-1 2x0h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (8)

登録構造単位

A: O-GLCNACASE BT_4395

B: O-GLCNACASE BT_4395

ヘテロ分子

165 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: O-GLCNACASE BT_4395

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: O-GLCNACASE BT_4395

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
82.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.199, 93.465, 99.010
Angle α, β, γ (deg.)	104.16, 94.01, 103.02
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	B
1	3	A
2	3	B
1	4	A
2	4	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	4 - 128
2	1	1	4	B	4 - 128
1	1	2	4	A	129 - 459
2	1	2	4	B	129 - 459
1	1	3	4	A	460 - 593
2	1	3	4	B	460 - 593
1	1	4	5	A	594 - 716
2	1	4	5	B	594 - 716

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4

#1: タンパク質	O-GLCNACASE BT_4395 / BETA-HEXOSAMINIDASE / N-ACETYL-BETA-GLUCOSAMINIDASE / BTGH84 / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / ...BETA-HEXOSAMINIDASE / N-ACETYL-BETA-GLUCOSAMINIDASE / BTGH84 / BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE / HEXOSAMINIDASE B / GH84 分子量: 82316.109 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 (バクテリア) プラスミド: YSBLLICPET28 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q89ZI2, beta-N-acetylhexosaminidase
#2: 化合物	ChemComp-HQ6 / N-[(3R,4S,5R,6R,7R)-3,5,6-trihydroxy-7-(hydroxymethyl)azepan-4-yl]acetamide / 5β-(アセチルアミノ)-2α-(ヒドロキシメチル)ヘキサヒドロ-1H-アゼピン-3β,4α,6α-トリオ-ル分子量: 234.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₈N₂O₅
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 550 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.67 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.3M NH4AC 10% GLYCEROL 15% PEG3350 0.1M MES PH6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9395
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年5月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9395 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.27→95.35 Å / Num. obs: 76272 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.27→2.39 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.43 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.4.0077	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VVN

2vvn

解像度: 2.27→95.35 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.919 / SU B: 15.354 / SU ML: 0.166 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.217 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES RESIDUAL ONLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	3781	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.19	72470	95.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.17 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.51 Å²	-0.46 Å²	-1.14 Å²
2-	-	0.31 Å²	-3.01 Å²
3-	-	-	-0.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.27→95.35 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10508	0	46	550	11104

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	10909
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.596	1.958	14798
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.503	5	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.582	24.86	537
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.111	15	1907
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.861	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	1574
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	8353
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.51	1.5	6516
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.947	2	10567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.687	3	4393
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.811	4.5	4218
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	984	medium positional	0.44	0.5
1	2	B	984	medium positional	0.44	0.5
2	1	A	2669	medium positional	0.27	0.5
2	2	B	2669	medium positional	0.27	0.5
3	1	A	1126	medium positional	0.17	0.5
3	2	B	1126	medium positional	0.17	0.5
4	1	A	228	medium positional	0.17	0.5
4	2	B	228	medium positional	0.17	0.5
4	1	A	224	loose positional	0.33	5
4	2	B	224	loose positional	0.33	5
1	1	A	984	medium thermal	0.57	2
1	2	B	984	medium thermal	0.57	2
2	1	A	2669	medium thermal	0.56	2
2	2	B	2669	medium thermal	0.56	2
3	1	A	1126	medium thermal	0.58	2
3	2	B	1126	medium thermal	0.58	2
4	1	A	228	medium thermal	0.28	2
4	2	B	228	medium thermal	0.28	2
4	1	A	224	loose thermal	0.46	10
4	2	B	224	loose thermal	0.46	10

LS精密化シェル

解像度: 2.27→2.33 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.288	265	-
R_work	0.248	5281	-
obs	-	-	92.9 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3715	1.2672	-0.4044	3.495	1.5861	2.6352	0.0139	-0.1402	0.5683	-0.4101	-0.1539	0.3153	-0.5797	-0.3436	0.1399	0.2971	0.1051	-0.0035	0.3261	-0.1779	0.3702	-4.1987	25.9685	6.2997
2	1.3437	0.1697	0.2619	0.7502	0.4438	1.0726	0.0621	-0.2097	-0.0006	0.0996	-0.1031	-0.0389	0.1368	-0.1977	0.041	0.2323	-0.0584	0.0253	0.222	0.0051	0.188	5.1792	-3.4514	4.4156
3	1.3816	0.4401	0.6917	1.7298	0.8042	1.5912	0.1128	-0.0075	-0.0468	0.0189	-0.203	0.144	0.1173	-0.2358	0.0902	0.2312	-0.0457	0.041	0.2621	-0.0423	0.1982	-13.9866	-15.4431	-22.126
4	5.2549	-0.8118	-0.4079	7.8127	-1.022	4.2558	-0.0476	-0.4547	-1.4448	0.3874	0.1934	-0.0586	0.2598	0.3028	-0.1458	0.1685	0.0719	-0.0011	0.208	0.1031	0.55	5.9985	-34.4035	-18.6811
5	2.1849	-0.5208	0.4807	3.4624	0.7542	2.4718	-0.0647	0.02	-0.2745	0.3169	0.1006	-0.0216	0.367	-0.0991	-0.0359	0.2437	-0.0295	-0.0129	0.1801	-0.0659	0.1796	-10.8935	-69.4049	31.3395
6	1.0659	0.1008	-0.1109	0.5005	0.2318	0.8616	0.0154	0.1529	0.0042	-0.0694	-0.0171	-0.0344	-0.0466	-0.0264	0.0017	0.2167	0.0341	-0.0241	0.2385	-0.0041	0.1898	-2.1368	-39.7507	32.3382
7	1.026	-0.1768	-0.2809	1.4281	0.5934	1.0174	0.0146	-0.1069	0.1325	0.0431	-0.1607	0.1031	-0.0471	-0.2385	0.1461	0.2386	0.0333	-0.0372	0.1856	-0.0129	0.2401	-20.9247	-27.3076	58.6519
8	3.9583	0.4389	0.8833	4.7025	-0.9183	3.4056	-0.0584	0.3977	1.0962	-0.3575	-0.0019	-0.1114	-0.3308	-0.1532	0.0603	0.1132	0.0071	-0.0943	0.0229	0.0959	0.5399	-1.0897	-8.2739	55.0794

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 128
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	129 - 459
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1716
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	460 - 593
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	594 - 716
6	X-RAY DIFFRACTION	5	B	4 - 128
7	X-RAY DIFFRACTION	6	B	129 - 459
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1716
9	X-RAY DIFFRACTION	7	B	460 - 593
10	X-RAY DIFFRACTION	8	B	594 - 716

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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