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万見
- PDB-2w58: Crystal Structure of the DnaI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w58
タイトルCrystal Structure of the DnaI
要素PRIMOSOME COMPONENT (HELICASE LOADER)
キーワードHYDROLASE / DNAI / HELICASE / ATP-BINDING / NUCLEOTIDE-BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA replication / ATP hydrolysis activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Primosomal DnaI, N-terminal / Primosomal protein DnaI N-terminus / IstB-like ATP-binding protein / IstB-like ATP binding protein / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Primosome component (Helicase loader)
類似検索 - 構成要素
生物種GEOBACILLUS KAUSTOPHILUS HTA426 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Tsai, K.L. / Lo, Y.H. / Sun, Y.J. / Hsiao, C.D.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Molecular Interplay between the Replicative Helicase Dnac and its Loader Protein Dnai from Geobacillus Kaustophilus.
著者: Tsai, K.L. / Lo, Y.H. / Sun, Y.J. / Hsiao, C.D.
履歴
登録2008年12月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年8月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Refinement description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_status ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_status / reflns / reflns_shell
Item: _pdbx_database_status.status_code_sf / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRIMOSOME COMPONENT (HELICASE LOADER)
B: PRIMOSOME COMPONENT (HELICASE LOADER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6695
ポリマ－47,1222
非ポリマー5463
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-6.7 kcal/mol
Surface area22480 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)54.632, 59.530, 115.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PRIMOSOME COMPONENT (HELICASE LOADER) / DNAI


分子量: 23561.158 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 108-309 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) GEOBACILLUS KAUSTOPHILUS HTA426 (バクテリア)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5KWD0
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.97 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: reservoir solution 100 mM Hepes (pH 7.2), 50 mM MgCl2, 20% PEG polyethylene glycol) 3550 and 50 mM Na2HPO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 13546 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 27.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.2精密化
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→29.77 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 24788.16 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: BULK SOLVENT MODEL USED THE RESIDUES IN CHAIN A INCLUDING 108-110, 208-210, 235- 237 AND 279-283 WERE MISSING. THE RESIDUES IN CHAIN B INCLUDING 108-111, 277- 280 AND 305-309 WERE MISSING.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.269 925 8.1 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.235 11410 83.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 41.27 Å2 / ksol: 0.3 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 63.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.22 Å20 Å20 Å2
2---11.93 Å20 Å2
3----8.29 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.33 Å0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3077 0 33 166 3276
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.69
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.571.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it5.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.222
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.092.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.028 / Total num. of bins used: 6 /
Rfactor%反射
Rfree0.302 8.7 %
Rwork0.274 -
obs-60.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ADP.PARAMADP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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