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- PDB-2w4f: CRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST PDZ DOMAIN OF HUMAN SCRIB1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w4f
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE FIRST PDZ DOMAIN OF HUMAN SCRIB1
要素PROTEIN LAP4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / PHOSPHOPROTEIN / UBL CONJUGATION / LEUCINE-RICH REPEAT / ALTERNATIVE SPLICING / CYTOPLASM / CIRCLETAIL / COILED COIL / POLYMORPHISM / LAP4 / CRIB1 / SCRB1 / VARTUL / MEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of T cell polarity / apoptotic process involved in morphogenesis / cochlear nucleus development / establishment of apical/basal cell polarity / astrocyte cell migration / Scrib-APC-beta-catenin complex / polarized epithelial cell differentiation / synaptic vesicle targeting / epithelial structure maintenance / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane ...establishment of T cell polarity / apoptotic process involved in morphogenesis / cochlear nucleus development / establishment of apical/basal cell polarity / astrocyte cell migration / Scrib-APC-beta-catenin complex / polarized epithelial cell differentiation / synaptic vesicle targeting / epithelial structure maintenance / neurotransmitter receptor transport, endosome to postsynaptic membrane / myelin sheath abaxonal region / protein localization to adherens junction / cell-cell contact zone / mammary gland duct morphogenesis / establishment or maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / post-anal tail morphogenesis / activation of GTPase activity / auditory receptor cell stereocilium organization / RND2 GTPase cycle / RND3 GTPase cycle / extrinsic component of postsynaptic density membrane / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive chemotaxis / receptor clustering / positive regulation of receptor recycling / RHOJ GTPase cycle / negative regulation of activated T cell proliferation / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / synaptic vesicle endocytosis / negative regulation of mitotic cell cycle / immunological synapse / signaling adaptor activity / adherens junction / Asymmetric localization of PCP proteins / neural tube closure / wound healing / cell-cell adhesion / positive regulation of type II interferon production / cell junction / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / presynapse / basolateral plasma membrane / cell population proliferation / postsynaptic density / cadherin binding / positive regulation of apoptotic process / protein kinase binding / glutamatergic synapse / extracellular exosome / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeats, bacterial type / PDZ domain / Pdz3 Domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. ...: / : / Leucine-rich repeat region / Leucine-rich repeats, bacterial type / PDZ domain / Pdz3 Domain / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / PDZ domain / Leucine-rich repeat / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Leucine-rich repeat domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein scribble homolog
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Hozjan, V. / Pilka, E.S. / Roos, A.K. / W Yue, W. / Phillips, C. / Bray, J. / Cooper, C. / Salah, E. / Elkins, J.M. / Muniz, J.R.C. ...Hozjan, V. / Pilka, E.S. / Roos, A.K. / W Yue, W. / Phillips, C. / Bray, J. / Cooper, C. / Salah, E. / Elkins, J.M. / Muniz, J.R.C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / von Delft, F. / Bountra, C. / Doyle, D.A. / Oppermann, U.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the First Pdz Domain of Human Scrib1
著者: Hozjan, V. / Pilka, E.S. / Roos, A.K. / W Yue, W. / Phillips, C. / Bray, J. / Cooper, C. / Salah, E. / Elkins, J.M. / Muniz, J.R.C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / von ...著者: Hozjan, V. / Pilka, E.S. / Roos, A.K. / W Yue, W. / Phillips, C. / Bray, J. / Cooper, C. / Salah, E. / Elkins, J.M. / Muniz, J.R.C. / Arrowsmith, C.H. / Weigelt, J. / Edwards, A.M. / von Delft, F. / Bountra, C. / Doyle, D.A. / Oppermann, U.
履歴
登録2008年11月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name / _citation_author.name
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN LAP4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,4024
ポリマ－10,2151
非ポリマー1863
水1,69394
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)38.216, 41.829, 49.897
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN LAP4 / PDZ DOMAIN OF SCRIB1 VARIANT N1 / PROTEIN SCRIBBLE HOMOLOG / HSCRIB


分子量: 10215.452 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 725-815 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PNIC28-BSA4 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): R3-PRARE2 / 参照: UniProt: Q14160
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 94 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE LAST FOUR RESIDUES (816-819) IN THIS ENTRY DO NOT MATCH THE UNIPROT SEQUENCE DATABASE CROSS- ...THE LAST FOUR RESIDUES (816-819) IN THIS ENTRY DO NOT MATCH THE UNIPROT SEQUENCE DATABASE CROSS-REFERENCE. THESE RESIDUES WERE INTRODUCED IN ORDER TO ENHANCE CRYSTALLIZATION.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.1 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6.3
詳細: 0.15 M AMMONIUM CL PH 6.3, 20 % PEG 1000, 15% ETHYLENE GLYCOL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99988
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→41.81 Å / Num. obs: 71804 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 4.6 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 14.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 1.3→1.37 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0055精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X5Q

1x5q


解像度: 1.3→24.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 1.725 / SU ML: 0.034 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.06 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1028 5.1 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.175 19190 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2---0.24 Å20 Å2
3---0.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→24.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数689 0 12 94 795
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021729
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.381.97977
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87831232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.586596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.6152230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.45615126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.021159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2111
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02819
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02149
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2933465
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5565740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.1328264
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.4711236
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.3→1.33 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.255 73
Rwork0.178 1386

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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