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- PDB-2w48: Crystal structure of the Full-length Sorbitol Operon Regulator So... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w48
タイトルCrystal structure of the Full-length Sorbitol Operon Regulator SorC from Klebsiella pneumoniae
要素SORBITOL OPERON REGULATOR
キーワードTRANSCRIPTION / SORC / ACTIVATOR / REPRESSOR / DNA-BINDING / KLEBSIELLA PNEUMONIAE / TRANSCRIPTION REGULATOR / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


carbohydrate binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transposase IS30-like HTH domain / Helix-turn-helix domain / Sugar-binding domain, putative / Putative sugar-binding domain / Rossmann fold - #1360 / ArsR-like helix-turn-helix domain / NagB/RpiA transferase-like / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A ...Transposase IS30-like HTH domain / Helix-turn-helix domain / Sugar-binding domain, putative / Putative sugar-binding domain / Rossmann fold - #1360 / ArsR-like helix-turn-helix domain / NagB/RpiA transferase-like / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sorbitol operon regulator
類似検索 - 構成要素
生物種KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者de Sanctis, D. / McVey, C.E. / Enguita, F.J. / Carrondo, M.A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of the Full-Length Sorbitol Operon Regulator Sorc from Klebsiella Pneumoniae: Structural Evidence for a Novel Transcriptional Regulation Mechanism.
著者: De Sanctis, D. / Mcvey, C.E. / Enguita, F.J. / Carrondo, M.A.
履歴
登録2008年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SORBITOL OPERON REGULATOR
B: SORBITOL OPERON REGULATOR
C: SORBITOL OPERON REGULATOR
D: SORBITOL OPERON REGULATOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,0319
ポリマ－140,5754
非ポリマー4565
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9390 Å2
ΔGint-32.5 kcal/mol
Surface area66110 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)91.670, 113.330, 184.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111CHAIN A AND (RESSEQ 51:55 OR RESSEQ 57:81 OR RESSEQ 91:232 OR RESSEQ 234:252 OR RESSEQ 258:312 )
211CHAIN C AND (RESSEQ 51:55 OR RESSEQ 57:81 OR RESSEQ...
112CHAIN B AND (RESSEQ 35:55 OR RESSEQ 57:82 OR RESSEQ...
212CHAIN D AND (RESSEQ 35:55 OR RESSEQ 57:82 OR RESSEQ...

NCSアンサンブル:
ID
1
2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.844, 0.171, -0.508), (0.147, -0.838, -0.526), (-0.515, -0.519, 0.682)-125.136, -21.417, -45.599
2given(-0.831, 0.166, -0.53), (0.159, -0.843, -0.514), (-0.532, -0.512, 0.674)-126.46, -19.65, -46.12

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
SORBITOL OPERON REGULATOR / SORC TRANSCRIPTION REGULATOR / SOR OPERON ACTIVATOR


分子量: 35143.859 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) KLEBSIELLA PNEUMONIAE (肺炎桿菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P37078

-
非ポリマー , 5種, 6分子

#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→40 Å / Num. obs: 32577 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 67.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 7.6
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GNP

2gnp


解像度: 3.2→38.672 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 17.58 / 位相誤差: 22.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 1644 5.09 %
Rwork0.218 --
obs0.2194 32320 99.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.638 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 75.96 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→38.672 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9596 0 29 1 9626
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0149788
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.47713213
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.7186027
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0881472
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071710
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1895X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12C1895X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.439
21B1950X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22D1950X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.55
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.29410.35521230.29652545X-RAY DIFFRACTION100
3.2941-3.40040.32831290.28182542X-RAY DIFFRACTION100
3.4004-3.52180.28811460.2632491X-RAY DIFFRACTION100
3.5218-3.66270.24461190.22912553X-RAY DIFFRACTION100
3.6627-3.82930.24151690.21322497X-RAY DIFFRACTION100
3.8293-4.0310.22331520.20462500X-RAY DIFFRACTION100
4.031-4.28320.22881280.19712549X-RAY DIFFRACTION100
4.2832-4.61350.19921290.18012562X-RAY DIFFRACTION100
4.6135-5.07680.20311440.17972553X-RAY DIFFRACTION100
5.0768-5.80930.24661240.2152590X-RAY DIFFRACTION100
5.8093-7.3110.26271360.21222607X-RAY DIFFRACTION100
7.311-38.67430.21531450.19712687X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.91550.58120.22750.0540.05720.4688-0.01270.17470.16990.1228-0.02790.1826-0.3068-0.16680.05020.43860.0021-0.10570.288-0.02150.4779-62.5483-8.2184-61.8252
21.50050.38950.25380.99070.87712.087-0.0920.0198-0.0027-0.03630.00980.14860.0496-0.05650.07090.10470.0118-0.03830.1737-0.00130.2487-33.802514.7421-24.8684
30.94740.2549-0.23570.18280.67370.7862-0.0958-0.65650.09390.2728-0.12160.08250.0612-0.2220.02990.5750.1439-0.09231.0391-0.03480.819611.726217.9793-51.2868
43.63921.11960.87071.09950.37761.6883-0.17090.19380.0507-0.02240.1697-0.149-0.11880.3534-0.00270.12730.0383-0.0250.3119-0.03690.2329-3.060127.7951-12.9297
50.55420.8866-0.70950.7590.66020.3613-0.22390.909-0.6174-0.26150.5116-0.2725-0.27960.9403-0.15851.1099-0.01950.15582.0333-0.20661.13423.125624.5324-39.9006
62.1426-0.59860.79442.2995-0.09061.2790.0160.38590.2656-0.2322-0.0463-0.3698-0.04250.46480.030.5029-0.034-0.01260.69770.04980.51-22.8536.7124-63.6021
71.08760.8707-0.86290.28080.02341.2545-0.1797-0.1915-0.27640.23730.08340.20260.2752-0.15290.09190.6693-0.0323-0.14160.5328-0.15340.6783-49.3621-9.8782-53.58
83.35421.52390.61932.6346-0.37851.4921-0.06210.32960.2457-0.1468-0.01330.2456-0.15640.0050.06910.59960.1395-0.12590.5842-0.04320.4516-54.891127.3682-73.9315
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 4:58
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESSEQ 59:315
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN B AND RESSEQ 4:58
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN B AND RESSEQ 59:315
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN C AND RESSEQ 4:58
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN C AND RESSEQ 59:315
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN D AND RESSEQ 4:58
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN D AND RESSEQ 59:315

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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