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Yorodumi- PDB-2w48: Crystal structure of the Full-length Sorbitol Operon Regulator So... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2w48 | ||||||
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Title | Crystal structure of the Full-length Sorbitol Operon Regulator SorC from Klebsiella pneumoniae | ||||||
Components | SORBITOL OPERON REGULATOR | ||||||
Keywords | TRANSCRIPTION / SORC / ACTIVATOR / REPRESSOR / DNA-BINDING / KLEBSIELLA PNEUMONIAE / TRANSCRIPTION REGULATOR / TRANSCRIPTION REGULATION | ||||||
Function / homology | Function and homology information DNA-templated transcription initiation / carbohydrate binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | KLEBSIELLA PNEUMONIAE (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | ||||||
Authors | de Sanctis, D. / McVey, C.E. / Enguita, F.J. / Carrondo, M.A. | ||||||
Citation | Journal: J.Mol.Biol. / Year: 2009 Title: Crystal Structure of the Full-Length Sorbitol Operon Regulator Sorc from Klebsiella Pneumoniae: Structural Evidence for a Novel Transcriptional Regulation Mechanism. Authors: De Sanctis, D. / Mcvey, C.E. / Enguita, F.J. / Carrondo, M.A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2w48.cif.gz | 484.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2w48.ent.gz | 406 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2w48.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2w48_validation.pdf.gz | 485.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2w48_full_validation.pdf.gz | 547.5 KB | Display | |
Data in XML | 2w48_validation.xml.gz | 51.8 KB | Display | |
Data in CIF | 2w48_validation.cif.gz | 68.4 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/2w48 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/w4/2w48 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2gnpS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
NCS oper:
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-Components
-Protein , 1 types, 4 molecules ABCD
#1: Protein | Mass: 35143.859 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) KLEBSIELLA PNEUMONIAE (bacteria) / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / References: UniProt: P37078 |
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-Non-polymers , 5 types, 6 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-MPD / ( | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Chemical | ChemComp-MRD / ( | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.44 Å3/Da / Density % sol: 64 % / Description: NONE |
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID23-2 / Wavelength: 0.8726 |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.8726 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.2→40 Å / Num. obs: 32577 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 67.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 7.6 |
Reflection shell | Resolution: 3.2→3.37 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.68 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2GNP Resolution: 3.2→38.672 Å / SU ML: 0.36 / σ(F): 17.58 / Phase error: 22.26 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 48.638 Å2 / ksol: 0.333 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 75.96 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.2→38.672 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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