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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w3r | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Xanthine Dehydrogenase (desulfo form) from Rhodobacter capsulatus in complex with hypoxanthine | ||||||
![]() | (XANTHINE DEHYDROGENASE) x 2 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / XDH / GOUT / IRON / XANTHINE / IRON-SULFUR / MOLYBDENUM COFACTOR / HYPOXANTHINE / METAL-BINDING | ||||||
機能・相同性 | ![]() 1.1.1.204 / xanthine dehydrogenase activity / molybdenum ion binding / FAD binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / iron ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dietzel, U. / Kuper, J. / Leimkuhler, S. / Kisker, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanism of Substrate and Inhibitor Binding of Rhodobacter Capsulatus Xanthine Dehydrogenase. 著者: Dietzel, U. / Kuper, J. / Doebbler, J.A. / Schulte, A. / Truglio, J.J. / Leimkuhler, S. / Kisker, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 894.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 724.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Refine code: 4
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 2種, 8分子 ACEGBDFH
#1: タンパク質 | 分子量: 49420.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PSL207 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 82978.031 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() プラスミド: PSL207 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 7種, 109分子 












#3: 化合物 | ChemComp-FES / #4: 化合物 | ChemComp-FAD / #5: 化合物 | ChemComp-MTE / #6: 化合物 | ChemComp-CA / #7: 化合物 | ChemComp-HPA / #8: 化合物 | ChemComp-MOM / #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 8.3 詳細: 7.5 MM BACL2, 8% PEG 8000, 100 MM TRIS-HCL PH 8.3, 25 MM DTT AND 3% ISOPROPANOL |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月28日 |
放射 | モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.873 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.7→51.03 Å / Num. obs: 183839 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.97 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.7→2.72 Å / 冗長度: 1.97 % / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 0.84 / % possible all: 97.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1JRO 解像度: 2.9→51.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.852 / SU B: 19.624 / SU ML: 0.362 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.426 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.09 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→51.23 Å
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拘束条件 |
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