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万見
- PDB-2w2u: STRUCTURAL INSIGHT INTO THE INTERACTION BETWEEN ARCHAEAL ESCRT-II... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w2u
タイトルSTRUCTURAL INSIGHT INTO THE INTERACTION BETWEEN ARCHAEAL ESCRT-III AND AAA-ATPASE
要素
  • CONSERVED ARCHAEAL PROTEIN
  • HYPOTHETICAL P60 KATANIN
キーワードHYDROLASE/TRANSPORT / HYDROLASE TRANSPORT COMPLEX / NUCLEOTIDE-BINDING / ESCRT / AAA-ATPASE / CYTOKINESIS / ATP-BINDING / HYDROLASE-TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoid / cell division / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / : / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain ...: / : / Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit / MIT (microtubule interacting and transport) domain / MIT domain superfamily / MIT domain / Microtubule Interacting and Trafficking molecule domain / : / AAA ATPase, AAA+ lid domain / AAA+ lid domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Cell division protein B / AAA family ATPase
類似検索 - 構成要素
生物種SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Obita, T. / Samson, R.Y. / Perisic, O. / Freund, S.M. / Bell, S.D. / Williams, R.L.
引用ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: A Role for the Escrt System in Cell Division in Archaea.
著者: Samson, R.Y. / Obita, T. / Freund, S.M. / Williams, R.L. / Bell, S.D.
履歴
登録2008年11月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYPOTHETICAL P60 KATANIN
B: HYPOTHETICAL P60 KATANIN
C: CONSERVED ARCHAEAL PROTEIN
D: CONSERVED ARCHAEAL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4524
ポリマ－22,4524
非ポリマー00
水2,126118
1
A: HYPOTHETICAL P60 KATANIN
C: CONSERVED ARCHAEAL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2262
ポリマ－11,2262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1620 Å2
ΔGint-10.5 kcal/mol
Surface area6380 Å2
手法PQS
2
B: HYPOTHETICAL P60 KATANIN
D: CONSERVED ARCHAEAL PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2262
ポリマ－11,2262
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6250 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)49.855, 49.855, 107.672
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.282, -0.959, 0.001), (-0.959, -0.282, 0.005), (-0.004, -0.002, -1)0.04613, -0.20977, 71.51723
2given(0.362, -0.93, 0.056), (-0.927, -0.366, -0.08), (0.095, -0.023, -0.995)-3.80712, 3.45521, 69.15543

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要素

#1: タンパク質 HYPOTHETICAL P60 KATANIN / SACI1372 / AAA FAMILY ATPASE


分子量: 9611.070 Da / 分子数: 2 / 断片: MIT DOMAIN, RESIDUES 1-75 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS (好気性・好酸性)
プラスミド: POPTH / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 RIPL / 参照: UniProt: Q877H3
#2: タンパク質・ペプチド CONSERVED ARCHAEAL PROTEIN / SACI1373


分子量: 1614.838 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 182-195 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) SULFOLOBUS ACIDOCALDARIUS (好気性・好酸性)
参照: UniProt: Q4J924
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7 / 詳細: 15% PEG4K, 0.1M TRIS(PH7.5)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.88 Å / Num. obs: 12626 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 16.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V6Y

2v6y


解像度: 2.2→49.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.903 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.876 / SU B: 5.188 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.238 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 679 5.1 %RANDOM
Rwork0.225 ---
obs0.227 12626 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.84 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.53 Å20 Å20 Å2
2--0.53 Å20 Å2
3----1.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1370 0 0 118 1488
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0221386
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0432.0021864
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.755167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.3952564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.47415275
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.021510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021010
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2714
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2910.2957
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1370.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2140.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0920.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5081.5899
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.70621374
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2523562
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1074.5490
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.26 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.263 53
Rwork0.225 932

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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