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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2w18 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminal WD40 domain of human PALB2 | ||||||
![]() | PARTNER AND LOCALIZER OF BRCA2 | ||||||
![]() | NUCLEAR PROTEIN / FANCONI ANEMIA / HOMOLOGOUS RECOMINATION / POLYMORPHISM / PHOSPHOPROTEIN / BETA-PROPELLER / WD40 / FANC-N / NUCLEUS / WD REPEAT / COILED COIL | ||||||
機能・相同性 | ![]() post-anal tail morphogenesis / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / DNA repair complex / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / inner cell mass cell proliferation ...post-anal tail morphogenesis / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / DNA repair complex / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / inner cell mass cell proliferation / mesoderm development / embryonic organ development / somitogenesis / animal organ morphogenesis / double-strand break repair via homologous recombination / multicellular organism growth / HDR through Homologous Recombination (HRR) / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / nuclear speck / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Oliver, A.W. / Pearl, L.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for Recruitment of Brca2 by Palb2 著者: Oliver, A.W. / Swift, S. / Lord, C.J. / Ashworth, A. / Pearl, L.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39163.793 Da / 分子数: 1 / 断片: WD40 DOMAIN, RESIDUES 835-1186 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q86YC2 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 6 詳細: 100 MM MES PH 6.0, 50 MM KH2PO4, 12-20% (W/V) PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月12日 / 詳細: HORIZONTALLY BENDED GE(220) |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→49.27 Å / Num. obs: 54291 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 27.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 75.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: NONE 解像度: 1.9→49.265 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.95 / 位相誤差: 27.89 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.51 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.265 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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