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- PDB-2w18: Crystal structure of the C-terminal WD40 domain of human PALB2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w18
タイトルCrystal structure of the C-terminal WD40 domain of human PALB2
要素PARTNER AND LOCALIZER OF BRCA2
キーワードNUCLEAR PROTEIN / FANCONI ANEMIA / HOMOLOGOUS RECOMINATION / POLYMORPHISM / PHOSPHOPROTEIN / BETA-PROPELLER / WD40 / FANC-N / NUCLEUS / WD REPEAT / COILED COIL
機能・相同性
機能・相同性情報


post-anal tail morphogenesis / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / DNA repair complex / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / inner cell mass cell proliferation / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates ...post-anal tail morphogenesis / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / DNA repair complex / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / inner cell mass cell proliferation / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / mesoderm development / embryonic organ development / somitogenesis / animal organ morphogenesis / double-strand break repair via homologous recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / multicellular organism growth / KEAP1-NFE2L2 pathway / Neddylation / nuclear speck / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Partner and localiser of BRCA2, WD40 domain / Partner and localizer of BRCA2 / Partner and localizer of BRCA2 WD40 domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Partner and localizer of BRCA2
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Oliver, A.W. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2009
タイトル: Structural Basis for Recruitment of Brca2 by Palb2
著者: Oliver, A.W. / Swift, S. / Lord, C.J. / Ashworth, A. / Pearl, L.H.
履歴
登録2008年10月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PARTNER AND LOCALIZER OF BRCA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,6246
ポリマ－39,1641
非ポリマー4605
水3,369187
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)80.780, 64.650, 77.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 PARTNER AND LOCALIZER OF BRCA2 / PALB2 / FANCN


分子量: 39163.793 Da / 分子数: 1 / 断片: WD40 DOMAIN, RESIDUES 835-1186 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: SPODOPTERA FRUGIPERDA (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q86YC2
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 6
詳細: 100 MM MES PH 6.0, 50 MM KH2PO4, 12-20% (W/V) PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月12日 / 詳細: HORIZONTALLY BENDED GE(220)
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→49.27 Å / Num. obs: 54291 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 27.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 75.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 1.9→49.265 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.95 / 位相誤差: 27.89 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 2742 5.05 %
Rwork0.2089 --
obs0.2109 29655 93.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 58.51 Å2 / ksol: 0.369 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.63 Å20 Å23.7163 Å2
2--6.7099 Å20 Å2
3----3.0799 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→49.265 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2320 0 30 187 2537
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012402
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.473268
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.68826
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0401
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.93280.30381130.32251799X-RAY DIFFRACTION65
1.9328-1.96790.35791370.31052002X-RAY DIFFRACTION74
1.9679-2.00580.34141300.30952335X-RAY DIFFRACTION86
2.0058-2.04670.30121300.30322594X-RAY DIFFRACTION96
2.0467-2.09120.36731400.29312728X-RAY DIFFRACTION96
2.0912-2.13990.28831390.27632692X-RAY DIFFRACTION97
2.1399-2.19340.30651350.24332646X-RAY DIFFRACTION97
2.1934-2.25270.31841500.23722687X-RAY DIFFRACTION97
2.2527-2.3190.26251190.23252646X-RAY DIFFRACTION97
2.319-2.39380.26611260.23442690X-RAY DIFFRACTION97
2.3938-2.47940.29951520.22582678X-RAY DIFFRACTION97
2.4794-2.57860.29151320.21772709X-RAY DIFFRACTION97
2.5786-2.6960.33791240.21652700X-RAY DIFFRACTION97
2.696-2.83810.2861300.21862657X-RAY DIFFRACTION97
2.8381-3.01590.24111860.19952650X-RAY DIFFRACTION98
3.0159-3.24870.23351530.1982706X-RAY DIFFRACTION98
3.2487-3.57560.23781370.17612655X-RAY DIFFRACTION98
3.5756-4.09270.22431400.17282706X-RAY DIFFRACTION98
4.0927-5.15550.16021570.15552678X-RAY DIFFRACTION97
5.1555-49.28110.20111120.20222591X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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