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- PDB-2w0c: X-ray structure of the entire lipid-containing bacteriophage PM2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2w0c
タイトルX-ray structure of the entire lipid-containing bacteriophage PM2
要素
  • MAJOR CAPSID PROTEIN P2
  • PROTEIN 2
  • PROTEIN P3
  • PROTEIN P6
キーワードVIRUS / MEMBER OF PRD1-ADENO VIRAL LINEAGE / MEMBRANE-CONTAINING BACTERIOPHAGE / VIRUS VIRION / MEMBRANE / TRANSMEMBRANE / CAPSID PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


viral inner membrane / viral capsid, major subunit / virion component => GO:0044423 / virion component / membrane => GO:0016020 / virion membrane
類似検索 - 分子機能
Viral coat protein P2, N-terminal / Viral coat protein P2 N-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein P2 / Protein P6 / Spike protein P1 / Protein P3
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOALTEROMONAS PHAGE PM2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 7 Å
データ登録者Abrescia, N.G.A. / Grimes, J.M. / Kivela, H.M. / Assenberg, R. / Sutton, G.C. / Butcher, S.J. / Bamford, J.K.H. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I.
引用
ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Insights Into Virus Evolution and Membrane Biogenesis from the Structure of the Marine Lipid-Containing Bacteriophage Pm2
著者: Abrescia, N.G.A. / Grimes, J.M. / Kivela, H.M. / Assenberg, R. / Sutton, G.C. / Butcher, S.J. / Bamford, J.K.H. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: Preliminary Crystallographic Analysis of the Major Capsid Protein P2 of the Lipid-Containing Bacteriophage Pm2.
著者: Abrescia, N.G.A. / Kivela, H.M. / Grimes, J.M. / Bamford, J.K.H. / Bamford, D.H. / Stuart, D.I.
#2: ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2008
タイトル: Selenomethionine Labeling of Large Biological Macromolecular Complexes: Probing the Structure of Marine Bacterial Virus Pm2.
著者: Kivela, H.M. / Abrescia, N.G.A. / Bamford, J.K.H. / Grimes, J.M. / Stuart, D.I. / Bamford, D.H.
履歴
登録2008年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
B: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
C: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
D: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
E: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
F: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
G: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
H: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
I: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
J: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
L: PROTEIN 2
P: PROTEIN P3
Q: PROTEIN P3
R: PROTEIN P3
S: PROTEIN P3
T: PROTEIN P6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)397,75227
ポリマ－397,31116
非ポリマー44111
水00
1
A: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
B: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
C: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
D: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
E: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
F: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
G: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
H: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
I: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
J: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
L: PROTEIN 2
P: PROTEIN P3
Q: PROTEIN P3
R: PROTEIN P3
S: PROTEIN P3
T: PROTEIN P6
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,865,0901620
ポリマ－23,838,639960
非ポリマー26,451660
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
B: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
C: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
D: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
E: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
F: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
G: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
H: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
I: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
J: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
L: PROTEIN 2
P: PROTEIN P3
Q: PROTEIN P3
R: PROTEIN P3
S: PROTEIN P3
T: PROTEIN P6
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.99 MDa, 80 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,988,758135
ポリマ－1,986,55380
非ポリマー2,20455
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
B: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
C: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
D: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
E: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
F: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
G: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
H: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
I: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
J: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
L: PROTEIN 2
P: PROTEIN P3
Q: PROTEIN P3
R: PROTEIN P3
S: PROTEIN P3
T: PROTEIN P6
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 2.39 MDa, 96 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,386,509162
ポリマ－2,383,86496
非ポリマー2,64566
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
B: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
C: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
D: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
E: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
F: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
G: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
H: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
I: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
J: MAJOR CAPSID PROTEIN P2
L: PROTEIN 2
P: PROTEIN P3
Q: PROTEIN P3
R: PROTEIN P3
S: PROTEIN P3
T: PROTEIN P6
ヘテロ分子
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 23.9 MDa, 960 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,865,0901620
ポリマ－23,838,639960
非ポリマー26,451660
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)946.900, 677.600, 1067.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.438676, 0.122701, -0.890229), (-0.610434, 0.76769, -0.194991), (0.659495, 0.628964, 0.411668)340.15449, 179.20263, 3.48827
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20generate(0.139382, 0.142182, 0.979978), (0.142182, -0.982257, 0.12229), (0.979978, 0.12229, -0.157125)-56.89128, -60.72477, 74.95563
21generate(0.641647, -0.58844, -0.491964), (-0.682824, -0.146101, -0.715825), (0.349344, 0.795232, -0.495546)198.31257, 323.21518, 293.88695
22generate(0.316231, -0.682436, -0.658998), (-0.682436, -0.646172, 0.341676), (-0.658998, 0.341676, -0.670059)309.40559, 62.2709, 553.49677
23generate(0.1207, -0.899584, -0.419738), (0.320411, -0.364893, 0.874179), (-0.939558, -0.240001, 0.244194)292.3798, -284.46677, 388.22748
24generate(0.32527, -0.939792, -0.104832), (0.939817, 0.309017, 0.145784), (-0.104611, -0.145942, 0.983747)170.76427, -237.81816, 26.47563
25generate(0.647233, -0.747494, -0.14947), (0.319784, 0.444238, -0.836894), (0.691973, 0.493867, 0.526562)112.62752, 137.74994, -31.83002
26generate(-0.020948, -0.273612, -0.961612), (0.967246, -0.248916, 0.049754), (-0.252974, -0.929073, 0.269865)456.4743, -220.0278, 234.42616
27generate(-0.476345, -0.817439, -0.323864), (0.609067, -0.041115, -0.792052), (0.634139, -0.574545, 0.517461)396.96224, 64.55239, -17.17523
28generate(0.076445, -0.889687, 0.450125), (-0.230073, -0.455003, -0.860255), (0.970166, -0.037799, -0.239476)87.31419, 261.59852, 97.37493
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31generate(-0.458153, 0.054074, 0.887227), (0.42798, 0.88825, 0.166867), (-0.779056, 0.456166, -0.430097)94.32278, -133.08243, 520.09182
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33generate(0.32527, 0.939817, -0.104611), (-0.939792, 0.309017, -0.145942), (-0.104832, 0.145784, 0.983747)170.73061, 237.83669, 26.52623
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35generate(-0.984181, 0.148183, 0.097104), (0.148183, 0.38811, 0.909622), (0.097104, 0.909622, -0.403929)402.20289, -256.2109, 325.46384
36generate(-0.162545, 0.807978, 0.566349), (-0.712402, -0.493233, 0.499204), (0.682687, -0.322325, 0.655778)109.99335, 29.85089, -61.71843
37generate(-0.191018, 0.956545, 0.220302), (0.317795, -0.152081, 0.935883), (0.928719, 0.248781, -0.274935)201.47014, -299.12323, 115.02675
38generate(-0.522415, 0.849455, 0.074223), (0.849455, 0.51088, 0.132017), (0.074223, 0.132017, -0.988465)308.67841, -215.0126, 474.55786
39generate(-0.698757, 0.634701, 0.329989), (0.147841, 0.57946, -0.801479), (-0.699915, -0.511253, -0.498737)283.45999, 165.94475, 520.01512
40generate(-0.476345, 0.609067, 0.634139), (-0.817439, -0.041115, -0.574545), (-0.323864, -0.792052, 0.517461)160.66587, 317.2787, 188.57814
41generate(0.641647, -0.682824, 0.349344), (-0.58844, -0.146101, 0.795232), (-0.491964, -0.715825, -0.495546)-9.21512, -69.79119, 474.56269
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47generate(-0.976018, -0.217658, 0.003697), (-0.217658, 0.975448, -0.03355), (0.003697, -0.03355, -0.99943)423.48653, 55.02319, 492.40839
48generate(-0.292852, -0.284527, 0.912843), (-0.713054, 0.701034, -0.010249), (-0.637018, -0.653908, -0.408182)52.49759, 155.67171, 484.16729
49generate(0.647233, 0.319784, 0.691973), (-0.747494, 0.444238, 0.493867), (-0.14947, -0.836894, 0.526562)-94.92097, 38.71443, 148.87698
50generate(0.545072, 0.760137, -0.353678), (-0.273383, 0.559944, 0.782128), (0.792565, -0.329626, 0.513018)184.95828, -134.21766, -50.10272
51generate(-0.162545, -0.712402, 0.682687), (0.807978, -0.493233, -0.322325), (0.566349, 0.499204, 0.655778)81.27915, -94.04215, -36.72266
52generate(0.813799, -0.137463, 0.564655), (0.442955, -0.482241, -0.7558), (0.376195, 0.865186, -0.331558)-99.2944, 91.2822, 247.66951
53generate(0.813293, 0.349472, -0.465213), (-0.009756, -0.791233, -0.611437), (-0.581772, 0.501817, -0.640094)154.85886, 152.89992, 529.52091
54generate(-0.163364, 0.075476, -0.983675), (0.075476, -0.993191, -0.088741), (-0.983675, -0.088741, 0.156555)492.50776, 5.65741, 419.32248
55generate(-0.766465, -0.580799, -0.274233), (0.580863, -0.809017, 0.089941), (-0.274097, -0.090355, 0.957448)447.033, -146.96118, 69.3647
56generate(-0.020948, 0.967246, -0.252974), (-0.273612, -0.248916, -0.929073), (-0.961612, 0.049754, 0.269865)281.68724, 287.92747, 386.63511
57generate(-0.766465, 0.580863, -0.274097), (-0.580799, -0.809017, -0.090355), (-0.274233, 0.089941, 0.957448)447.01219, 147.00969, 69.39598
58generate(-0.871574, 0.17948, 0.45623), (0.17948, -0.749169, 0.637599), (0.45623, 0.637599, 0.620743)289.43176, -195.84484, -4.42819
59generate(-0.191018, 0.317795, 0.928719), (0.956545, -0.152081, 0.248781), (0.220302, 0.935883, -0.274935)26.71674, -266.82281, 267.1851
60generate(0.334697, 0.804661, 0.490406), (0.676519, 0.157092, -0.719475), (-0.655972, 0.572576, -0.49179)21.93037, 32.16492, 508.87551

-
要素

#1: タンパク質
MAJOR CAPSID PROTEIN P2


分子量: 30233.723 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PSEUDOALTEROMONAS PHAGE PM2 (ファージ) / 参照: UniProt: P15794
#2: タンパク質 PROTEIN 2


分子量: 37540.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PSEUDOALTEROMONAS PHAGE PM2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9XJR3
#3: タンパク質
PROTEIN P3 / PROTEIN III


分子量: 10767.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PSEUDOALTEROMONAS PHAGE PM2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9XJR6
#4: タンパク質 PROTEIN P6 / PROTEIN VI


分子量: 14363.415 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) PSEUDOALTEROMONAS PHAGE PM2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9XJR1
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
非ポリマーの詳細CALCIUM (CA): THESE CALCIUM WERE DERIVED FROM ATOMIC STRUCTURE OF P2 AND P1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 718

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試料調製

結晶解説: THE STARTING MODEL FOR MANUAL MOLECULAR REPLACEMENT WAS A PRELIMINARY CRYO-EM RECONSTRUCTION OF PM2
結晶化pH: 7.4
詳細: 20MG/ML VIRUS WITH 20MM MOPS PH 7.4, 100MM NACL, 5MM CACL2 MIXED 1:1 WITH 1.5% PEG 8K, 500MM NACL, 2.5MM CACL2, 100MM MOPS PH 7.4

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1273.151
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンESRF ID14-110.7291
シンクロトロンESRF ID2920.9756
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.72911
20.97561
反射解像度: 7→96 Å / Num. obs: 874109 / % possible obs: 85.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル解像度: 7→7.25 Å / 冗長度: 1.1 % / Mean I/σ(I) obs: 0.45 / % possible all: 56.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 7→96 Å / σ(F): 0
詳細: THE ATOMIC MODELS COMPOSING THE ICOSAHEDRAL ASYMMETRIC UNIT WAS REFINED AS RIGID BODY AGAINST THE EXPERIMENTAL DATA USING STRICT 60-NCS AND AB AS TARGET FUNCTION IN XPLOR. FOR DETAILS PLEASE ...詳細: THE ATOMIC MODELS COMPOSING THE ICOSAHEDRAL ASYMMETRIC UNIT WAS REFINED AS RIGID BODY AGAINST THE EXPERIMENTAL DATA USING STRICT 60-NCS AND AB AS TARGET FUNCTION IN XPLOR. FOR DETAILS PLEASE SEE PRIMARY REFERENCE. THE ATOMIC MODELS CORRESPONDING TO P3, P6 AND P1 (RESIDUES 1- 88) HAVE BEEN BUILT INTO THE AVERAGED VIRUS MAP AND THEN REGULARIZED. PLEASE REFER TO PRIMARY SEQUENCE FOR MORE DETAILS.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.419 --
obs0.419 851677 82.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 7→96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26436 0 11 0 26447
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg0
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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