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- PDB-2vzm: Crystal structure of the narbomycin-bound PikC D50N mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vzm
タイトルCrystal structure of the narbomycin-bound PikC D50N mutant
要素CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / PIKC / IRON / HEME / CYP107L1 / MONOOXYGENASE / ANTIBIOTIC BIOSYNTHESIS / MACROLIDE MONOOXYGENASE / METAL-BINDING / CYTOCHROME P450
機能・相同性
機能・相同性情報


pikromycin synthase / macrolide biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NARBOMYCIN / Cytochrome P450 monooxygenase PikC
類似検索 - 構成要素
生物種STREPTOMYCES VENEZUELAE (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Li, S. / Sherman, D.H. / Podust, L.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Analysis of Transient and Catalytic Desosamine Binding Pockets in Cytochrome P450 Pikc from Streptomyces Venezuelae.
著者: Li, S. / Ouellet, H. / Sherman, D.H. / Podust, L.M.
履歴
登録2008年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52025年10月1日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_entry_details ...database_PDB_caveat / pdbx_entry_details / struct_conn / struct_conn_type
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE
B: CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,7886
ポリマ－96,5362
非ポリマー2,2524
水11,548641
1
A: CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3943
ポリマ－48,2681
非ポリマー1,1262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,3943
ポリマ－48,2681
非ポリマー1,1262
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)60.358, 109.489, 153.096
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99992, -0.01198, -0.00265), (-0.01223, 0.99106, 0.13285), (0.00103, 0.13288, -0.99113)
ベクター: 74.95553, 0.38441, 72.89702)

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME P450 MONOOXYGENASE / PIKC / CYTOCHROME P450 HYDROXYLASE PIKC


分子量: 48267.758 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) STREPTOMYCES VENEZUELAE (バクテリア)
プラスミド: PET28A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): HMS174(DE3) / 参照: UniProt: O87605
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NRB / NARBOMYCIN


分子量: 509.675 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H47NO7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 641 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, ASP 50 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, ASP 50 TO ASN
Has protein modificationN
非ポリマーの詳細PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE (HEM): THIOLATE BOND TO CYS 354
配列の詳細ENGINEERED MUTATION D50N ENGINEERED 6XHIS TAG AT THE N- TERMINUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 % / 解説: NONE
結晶化温度: 296 K / pH: 6.5
詳細: 16% PEG 8000; 0.1 M NA-CACODILATE; 0.15 M LITHIUM SULFATE; T=23 C, pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: SI (111) DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 87273 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 90

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.4.0067精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C6H

2c6h


解像度: 1.85→89.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.208 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.123 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. DISORDERED REGIONS WERE OMITTED FROM THE CRYSTAL STRUCTURE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21079 8633 10 %RANDOM
Rwork0.16512 ---
obs0.16974 77423 98.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.412 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2--0.78 Å20 Å2
3----0.75 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→89.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6108 0 158 641 6907
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0226609
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6062.0379077
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7135820
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.72422.397292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.979151011
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6551574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.21023
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0215124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2391.54040
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.98426510
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.96232569
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4334.52557
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.851→1.899 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.283 559
Rwork0.192 5051

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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