PDB-2vxh: The crystal structure of chlorite dismutase: a detox enzyme produ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2vxh

タイトル

The crystal structure of chlorite dismutase: a detox enzyme producing molecular oxygen

要素

CHLORITE DISMUTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / HEME-BASED ENZYME / CHLORATE RESPIRATION / MOLECULAR OXYGEN PRODUCTION

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

AZOSPIRA ORYZAE (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

De Geus, D.C. / Thomassen, E.A.J. / Hagedoorn, P.L. / Pannu, N.S. / Abrahams, J.P.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2009
タイトル: Crystal Structure of Chlorite Dismutase, a Detoxifying Enzyme Producing Molecular Oxygen
著者: De Geus, D.C. / Thomassen, E.A.J. / Hagedoorn, P.L. / Pannu, N.S. / Van Duijn, E. / Abrahams, J.P.

履歴

登録	2008年7月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2009年3月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月7日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

Remark 700

SHEET DETERMINATION METHOD: DSSP THE SHEETS PRESENTED AS "AA" IN EACH CHAIN ON SHEET RECORDS BELOW ...

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2vxh.cif.gz	295.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2vxh.ent.gz	240.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2vxh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2vxh_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2vxh_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	2vxh_validation.xml.gz	59.4 KB	表示
CIF形式データ	2vxh_validation.cif.gz	78.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/2vxh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/2vxh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4js8-3 6d6k-1 3igq-2 6ttz-d 3h1c-13 5xex-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (1) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#193 - 2016年1月
シデロカリン (Siderocalin)
類似性 (1)
#255 - 2021年3月
シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA)
類似性 (1)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (1)
#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (1)
#190 - 2015年10月
2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems)
類似性 (1)

登録構造単位

A: CHLORITE DISMUTASE

B: CHLORITE DISMUTASE

C: CHLORITE DISMUTASE

D: CHLORITE DISMUTASE

E: CHLORITE DISMUTASE

F: CHLORITE DISMUTASE

ヘテロ分子

175 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	164.458, 169.335, 60.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	GLU	GLU	GLN	GLN	A	A	10 - 217	13 - 220
2	1	GLU	GLU	GLN	GLN	B	B	10 - 217	13 - 220
3	1	GLU	GLU	GLN	GLN	C	C	10 - 217	13 - 220
4	1	GLU	GLU	GLN	GLN	D	D	10 - 217	13 - 220
5	1	GLU	GLU	GLN	GLN	E	E	10 - 217	13 - 220
6	1	GLU	GLU	GLN	GLN	F	F	10 - 217	13 - 220
1	2	THR	THR	ASP	ASP	A	A	231 - 248	234 - 251
2	2	THR	THR	ASP	ASP	B	B	231 - 248	234 - 251
3	2	THR	THR	ASP	ASP	C	C	231 - 248	234 - 251
4	2	THR	THR	ASP	ASP	D	D	231 - 248	234 - 251
5	2	THR	THR	ASP	ASP	E	E	231 - 248	234 - 251
6	2	THR	THR	ASP	ASP	F	F	231 - 248	234 - 251

#1: タンパク質	CHLORITE DISMUTASE 分子量: 28491.680 Da / 分子数: 6 / 断片: RESIDUES 35-282 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) AZOSPIRA ORYZAE (バクテリア) / 株: GR-1 / 解説: DSM 11199 / プラスミド: PET28A-CDBC / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): PLYSS 参照: UniProt: Q673K5, UniProt: E2DI02*PLUS, chlorite O2-lyase
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS
#4: 化合物	ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン分子量: 60.009 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 555 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE FIRST 3 AMINO ACIDS GSH -2 TO 0 ARE A REMAINDER OF A LINKER AFTER THROMBIN CLEAVAGE. THE ...THE FIRST 3 AMINO ACIDS GSH -2 TO 0 ARE A REMAINDER OF A LINKER AFTER THROMBIN CLEAVAGE. THE UNIPROT ENTRY B2D1S8 INCLUDES A SIGNAL PEPTIDE IN ITS SEQUENCE. THIS PROTEIN HAS BEEN OVEREXPRESSED IN ITS ACTIVE FORM (D.C DE GEUS ET AL.(2008)ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F, IN PRESS) AND DOES NOT INCLUDE THIS SIGNAL PEPTIDE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.6 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 5.5 詳細: 100 MM MES PH 5.5, 25 %(W/V) PEG MME 2000, 0.3 M KSCN, 5 %(V/V) GLYCEROL, 180 MM AMMONIUM SULPHATE

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.98340, 1.73990, 1.73820

検出器

タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年6月15日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9834	1
2	1.7399	1
3	1.7382	1

反射

解像度: 2.1→40.13 Å / Num. obs: 100003 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / B_iso Wilson estimate: 26.559 Å² / R_merge(I) obs: 0.11

反射シェル

解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 14.09 % / R_merge(I) obs: 0.41 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CRANK		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.1→50.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE FOLLOWING DISORDERED REGIONS WERE NOT MODELED. CHAIN A -2 TO 7 AND 230 TO 248 CHAIN B -2 TO 8 AND 227 TO 248 CHAIN C -2 TO 10 AND 228 TO ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25486	4994	5 %	RANDOM
R_work	0.2187	-	-	-
obs	0.2205	94936	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.167 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.92 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→50.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10939	0	296	555	11790

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	11505
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.298	2.038	15667
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.744	5	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.736	24.198	486
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.265	15	1971
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.006	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	8588
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	5438
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.3	0.2	7759
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.147	0.2	712
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.305	0.2	80
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.177	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.607	1.5	6885
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.178	2	11158
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.631	3	4620
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.717	4.5	4509
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	903	tight positional	0.13	0.05
2	B	903	tight positional	0.06	0.05
3	C	903	tight positional	0.09	0.05
4	D	903	tight positional	0.05	0.05
5	E	903	tight positional	0.05	0.05
6	F	903	tight positional	0.07	0.05
1	A	897	medium positional	0.37	0.5
2	B	897	medium positional	0.31	0.5
3	C	897	medium positional	0.44	0.5
4	D	897	medium positional	0.35	0.5
5	E	897	medium positional	0.36	0.5
6	F	897	medium positional	0.37	0.5
1	A	903	tight thermal	0.11	0.5
2	B	903	tight thermal	0.1	0.5
3	C	903	tight thermal	0.14	0.5
4	D	903	tight thermal	0.15	0.5
5	E	903	tight thermal	0.16	0.5
6	F	903	tight thermal	0.12	0.5
1	A	897	medium thermal	0.71	2
2	B	897	medium thermal	0.66	2
3	C	897	medium thermal	0.79	2
4	D	897	medium thermal	0.74	2
5	E	897	medium thermal	0.91	2
6	F	897	medium thermal	0.69	2

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.296	381
R_work	0.25	6889

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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