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万見
- PDB-2vxb: Structure of the Crb2-BRCT2 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vxb
タイトルStructure of the Crb2-BRCT2 domain
要素DNA REPAIR PROTEIN RHP9
キーワードCELL CYCLE / BRCT / NUCLEUS / DNA DAMAGE / DNA REPLICATION INHIBITOR / PHOSPHOPROTEIN / CHECKPOINT SIGNALLING
機能・相同性
機能・相同性情報


histone H2AT120pho reader activity / histone H2AS139pho reader activity / SUMOylation of transcription factors / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / mitotic DNA damage checkpoint signaling / histone H4K20me2 reader activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / chromatin-protein adaptor activity / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of DNA replication ...histone H2AT120pho reader activity / histone H2AS139pho reader activity / SUMOylation of transcription factors / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / mitotic DNA damage checkpoint signaling / histone H4K20me2 reader activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / chromatin-protein adaptor activity / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of DNA replication / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / DNA damage checkpoint signaling / site of double-strand break / histone binding / chromatin / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / : / Crb2-like, BRCT-like domain / Crb2, Tudor domain / DNA repair protein Crb2, Tudor domain / DNA repair protein Crb2 Tudor domain / : / : / BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain ...: / : / Crb2-like, BRCT-like domain / Crb2, Tudor domain / DNA repair protein Crb2, Tudor domain / DNA repair protein Crb2 Tudor domain / : / : / BRCT domain / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PRASEODYMIUM ION / DNA repair protein crb2
類似検索 - 構成要素
生物種SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Kilkenny, M.L. / Roe, S.M. / Pearl, L.H.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2008
タイトル: Structural and Functional Analysis of the Crb2-Brct2 Domain Reveals Distinct Roles in Checkpoint Signaling and DNA Damage Repair.
著者: Kilkenny, M.L. / Dore, A. / Roe, S.M. / Nestoras, K. / Ho, J.C.Y. / Watts, F.Z. / Pearl, L.H.
履歴
登録2008年7月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月7日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: database_PDB_rev / database_PDB_rev_record ...database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status
Item: _exptl_crystal_grow.method / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.42019年5月15日Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA REPAIR PROTEIN RHP9
B: DNA REPAIR PROTEIN RHP9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,2205
ポリマ－54,7972
非ポリマー4233
水2,342130
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-22.7 kcal/mol
Surface area24570 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.887, 73.733, 66.772
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.98, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA REPAIR PROTEIN RHP9 / RAD9 HOMOLOG / CHECKPOINT PROTEIN CRB2


分子量: 27398.484 Da / 分子数: 2 / 断片: BRCT DOMAIN, RESIDUE 538-778 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SCHIZOSACCHAROMYCES POMBE (分裂酵母)
株: SP.011 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): PRSETB / 参照: UniProt: P87074
#2: 化合物 ChemComp-PR / PRASEODYMIUM ION


分子量: 140.908 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pr
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 % / 解説: NONE
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: CRB2-BRCT2 (7MG/ML IN 0.05M TRIS-HCL PH7.0, 1M NACL,5MM DTT) WAS CRYSTALLISED BY HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION AT 20C. PLATECLUSTERS GREW FROM 2UL PROTEIN, 2UL WELL SOLUTION (0.1M NA- ...詳細: CRB2-BRCT2 (7MG/ML IN 0.05M TRIS-HCL PH7.0, 1M NACL,5MM DTT) WAS CRYSTALLISED BY HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION AT 20C. PLATECLUSTERS GREW FROM 2UL PROTEIN, 2UL WELL SOLUTION (0.1M NA-CACODYLATE PH6.5, 7.0% PEG8000 AND 0.2M CA-ACETATE) AND 0.5UL 0.1M PR(III) ACETATE.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.954
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.954 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→35 Å / Num. obs: 29876 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→35 Å / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 2274 5 %
Rwork0.189 --
obs-22338 99.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3466 0 3 130 3599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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