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- PDB-2vvt: Glutamate Racemase (MurI) from E. faecalis in complex with a 9-Be... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vvt
タイトルGlutamate Racemase (MurI) from E. faecalis in complex with a 9-Benzyl Purine inhibitor
要素GLUTAMATE RACEMASE
キーワードISOMERASE / GLUTAMATE RACEMASE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION / CELL SHAPE / BENZYL PURINE / MURI INHIBITOR
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate racemase / glutamate racemase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Glutamate racemase / Asp/Glu racemase, active site 2 / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold ...Glutamate racemase / Asp/Glu racemase, active site 2 / Asp/Glu racemase, active site 1 / Aspartate and glutamate racemases signature 1. / Aspartate and glutamate racemases signature 2. / Rossmann fold - #1860 / Asp/Glu racemase / Asp/Glu/hydantoin racemase / Asp/Glu/Hydantoin racemase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-GLUTAMIC ACID / Chem-I24 / Glutamate racemase
類似検索 - 構成要素
生物種ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Geng, B. / Breault, G. / Comita-Prevoir, J. / Petrichko, R. / Eyermann, C. / Lundqvist, T. / Doig, P. / Gorseth, E. / Noonan, B.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2008
タイトル: Exploring 9-Benzyl Purines as Inhibitors of Glutamate Racemase (Muri) in Gram-Positive Bacteria.
著者: Geng, B. / Breault, G. / Comita-Prevoir, J. / Petrichko, R. / Eyermann, C. / Lundqvist, T. / Doig, P. / Gorseth, E. / Noonan, B.
履歴
登録2008年6月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GLUTAMATE RACEMASE
B: GLUTAMATE RACEMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6846
ポリマ－62,4962
非ポリマー1,1874
水12,665703
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-8.2 kcal/mol
Surface area26320 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)44.402, 69.432, 165.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GLUTAMATE RACEMASE


分子量: 31248.240 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ENTEROCOCCUS FAECALIS (乳酸球菌) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q836J0, glutamate racemase
#2: 化合物 ChemComp-I24 / 2-butoxy-9-(2,6-difluorobenzyl)-N-(2-morpholin-4-ylethyl)-9H-purin-6-amine


分子量: 446.494 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H28F2N6O2
#3: 化合物 ChemComp-DGL / D-GLUTAMIC ACID / D-グルタミン酸


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 703 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細DATABASE REFERENCE GENESEQP ADR04180 (PATENT DATABASE.) CLOSEST PUBLIC REFERENCE IS GENPEPT NP_ ...DATABASE REFERENCE GENESEQP ADR04180 (PATENT DATABASE.) CLOSEST PUBLIC REFERENCE IS GENPEPT NP_814851 HAS 2 DIFFERENCES AT RESIDUE 137 AND 144 (THR AND ASP IN NP_814851)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.5
詳細: PROTEIN FORMULATED AT 10 MG/ML WITH 200MM AMMONIUM ACETATE PH 7.4, 5MM D-L GLUTAMATE, 1 MM TCEP AND CRYSTALLISED WITH 0.2 MM MGCL2 AND 20-25% PEG 3350, 100 MM TRIS PH 7.5, 20% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9757
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9757 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→81.65 Å / Num. obs: 205055 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JFO

2jfo


解像度: 1.65→81.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.502 / SU ML: 0.053 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 3003 5.1 %RANDOM
Rwork0.15 ---
obs0.152 56198 94.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 11.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.66 Å20 Å20 Å2
2---0.49 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→81.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4049 0 84 703 4836
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224209
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4612.0065715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9236841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3865532
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.77125142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.15915731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6861515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2682
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024548
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02721
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2270.2972
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1960.22965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1820.22103
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0870.22060
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1180.221
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2290.279
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.268
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0471.52784
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47524330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.42631659
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6944.51385
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.207 254
Rwork0.155 4121

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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