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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2vvr | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the H99N mutant of ribose-5-phosphate isomerase B from E. coli soaked with ribose 5-phosphate | ||||||
要素 | RIBOSE-5-PHOSPHATE ISOMERASE B | ||||||
キーワード | ISOMERASE / RPIB / CARBOHYDRATE METABOLISM / PENTOSE PHOSPHATE PATHWAY | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-allose 6-phosphate isomerase activity / D-allose catabolic process / ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ESCHERICHIA COLI (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Roos, A.K. / Mowbray, S.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008 タイトル: D-Ribose-5-Phosphate Isomerase B from Escherichia Coli is Also a Functional D-Allose-6-Phosphate Isomerase, While the Mycobacterium Tuberculosis Enzyme is not. 著者: Roos, A.K. / Mariano, S. / Kowalinski, E. / Salmon, L. / Mowbray, S.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2vvr.cif.gz | 173.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2vvr.ent.gz | 141.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2vvr.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2vvr_validation.pdf.gz | 455.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2vvr_full_validation.pdf.gz | 459.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2vvr_validation.xml.gz | 33.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2vvr_validation.cif.gz | 48.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/2vvr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vv/2vvr | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16070.268 Da / 分子数: 6 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PBAD/TOPO / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: P37351, ribose-5-phosphate isomerase #2: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, HIS 99 TO ASN ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, HIS 99 TO ASN ...ENGINEERED | 配列の詳細 | H99N MUTANT | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.7 % / 解説: NONE |
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結晶化 | 詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M MES PH6 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.94 |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.94 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→40.49 Å / Num. obs: 50635 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 5.8 / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 19.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 14.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1NN4 解像度: 2.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 4.579 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.236 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 13.77 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→40 Å
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拘束条件 |
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